In Sydney herrscht Familienstreit. Sally Raymond, die Mutter des 12-jährigen Mark, diskutiert mit ihrer Stieftochter Jacqui die Frage, ob ihr Mann Paul, der vor einem Jahr auf der Suche nach der Schatzinsel in der Südsee spurlos verschwunden ist, noch am Leben sein kann und ob es Stevensons legendäre Schatzinsel wirklich gibt. Gegen den Willen von Jacqui macht sie sich mit den Kindern und mit Karl Baumann, der einer Hamburger Kaufmannsfamilie entstammt, auf der Yacht des undurchsichtigen Seemanns Benito Escovar auf den Weg, um ihren Mann und die Insel zu suchen. Unterwegs nehmen sie Thea an Bord, die hilflos auf einem Floß in der See treibt. Als sie sich der Stelle nähern, wo sie die Insel vermuten, geraten sie in einen gewaltigen Malstrom, der die Yacht verschlingt.

In Sydney herrscht Familienstreit. Sally Raymond, die Mutter des 12-jährigen Mark, diskutiert mit ihrer Stieftochter Jacqui die Frage, ob ihr Mann Paul, der vor einem Jahr auf der Suche nach der Schatzinsel in der Südsee spurlos verschwunden ist, noch am Leben sein kann und ob es Stevensons legendäre Schatzinsel wirklich gibt. Gegen den Willen von Jacqui macht sie sich mit den Kindern und mit Karl Baumann, der einer Hamburger Kaufmannsfamilie entstammt, auf der Yacht des undurchsichtigen Seemanns Benito Escovar auf den Weg, um ihren Mann und die Insel zu suchen. Unterwegs nehmen sie Thea an Bord, die hilflos auf einem Floß in der See treibt. Als sie sich der Stelle nähern, wo sie die Insel vermuten, geraten sie in einen gewaltigen Malstrom, der die Yacht verschlingt.

Thea und Karl sind Gefangene der Hamburger Kaufleute, deren Vorfahren hier im 19. Jahrhundert gestrandet sind und die jetzt von Frau Keller angeführt werden. Ihr größtes Problem ist die Wasserversorgung. Raoul reitet mit Jacqui durch die gefährlichen Wälder. Auf dem Weg zu seinem Stamm, den stolzen spanischen Horselords, die als einzige Pferde besitzen, freunden die beiden sich miteinander an. Währenddessen verurteilt Frau Keller Thea und Mark zum Tode. Die "Neuen", die sie für sehr gefährlich hält, sollen mit ihrem Computer in das Meer gestürzt werden. Mark versucht verzweifelt, sie umzustimmen: Wenn sie ihr Urteil revidiert, wird er mit seinem Wissen eine Destillationsanlage bauen, die den Stamm der Hamburger Kaufleute künftig ausreichend mit reinem Trinkwasser versorgt.

Mark gelingt es, aus Meerwasser Trinkwasser herzustellen. Dafür sollten er und seine Freunde freigelassen werden. Aber Frau Keller bricht ihr Wort, sie bleiben weiter zum Tode verteilte Gefangene der Hamburger Kaufleute. Sally hat sich mit Hilfe einer Schwimmweste an Land gerettet. Sie gerät in die Hände der japanischen Samurai, dem ältesten Stamm auf der Insel. Während im Innern, dem Tal der verlorenen Seelen, von mysteriösen Wesen mit den Namen Mercury und Dante über die Neuankömmlinge spekuliert wird, erreicht Jacqui die spanische Siedlung. Don Grego, der Anführer der Horselords, hofft, von dem Wissen der Neuen profitieren zu können. Außerdem gefällt ihm Jacqui, er will das Mädchen heiraten. Karl, Thea und Mark gelingt es, aus der Hamburger Siedlung in den Dschungel zu fliehen.

Karl, Thea und Mark können endlich den Hamburger Kaufleuten entkommen, dabei gerät Karl in gefährlichen Treibsand. Er wird von Hans-Peter gerettet. Bei den Spaniern, die auch zahlreiche Sklaven halten, erfährt Jacqui, dass der Horselord Don Grego sie, die 16jährige, heiraten will. Jacqui ist entsetzt - und völlig überrascht, als Raoul ihr sein Pferd anbietet, damit sie sich in Sicherheit bringen kann. Denn dafür könnte er von seinem Stamm in das Tal der verlorenen Seelen verbannt werden. Auf ihrer Flucht gerät Jacqui in eine Höhle, in der ein geheimnisvolles Wesen lebt. Es nennt sich Tempus. Mark gerät am Strand in eine Bucht, in der ein britisches U-Boot aus dem Zweiten Weltkrieg liegt. Aus einem Lautsprecher ertönt eine Stimme: Mark hat 30 Sekunden Zeit, um den Strand zu verlassen. Sonst wird er erschossen.

Mark trifft an Bord des englischen U-Bootes, das 1941 in den Malstrom geraten ist, die skurrilen Marinesoldaten Smith und Jones. Jahrzehntelang haben sie hier ihr einsames Leben verbracht. Mark wird zwar zwangsrekrutiert, er darf aber eine Erkundungsfahrt zur Hispania machen, um von dort Cheddar-Käse, Erdbeergelee und Ersatzbatterien für seinen Computer mitzubringen. Dabei trifft er überraschend auf Escovar. Währenddessen freundet sich Jacqui mit Tempus an. Er bringt sie zu ihrer Stiefmutter Sally, die von den Samurai gefangen gehalten wird. An der Felswand einer Höhle entdecken Karl und Thea eine alte Karte der Insel. Plötzlich stehen ihnen die Hamburger Hans-Peter und Danni, bewaffnet mit einer Armbrust, gegenüber. Sie wollen Karl und Thea in die Siedlung der Kaufleute zurückbringen.

Auf ihrem Weg zur Hamburger Siedlung werden Hans Peter und Danni mit ihren Gefangenen von Horselords überfallen. Die Jagd auf die Neuankömmlinge eskaliert. Zwar fließt wieder Wasser im Lager der Kaufleute. Kurz darauf bricht dort aber eine Epidemie aus. Obwohl Jacqui versucht, mit modernen medizinischen Mitteln zu helfen, glaubt die Stammeschefin, dass die Neuen die Krankheit eingeschleppt haben. Was beide noch nicht wissen: Tempus, Mercury und Dante, mysteriöse Verbündete aus dem Tal der verlorenen Seelen, haben das Wasser vergiftet. Nach einer Zwischenstation auf dem U-Boot machen Thea, Mark und Hans Peter sich auf den Weg, um das Innere der Insel zu erkunden. Auf dem Gipfel des Spyglass Hill hoffen sie, den Schatz und den Schlüssel zum Geheimnis des Malstroms zu finden.

Auf dem Spyglass Hill entdecken Mark, Thea und Hans-Peter einen geheimnisvollen Steinring. Mit Hilfe seines Computers findet Mark heraus, dass sich mit diesen Steinen astronomische Berechnungen anstellen lassen. Zeigen sie den Weg durch den Malstrom in die Außenwelt? Thea gewinnt allmählich ihre Erinnerung zurück. In Albträumen erlebt sie ihre Vergangenheit und immer mehr zieht sie es in das Tal der verlorenen Seelen. In der Hamburger Siedlung ist inzwischen bekannt, dass das Trinkwasser vergiftet wurde, so kann Jacqui die Epidemie in den Griff bekommen. Während draußen in der Wildnis marodierende Banden ihr Unwesen treiben, machen die Kinder auf dem Spyglass Hill noch eine sensationelle Entdeckung. Sie finden einen juwelenbesetzten Dolch. Er muss zum legendären Schatz gehören.

Auf dem Spyglass Hill können Mark, Thea und Hans-Peter Escovar überwältigen und fesseln. In der Nacht kann er jedoch wieder entkommen. Er will Marks Computer zu Dante bringen, der den Stamm der geheimnisvollen Schatten anführt. Dante hofft, von der Insel einen Weg in die Außenwelt zu finden. Er hat Marks Eltern als Geiseln genommen. Karl und Raoul entdecken im glutheißen Tal der verlorenen Seelen die Schwarzen Gärten. Dort treffen sie die stumme 12-jährige Rosa und ihren Großvater, den Torwächter Alessandro. Während Thea sich wieder an ein Stück ihrer Vergangenheit erinnert (sie und ihr Onkel Jack waren jahrelang Dantes Gefangene), finden Raoul und Karl in einem Festungsgewölbe eine Seekiste - anscheinend ein sicheres Indiz dafür, dass sie sich wirklich auf der legendären Schatzinsel befinden.

Raoul und Karl finden in der alten Seekiste eine Piratenflagge und eine Bibel. Mit Rosas Hilfe können sie, als Samurai verkleidet, aus der Festung fliehen. Dantes Plan, sie hier festzusetzen, ist zunächst gescheitert. Aber eine Verfolgungsjagd beginnt, bei der Karl sich von seinem Freund trennen muss. Mark hat errechnet, dass in genau zwei Tagen, dem Tag der Sonnenwende, ein Entkommen von der Insel möglich sein könnte. Dazu soll das alte U-Boot wieder flottgemacht werden. Dort sind Jacqui und Danni inzwischen Gefangene der Alten. Auf ihrem Weg durch die Wildnis stürzen Thea und Mark in eine tiefe Grube, die offenbar als Falle errichtet wurde. Tempus hilft ihnen wieder heraus. Er führt sie zu einem Blockhaus im Dschungel, das ihnen als Nachtquartier dienen soll. Dort wartet Dante auf sie.

In Dantes Höhle erfährt Mark, dass seine Eltern Paul und Sally noch am Leben sind. Dante hält sie im Dschungel als Geiseln gefangen. Er bietet dem Jungen einen Handel an. Mark soll den Piratenschatz suchen und einen Weg durch den mörderischen Malstrom finden - dafür dürfen seine Eltern mit ihm und seinen Freunden die Insel verlassen. Währenddessen installieren die Alten, die sich von allen Seiten bedroht fühlen, auf dem U-Boot, dem einzigen Fluchtfahrzeug, Sprengsätze, die Jacqui erst in letzter Sekunde entschärfen kann. Während Karl aus der Gefangenschaft der Samurai entkommen kann und Thea in einem unterirdischen Labyrinth Spuren des Schatzes findet, ordnet Dante den allgemeinen Aufbruch an. Sein Ziel: Über den Schiffsfriedhof durch den Malstrom zur Außenwelt.

Der Countdown läuft. Nur unter einer bestimmten Konstellation der Gestirne, die der Steinkreis auf dem Spyglass Hill anzeigt, teilt sich der mörderische Malstrom. Nur dann ist ein Entkommen von der Insel möglich, und diese Zeit ist nun angebrochen. Dantes Stamm der Schatten macht sich, bewaffnet mit einer Kanone, auf den Weg zur Küste, wo die Alten, unterstützt von Jacqui und Hans-Peter, die Fahrtüchtigkeit des U-Bootes überprüfen. Im Lager der Kaufleute gelingt es Danni, den von Frau Keller zum Tode verurteilen Raoul zu befreien. Die Horselords und die Hamburger Kaufleute schließen endlich Frieden miteinander. Trotzdem stehen sich mit den Neuen und den Schatten am Ende auf dem Schiffsfriedhof unversöhnliche Feinde gegenüber. Beide wollen um jeden Preis von der Schatzinsel entkommen.

Die Raymonds erleiden Schiffbruch und werden an der anderen Seite der Insel an Land gespült. Mark lässt seinen kranken Vater und die Mutter zurück, um Hilfe zu holen und um in Erfahrung zu bringen, was aus seiner Schwester Jacqui und ihrem Schiffskamerad Karl geworden ist. Er gerät bei seiner Suche in große Gefahr, doch einem Jungen namens Hawk gelingt es, ihn zu retten.

Thea, Hans-Peter, Antonio und Tempus sitzen in dem alten Schloss fest. Mark wird von fleischfressenden Schlingpflanzen umschlungen und ein geheimnisvolles Mädchen befreit ihn. Bevor das Mädchen wieder spurlos verschwindet verrät sie Mark, dass sie Maria heißt. Thea beobachtet einen Dieb im Schloss, doch keiner glaubt ihr, bis Hans-Peter einen Geheimgang entdeckt, durch den der Dieb entkommen konnte.

Mark kann den Stürmern mit Hilfe von Maria knapp entkommen. Im Schloss packen Thea und Hans-Peter die Gelegenheit beim Schopf und fliehen. Auf ihrer Flucht durch den Dschungel werden sie Zeugen eines Treffens zwischen Dante und dem Abtrünnigen Paco. Sie begreifen, dass Dante mit den Stürmern verbündet ist und den Befehl für einen Angriff auf das Schloss gegeben hat. Sie eilen zum Schloss zurück, um Antonio und Tempus zu warnen, nicht ahnend, dass Tempus kein anderer als Dante ist. Im Schloss gelingt es Antonio und den anderen, den Dieb zu stellen, der sich als ein Mädchen namens Juanita entpuppt. Juanita möchte ihren Bruder aus Pacos Sklaverei befreien. Antonio, Thea und Hans-Peter werden ihr dabei helfen, aber nur unter der Bedingung, dass Juanita ihnen hilft, den Angriff der Stürmer auf das Schloss zu überstehen.

Im Schloss verteidigen sich Antonio, Juanita, Thea und Hans-Peter gegen den Angriff der Stürmer. Antonio ist entschlossen, Juanita zu helfen und ihren Bruder zu retten. Thea und Hans-Peter finden zufällig ein verstecktes Fach, in dem sich ein altes Buch befindet. Thea vermutet, dass es ein Bericht von Billy Jones ist, einem der Piraten aus Stevensons "Schatzinsel". Maria überrascht Mark und Hawk in Hawks Nest und verlangt, ihr Zuflucht zu gewähren, andernfalls würde sie den Stürmern das Versteck verraten. Die Stürmer jagen Maria, denn sie ist ein Sturmkind und kennt ihre Geheimnisse. Bei der Rettung von Juanitas Bruder aus Pacos Lager wird Antonio von einer giftigen Pflanze, die als Dornvogel bekannt ist, gestochen. Falls er nicht ein Gegengift bekommt, sind seine Tage gezählt. Alles wird noch schlimmer, als Tempus seine Verkleidung fallen lässt und sich als Dante zu erkennen gibt. Die Kinder sind in der Hand ihres schlimmsten Feindes.

Thea, Hans-Peter und Antonio sind in Dantes Händen. Indem er das Leben der anderen Kinder bedroht, erpresst Dante Thea, ihn zu Mark Raymonds Versteck zu führen. Hans-Peter kann indes fliehen und versucht, Dante zuvorzukommen und Mark zu warnen. In Hawks Nest haben Mark, Hawk und Maria unterdessen eine unliebsame Begegnung mit einer gigantischen Schlange. Auf der Flucht vor der Schlange tritt Mark auf eine eklige Stinkerpflanze. Hawk vertraut Mark an, dass sein wirklicher Name Jim Hawkins ist, bevor er sein eigenes Leben riskiert, um Ogvat, ein schnüffelndes Biest, das für die Stürmer arbeitet, von der Spur zu ihrem Versteck abzubringen. Maria macht sich auf, um Thea und die anderen zu Mark zu führen. Zu spät entdeckt sie, dass Dante sie benutzt, um Mark zu finden. Mark ist alleine in Hawks Nest und sitzt in der Falle.

Mark kann aus Hawks Nest fliehen. Er trifft Danni und Hans-Peter und zusammen schmieden sie einen Plan, um Thea und Antonio aus den Händen Dantes zu retten. Maria konnte den Oberpriester der Stürmer, Nakuk, überzeugen, dass sie immer den Stürmern treu ergeben war. Nun wird von ihr erwartet, dass sie ihre Ergebenheit beweist, indem sie entweder Thea oder Antonio als Opfergabe für den Malstrom auswählt. Maria gelingt mit den anderen die Flucht, doch das Gift der Dornenvogel-Pflanze macht sich schließlich bei Antonio bemerkbar. Maria führt sie zu einem Wäldchen, wo die Frucht des Guten und Bösen blühen soll, die als Gegengift wirkt. Mark will zurückbleiben und versuchen, Thea zu retten, die noch bei Dante ist. Die anderen werden Richtung Skull Rock aufbrechen, wo angeblich der Piratenschatz zu finden ist.

Aus seinem Versteck heraus beobachtet Mark, wie das Piratenschiff "El Diabolo" in die Bucht einfährt und wie die Piraten an Land gehen. Das Schiff ist ein rostiger Schaufelraddampfer mit einem kaputten Motor und nur einer Kanone, für die als Munition explodierende Früchte verwendet werden. Dante handelt mit den Piraten ein Abkommen aus. Sie nehmen ihn mit zum Skull Rock und hoffen, mehr über den Schatz zu erfahren. Thea soll dort als Köder für Mark dienen, denn Dante glaubt immer noch, dass Mark den Schlüssel zum Schatz finden kann. Unterdessen haben die anderen Kinder den Skull Rock erreicht und Zuflucht gesucht zwischen den Gräbern von Flint und all den anderen Piraten. Als die "El Diabolo" zum Skull Rock lossegelt, fährt Mark als blinder Passagier mit, um seine Freunde vorzuwarnen.

Mark schafft es gerade noch rechtzeitig, seine Freunde zu warnen. Dank Marias Hilfe können sie fliehen und die Piraten abhängen. Sie finden hinter einem Wasserfall Schutz und stolpern dabei zufällig über ein neues Versteck - eine Piratenhöhle, die so alt ist, dass keiner sie mehr kennt. Tatsächlich könnten die Schiffsjacke, die Mütze und die Stiefel, die dort herumliegen und der alte Papagei, der dort herumplappert, Flint selber gehört haben. Mark tauft den Schlupfwinkel "des toten Mannes Truhe". Die Piraten nehmen Marks Familie gefangen und haben alle Köder, die sie brauchen, um Mark aus seinem Versteck zu locken. Die Piraten sind so davon besessen, Flints Schatz zu finden, dass sie Thea im Austausch gegen Mark freilassen würden.

Mark entscheidet, dass er als Freund von Thea keine andere Wahl hat, als sich selbst als Geisel anzubieten. Mark ist bewusst, dass er und die anderen Kinder nur gegen die Piraten ankommen können, wenn sie den Schatz finden. Danni hilft dem mittlerweile wieder gesunden Antonio aus der Patsche bei seinem kopflosen Versuch, die Sklaven aus dem Piratenlager zu befreien. Mark beginnt in Gefangenschaft ein gefährliches Spiel mit den Piraten, denn er will alles herausfinden, was die Piraten wissen, ohne seinerseits ihnen irgend etwas zu verraten. In der Höhle Flints entdecken Thea und die anderen geheimnisvolle Richtungsangaben in altes Holz geschnitzt. Vielleicht eine Schatzkarte?

Thea und die anderen Kinder folgen den Richtungsangaben auf der Karte. Doch als sie nach dem Schatz graben, finden sie nur ein Versteck mit alten Piratenwaffen. Im Piratenlager werden die Piraten ungeduldig, denn Mark soll mit Hilfe seines Computers endlich die Lage des Schatzes entschlüsseln. Sie holen einen Gefangenen, Marks ehemaligen Schiffskameraden Karl, und setzen ihn in ein Fass, unter dem sie einen großen Kessel mit Öl anheizen, um Mark zu verängstigen. Danni bringt Antonio das Fechten bei. Ihr Training wird durch die dramatische Ankunft eines Mädchens unterbrochen, das von zwei Piraten verfolgt wird. Sie fleht Antonio an, sie zu retten.

Antonio gelingt es, die Piraten in die Flucht zu schlagen und das unbekannte Mädchen zu retten. Von der Bewunderung des Mädchens geschmeichelt, nimmt Antonio das Mädchen gegen den Willen Dannis mit. Sie ist, so stellt sich heraus, niemand anderes als Long John Silvers Tochter Jane und lockt Antonio und Danni in eine Falle. In Flints Höhle beschließen Hans-Peter, Maria und Thea, gegen die Piraten vorzugehen. Doch die Stürmer haben ihren Fährtensucher Ogvat losgeschickt, um Jagd auf Maria zu machen und die Kinder müssen sich trennen. Mark spielt weiterhin auf Zeit und sät Misstrauen zwischen Long John Silver und seinem 1. Offizier Black Dog. Eine Meuterei unter den Piraten steht kurz bevor. Doch die Zeit arbeitet gegen Mark und sein Plan misslingt. Die Piraten wollen ihre Schatzkarte auf der Stelle. Dante wird bei der Verfolgung von Thea vom Gift der Spuckenden Pflanzen getroffen und erblindet. Er fleht Thea um Hilfe an. Plötzlich hat Thea Dantes Leben in ihrer Hand.

Im Piratenlager täuscht Mark vor, er wüsste, wo der Schatz ist. Nach einem langen und anstrengenden Fußmarsch scheint die Stelle gefunden. Doch das schnell gegrabene Loch bleibt leer. Die Piraten sind ungehalten und kehren unverrichteter Dinge nach der misslungenen Schatzsuche in ihr Lager zurück. Ein Sturm steht kurz bevor. Jim Hawkins und Hans-Peter haben die Umgebung des Piratenlagers mit einer explodierenden Frucht vermint. Der Sturm löst die Geschosse aus und die Piraten glauben, unter Beschuss zu stehen. In der Verwirrung kann Mark entkommen und verliert auf der Flucht seinen wertvollen Computer. Unterdessen schockt Thea Maria und Karl, als sie in Flints Höhle mit dem erblindeten Dante auftaucht. Dante nutzt seine Lage und lockt Maria mit einem Kuhhandel. Sie soll ihn zur Frucht des Guten und Bösen führen, die seine Blindheit heilen kann, und er verrät Maria, wo der Schatz ist. Maria ist einverstanden, was sie in eine lebensgefährliche Lage bringt.

Maria ist von einer Schlingpflanze gefangen und von Dante zurückgelassen worden. In dieser hoffnungslosen Lage erscheint Ogvat, der sie rettet, obwohl er im Dienst der Stürmer steht. Maria versichert Thea und Karl, dass Ogvat ihnen helfen wird. Mark entdeckt eine Möglichkeit, aus Dolchen Blitzableiter zu bauen und sich vor dem Sturm zu schützen. Dabei kommt ein erschreckender Nebeneffekt zu Tage: Wenn die Blitze einschlagen, entsteht ein riesiger Feuerball. Jim schlüpft auf das Piratenschiff, um Marks Familie zu retten, wird aber gefangengenommen. Unterdessen retten Karl und Thea Danni und Antonio, die immer noch im Schädelfelsen festsitzen. Sie erfahren, dass sich Dante mit Jane Silver verbündet hat. Mark hat eine Idee, wie sie alle von der Insel entkommen können und entschlüsselt das Rätsel des Schatzes.

In Flints Höhle die Idee: Die ursprünglichen Piraten kannten das Geheimnis, von der Insel zu fliehen. Die Blitzableiter an den Masten ihrer Schiffe bauten bei einem Blitzschlag eine so große Energie auf, dass sie groß genug war, um ein Loch durch den Malstrom zu stoßen. Alles, was ihnen jetzt fehlt, ist ein Schiff. Dante wird von den Piraten gefangen genommen. In einem Netz, das am Mast hängt, kommt er zu den anderen Gefangenen auf das Piratenschiff. Angeführt von Mark versammeln sich die Kinder im Dschungel. Mark ist bereit, den Schatz zu opfern, um alle zu retten. Die Kinder beschlagnahmen das Piratenschiff und tragen eine heftige Schlacht mit den Piraten aus. Dantes Gier rettet die Raymonds und die Kinder, so dass sie ungehindert auf den Malstrom und ihre Freiheit zusteuern können.