In einer streng geheimen militärischen Forschungseinrichtung auf der Ikarus-Basis steht ein Team aus Wissenschaftlern und Militärpersonal unter dem Kommando von Colonel Everett Young kurz davor, das Geheimnis des neunten Chevrons zu entschlüsseln. Aber noch weiß niemand, wohin dieses Chevron führt und wie viel Energie es kostet, es zu aktivieren. Während des Besuchs von US-Senator Armstrong, seiner Assistentin Chloe und des jüngst rekrutierten Computergenies Eli Wallace auf der Ikarus-Basis, wird die Einrichtung angegriffen. Colonel Everett Young hat keine andere Option, als den Rückzug anzuordnen. Während um sie herum die Basis in Flammen aufgeht, befiehlt er die Evakuierung durch das Stargate. Allerdings führt der Wissenschaftler Dr. Nicholas Rush in allerletzter Minute ein Experiment durch, aufgrund dessen die Flüchtlinge nicht auf der Erde, sondern Milliarden Lichtjahre entfernt in den Tiefen des Weltalls landen.
Die Überlebenden finden sich an Bord der „Destiny“ wieder, einem uralten Raumschiff, das auf einem vorbestimmten Kurs durch das Weltall gleitet. Das unbemannte Schiff diente einst dazu, Sternentore in fremde Galaxien zu transportieren und sie zu vernetzen. Panik macht sich in der Gruppe breit. Colonel Young, der auf der Flucht schwer verletzt wurde, kann gerade noch das Kommando an Lieutenant Matthew Scott übergeben, bevor er bewusstlos wird. Sanitäterin Tamara Johansen, die eigentlich in wenigen Tagen das Programm verlassen wollte, sieht sich plötzlich in die Rolle einer Chefärztin versetzt. Teams, die von Dr. Rush und Sergeant Greer geleitet werden, erkunden den Ernst der Lage. Sie erkennen, dass sie den festgelegten Kurs der „Destiny“ nicht ändern können. Nur mühsam erlangen sie Kontrolle über das Schiff, zudem werden die Ressourcen knapp.

Dr. Rush versucht heimlich mit Hilfe von Antiker-Technologie das Home World Kommando im Pentagon zu erreichen. Die so genannten Kommunikationssteine ermöglichen es nämlich, dass zwei Menschen, selbst wenn sie unendlich weit voneinander entfernt sind, das Bewusstsein tauschen können. Nachdem er auf diese Weise Kontakt mit der Befehlszentrale aufgenommen hat, behauptet Dr. Rush, von General O’Neill zum Leiter der Expedition ernannt worden zu sein und dass es keinen Weg zurück auf die Erde gebe. Von den übrigen Gestrandeten schlägt ihm jedoch offenes Misstrauen entgegen – denn es ist kein Geheimnis, dass Rush jedes Mittel recht ist, um seine Ziele zu erreichen. Zunächst hat das Team jedoch ganz andere Sorgen: Die Lebenserhaltungs-Systeme der Destiny stehen kurz vor dem Kollaps und müssen schnellstmöglich repariert werden. Andernfalls droht den fast 80 Überlebenden innerhalb der nächsten 24 Stunden ein qualvoller Erstickungstod!

Auf dem Wüstenplaneten sucht die Mannschaft der Destiny nach Calciumoxid-Vorkommen, mit denen sie die CO2 -Gaswäscher des Raumschiffs reparieren können. Den Überlebenden der Destiny-Basis bleiben nur zwölf Stunden, bevor die Destiny automatisch ins nächste Sternensystem springt. Um schneller eine Mineral-Lagerstätte zu finden, teilt sich das Erkundungsteam auf: Rush, Scott and Ronald Greer führen eine Gruppe an, während Eli Wallace mit den übrigen in die entgegengesetzte Richtung aufbricht. Eli ist jedoch kein Glück beschieden: Nach mehreren fehlgeschlagenen Versuchen, das begehrte Mineral aufzuspüren, beschließt er, stattdessen das Stargate des Wüstenplaneten zu nutzen, um diejenigen Toradressen auszuprobieren, die sich an Bord der Destiny nicht anwählen ließen. Eli ahnt nicht, dass er damit das Team in Lebensgefahr bringt, denn diese Ziele waren auf der Destiny nicht ohne Grund gesperrt.

Während die Besatzung an Bord der Destiny vor allem unter der Rationierung des Wassers im Sanitärbereich leidet, bereitet der wachsende Energieverlust des Raumschiffs Dr. Rush größte Sorgen. Auch Colonel Young nimmt das Problem der Energieversorgung sehr ernst. Die eigenständigen Nachforschungen von Rush sind ihm jedoch äußerst suspekt. Daher beauftragt er den Astrophysiker Dr. Volker, Rush bei seiner Arbeit zu unterstützen. Die Zusammenarbeit gestaltet sich, wie zu erwarten war, äußerst schwierig. Die Tatsache, dass sich Eli mit Raumschiffduschen auskennt, lassen seine Chancen bei Chloe deutlich ansteigen. Ansonsten ist er damit beschäftigt, eine Art gefilmtes Erinnerungsalbum zusammenzustellen, in dem jeder Einzelne für den Fall seines Ablebens eine Botschaft für die Nachwelt hinterlassen kann. Schließlich tritt der von Rush befürchtete Fall ein: Außer den Lebenserhaltungssystemen funktioniert nichts mehr an Bord der Destiny – und wie lange diese noch durchhalten werden, ist mehr als ungewiss. Rush erleidet einen Nervenzusammenbruch und wird von Lieutenant Johansen für einige Stunden in tiefen Schlaf versetzt. Young stattet mit Hilfe der Kommunikationssteine der Erde einen Besuch ab, um dort von der hoffnungslosen Lage auf der Destiny zu berichten. Ein kurzer Besuch bei seiner Frau Emily bereitet ihm eher Sorgen als Erleichterung. Währenddessen versuchen Eli und Lieutenant Scott, eine Lösung für das Energieproblem zu finden. Neue Hoffnung keimt auf, als Scott in unmittelbarer Nähe ein Sternensystem mit bewohnbaren Planeten entdeckt...

Die Lage auf der Destiny ist hoffnungslos. Die Energie ist verbraucht und das Raumschiff steuert direkt auf einen Stern zu. Es besteht keine Möglichkeit, den Kurs zu ändern. Für 17 Personen scheint es jedoch eine Alternative zum sicheren Tod zu geben. Ein Shuttle soll sie zu einem der drei Planeten bringen, die den Stern umkreisen. Ob die atmosphärischen Verhältnisse dort das Überleben ermöglichen, ist allerdings ungewiss. Für die Besatzung des Shuttles wählt Colonel Young den Piloten Scott und die Sanitäterin TJ aus. Die übrigen 15 Personen werden per Losverfahren bestimmt. Young will selbst auf der Destiny ausharren. Rush trifft dieselbe Entscheidung, und in dieser verzweifelten Situation schlagen beide unerwartet versöhnliche Töne an. Das Shuttle startet und nimmt Kurs auf den Planeten, der sich leider bei näherem Hinsehen als äußerst lebensfeindlich entpuppt. Währenddessen blicken die auf der Destiny verbliebenen Besatzungsmitglieder ihrem scheinbar sicheren Ende entgegen, jeder auf seine Weise. Doch dann geschehen gleich zwei Wunder...

Auf mysteriöse Weise verringert sich der Wasservorrat an Bord der Destiny. Der Tank wird streng bewacht, die Quartiere der Besatzung werden durchsucht, doch das Rätsel bleibt ungelöst. Glücklicherweise befindet sich ein Planet mit größeren Wasser- bzw. Eisvorkommen in der Nähe. Young und Scott machen sich auf den Weg. Doch sie müssen sehr weit gehen, bis sie Eis in Trinkwasserqualität entdecken. Unterdessen macht TJ, die während Youngs Abwesenheit das Kommando übernommen hat, eine unheimliche Entdeckung. An Bord befinden sich unzählige winzig kleine, außerirdische Lebewesen, die offenbar in großen Mengen Wasser konsumieren, ohne dabei entdeckt zu werden. Doch das ist noch nicht genug: Die insektenähnlichen Wesen sind äußerst aggressiv – was ein Besatzungsmitglied schmerzhaft zu spüren bekommt. Verzweifelt sucht die Mannschaft nach einer Möglichkeit, die außerirdischen Biester loszuwerden. Young und Scott waren bei der Wassersuche indessen erfolgreich – doch dann stürzt Scott in eine Gletscherspalte. Die Zeit läuft, denn der zur Verfügung stehende Sauerstoff reicht nur noch begrenzte Zeit. Young ist fest entschlossen, nicht ohne Scott zurückzukehren...

Die Situation auf der Destiny verschlechtert sich weiter. Es gibt nur noch wenige Vorräte, und auch die Lebenserhaltungssysteme funktionieren mehr schlecht als recht. In dieser prekären Situation beschließt das Stargate-Kommando auf der Erde, drei Spezialisten auf das Raumschiff zu schicken, die einen riskanten Plan zur Rückkehr der Besatzung auf die Erde umsetzen sollen. Möglich wird der Transport von Telford, Williams und einer weiteren Wissenschaftlerin durch drei Kommunikationssteine der Antiker, die einen Körpertausch ermöglichen. Im Austausch gelangen Eli, Young und Chloe auf die Erde – aber eben nur vorübergehend und nur in der Gestalt derjenigen, die jetzt in ihren Körpern auf dem Raumschiff sind. Auf der Erde gibt es für sie einiges zu tun: Young versucht verzweifelt, seine Ehe zu retten. Chloe muss erfahren, dass ihr Ex-Freund mit ihrer besten Freundin ein Verhältnis hat. Und Eli bemüht sich, seine Mutter zu trösten, die seinen Verlust nur schwer verkraften kann. Williams und O’Neill tüfteln unterdessen an ihrem Plan, mit dem sie die Destiny-Crew zur Erde zurückbringen wollen. Allerdings birgt ihr Versuch einige schwerwiegende Risiken...

Die Crew hat einen neuen Dschungel Planeten entdeckt. Zu ihrer Überraschung finden sie in der Nähe des Gates eine Kameradrohne. Nach dem Download der Dateien entdeckt Eli (David Blue) ein Video des Teams, das anscheinend bereits bei einem früheren Besuch gedreht wurde. Doch als ein Teammitglied plötzlich erkrankt, ist die Herkunft des mysteriösen Videos nur noch nebensächlich. Da sie aufgrund der Infektionsgefahr nicht zur Destiny zurückkehren können, campiert das Team im Dschungel. Als es Nacht wird, stellt sich jedoch heraus, dass die Krankheit bald ihre kleinste Sorge sein wird...

Mit Hilfe der Kommunikationssteine reisen Lieutenant Matthew Scott and Camile Wray zurück zur Erde, um ihren Angehörigen einen Besuch abzustatten. Camille und ihr Partner versuchen, das Beste aus den seltsamen Umständen ihres Zusammentreffens zu machen - schließlich befindet sich Camilles Geist während des Ausflugs zur Erde nicht in ihrem ursprünglichen Körper. Auch auf Lieutenant Scott warten daheim einige Überraschungen. An Bord der Destiny leitet Dr. Rush derweil eine Expedition in bisher unerforschte Bereiche des Raumschiffs. Die Crew hofft, dort Ressourcen zu finden, die das Leben an Bord erleichtern könnten. Dabei stoßen die Wissenschaftler auf ein Gerät, das einem Wissensterminal der Antiker ähnelt. Wie sich herausstellt, handelt es sich um eine Verbindung zu anderen automatisierten Schiffen, die überall im Weltraum Stargates verteilen. Dr. Rush kann zwar nicht garantieren, dass die Benutzung des Geräts ungefährlich ist, möchte es aber dennoch einsetzen. Der Streit mit seinem Erzrivalen Colonel Young ist damit vorprogrammiert ...

Als ein Crewmitglied mit einer Schusswunde tot aufgefunden wird, wirkt das wie ein Schock auf die Besatzung der Destiny. Was zunächst wie Selbstmord aussieht, entpuppt sich bald als Verbrechen. Colonel Young ordnet sofort eine Durchsuchung der Crewquartiere an - doch dabei wird die Waffe ausgerechnet in seiner eigenen Kabine gefunden! Um eine drohende Meuterei zu verhindern, erklärt sich Young bereit, sich einem Prozess zu stellen ...

Colonel Young will mit Hilfe der Kommunikationssteine einen Bericht über die Todesfälle an Bord der Destiny zur Erde schicken. Als er die Apparatur aktiviert, wird sein Bewusstsein auf ein unbekanntes Wesen umgeleitet. Aus Sorge über die Nachwirkungen dieses Zwischenfalls, schaltet er deshalb die Kommunikationssteine ab. Kurze Zeit später kreuzt ein feindliches Schiff die Route der Destiny und verlangt die Kapitulation. Sofort entbrennt ein Kampf, bei dem Chloe gefangen genommen wird. Colonel Young ist nun klar, dass der Vorfall keineswegs ein Zufall war und aktiviert die Kommunikationssteine erneut, um an Bord des Raumschiffs zu gelangen und Chloe zu retten. Doch schnell muss er feststellen, dass Chloe nicht die einzige Gefangene auf dem Schiff ist ...

Sowohl Dr. Rush als auch Chloe werden infolge der Gefangenschaft auf dem Raumschiff der Aliens von Alpträumen geplagt. Dr. Rush macht sich Sorgen, dass ein Peilsender an Bord der Destiny sein könnte. Colonel Young hält diesen Verdacht für durchaus realistisch und begibt sich mit Lieutenant Scott auf die Suche. Während sie im Rumpf des Schiffes einen Kontrollgang durchführen kommt es zu einem Aufstand von Teilen der Crew, die lebensbedrohliche Konsequenzen für alle an Bord haben könnte.

Zur Neige gehende Vorräte und ermüdende Routine untergraben die Moral der Crew immer stärker. Plötzlich wird die Destiny aus der Lichtgeschwindigkeit gerissen und strandet in einem unbekannten Sonnensystem mit nur einem Planeten. Dr. Rush kann es sich nicht erklären, dass das System auf keiner Karte eingezeichnet ist. Lt. Scott und ein kleines Team machen sich in einem Shuttle auf den Weg zu dem Planeten. Dort herrschen paradiesische Zustände. Die klare Luft und das saubere Wasser lassen die Crew glauben, die Entdeckung sei eine Vorsehung gewesen. Die Rückkehr auf die Destiny erscheint den Besatzungsmitgliedern nicht mehr sonderlich erstrebenswert ...

Entgegen der klaren Order versucht Dr. Rush, den geheimen Code der Destiny zu knacken, indem er sich über das neuronale Interface mit dem System des Schiffs verbindet. Er hofft, so an den Code zu kommen, der die Flugroute der Destiny kontrolliert. Colonel Young sieht sich vor vollendete Tatsachen gestellt und weiß nicht recht, wie er darauf reagieren soll. Derweil hat die Destiny den Lichtgeschwindigkeits-Modus verlassen und steuert auf einen Planeten zu, der die Überreste einer alten Zivilisation beherbergt. Lieutenant Scott, Eli, Chloe und Greer haben nur sechs Stunden Zeit, um die unterirdischen Ruinen zu untersuchen, bevor das Schiff erneut springt ...

Die Situation für Lt. Scott, Eli, Chloe und Greer ist düster, da sie es nach einer Erkundungsexkursion zu einer Ruine nicht mehr rechtzeitig zurück auf die Destiny geschafft haben, bevor diese automatisch mit Lichtgeschwindigkeit weiterflog. Sie fragen sich, ob sie auf dem Planeten auch so überleben könnten. Doch zuerst müssen sie einen Weg aus der Ruine finden, in der sie sich befinden. Derweil herrscht an Bord der Destiny rege Betriebsamkeit. Dr. Rush kann das Schiff jedoch nicht einfach stoppen und schon bald wird ihr Kurs sie in eine ganz andere Galaxie transportieren, und die Crew auf dem Planeten wird für immer dort gestrandet sein. Fieberhaft versucht Rush mit Colonel Young eine Lösung zu finden ...

Die Destiny jagt weiter auf ihrem Kurs in die nächste Galaxie. Doch während immer noch drei Besatzungsmitglieder auf einem Planeten ausharren, rechnet Dr. Rush aus, dass die gegenwärtige Antriebskraft nicht ausreihen könnte, um ihr nächstes Ziel zu erreichen. Mithilfe des Kommunikationssteines gelingt es jedoch, eine ausgewiesene Expertin auf dem Gebiet des Hyperantriebs an Bord zu holen. Die attraktive Wissenschaftlerin Amanda Perry ...

Einige Mitglieder der Crew werden von rätselhaften Halluzinationen heimgesucht. Um die Ursache zu ergründen und den Rest der Crew zu schützen, isoliert Tamara Johansen die Kranken. Die Wahnvorstellungen sind äußerst realistisch und bringen tief verborgene persönliche Ängste und Wünsche an die Oberfläche. Da die Vorfälle erst auftraten, nachdem ein Erkundungstrupp unter der Führung von Lieutenant Scott auf einem Außeneinsatz war, ist es auf der einen Seite möglich, dass eingeschleppte Viren für die Symptome verantwortlich sind - oder aber es handelt sich um ein Stresssyndrom. Doch plötzlich werden auch Crewmitglieder außerhalb der Krankenstation von den Halluzinationen heimgesucht. Die Angelegenheit nimmt bald immer dramatischere Formen an und bedroht schließlich sogar das Leben der Crewmitglieder ...

Dr. Rush hat einen seltsamen Traum, in dem er in der Gestalt von Colonel Telford geheime Informationen bei einem Luzianer-Treffen ausplaudert. Colonel Young glaubt, dass Gedankenreste von Telford bei ihm hängen geblieben sind, als er in dessen Geist übertrat. Der Verdacht, dass Telford in den Diensten der gegnerischen Allianz steht, veranlasst Young dazu, Dr. Rush erneut auf die Erde zu schicken. Derweil hat auch der Colonel Telford einen eigenen Plan ...

Colonel Young ist jedes Mittel recht, um Colonel Telford von der Gehirnwäsche durch die Luzianer Allianz zu deprogrammieren, die die Tragödie auf der Ikarus Basis verursacht hat. Es gelingt Colonel Young tatsächlich und es kommt heraus, dass die Luzianer-Allianz einen Angriff auf die Destiny planen. General O'Neill beschließt einen vorbeugenden Erstschlag gegen die Feinde zu starten. Währendessen wird Dr. Rush immer noch von den Luzianern gefangen gehalten. Sie wollen ihn zwingen, ihnen dabei behilflich zu sein, ihren geplanten Angriff auf die Destiny in die Tat umzusetzen ...

Der Versuch der Luzianer-Allianz, die Destiny gewaltsam unter Kontrolle zu bringen, endet in einem Patt und Toten auf beiden Seiten. Der Konflikt zwischen dem brutalen Anführer der Allianz, Commander Kiva, und Colonel Young hat einen schmerzhaften Tribut von der Destiny gefordert, die mit gewaltigen Energieverlusten zu kämpfen hat. Tödliche Strahlung verursacht außerdem ein Zusammenbrechen der Schutzschilde, das in Kürze zu völligen Kollaps aller Systeme führen könnte ...

Colonel Young und die meisten seiner Soldaten werden noch immer von den Eindringlingen der Luzianer-Allianz mit Waffengewalt festgehalten. Ihr Anführer Dannic will das gesamte militärische Personal erschießen, doch er wird von seinem Mitstreiter Varro davon überzeugt, sie stattdessen ins Exil zu schicken. So wird das Team auf einem unwirtlichen, felsigen Planeten ausgesetzt.

Kurz nachdem sie dort angekommen sind, kommt es unter den Luzianern zu einer erbitterten Auseinandersetzung und Varro und einige seiner Männer werden als Verräter gebrandmarkt und ebenfalls dorthin verbannt. Als sich ein tödlicher Gewittersturm zusammenbraut, müssen sich alle zusammenraufen, um einen sicheren Unterschlupf zu finden und zu überleben.

Währenddessen haben sich Dr. Rush, Brody, Chloe und Eli im Hydrokultur-Labor eingeschlossen. Sie haben es geschafft, von dort aus Teile der Energieversorgung des Raumschiffs unter ihre Kontrolle zu bringen. Dr. Rush tüftelt einen heiklen Plan aus, die Luzianer doch noch zur Aufgabe zu zwingen, indem er die Energiezufuhr der Schutzschilde der 'Destiny' umleitet und so die Strahlung des Pulsars wieder zu einer tödlichen Gefahr für alle werden läßt - außer für diejenigen, die sich im Hydrokultur-Labor verbarrikadiert haben. Doch der aufgebrachte Dannic weigert sich zu verhandeln, koste es, was es wolle.

Die schwer verletzte Tamara Johansen liegt derweil auf der Krankenstation, während ihr Unterbewusstsein einen familiären Ort besucht, an dem sie erstaunliche Neuigkeiten erfährt.

Die Gefangenen von der Luzianer-Allianz werden unruhig und verzweifelt. Sie wissen, dass die Nahrungs- und Wasservorräte der 'Destiny' dahinschwinden, und grübeln darüber nach, was die Zukunft wohl für sie bereithält. Nach einer Vielzahl von Gesprächen mit den Luzianern glaubt Camile Wray, dass man einigen von ihnen durchaus vertrauen kann und sie in manchen Fällen das Team sogar unterstützen könnten. Colonel Young ist da ganz anderer Meinung. Er glaubt weiterhin, dass die Luzianer eine Bedrohung darstellen. Nachdem eine Gruppe Gefangener die Wachen angegriffen hat, ordnet er an, dass sie auf dem nächsten bewohnbaren Planeten ausgesetzt werden.

Während er sich noch von den Spätfolgen der Folter durch Kiva erholt, gelingt es dem völlig erschöpften Dr. Rush, den Mastercode zur Kommandobrücke des Raumschiffes zu entschlüsseln. Er entdeckt außerdem einen Planeten, der nicht lebensfeindlich ist. Dennoch ist er aus einem unerfindlichen Grund vom Navigationssystem der 'Destiny' ausgeschlossen. Auch scheint das Stargate dort nicht zu funktionieren. Jedenfalls kann es von der 'Destiny' aus nicht angewählt werden. Nachdem die Vorräte schwinden, entscheidet Dr. Rush sich dafür, ein Shuttle auf den Planeten zu schicken, um zu erkunden, ob es dort Nahrung und Wasser gibt.

Lieutenant Scott leitet die Mission zum Planeten. Beim Anflug gerät ihr Shuttle jedoch in heftige Turbulenzen, gefolgt von einem Ausfall der Antriebssysteme. Es kommt zu einer Bruchlandung am Fuße eines Felsens, der Schaden ist immens. Der einzige Weg zurück zur 'Destiny' geht durch das Stargate. Aber als sie es schließlich finden, befindet es sich in einem weitaus schlimmeren Zustand als sie es bisher angenommen hatten ...

Die 'Destiny' steuert direkt auf ein ähnlich aussehendes Raumschiff der Antiker zu, das im All vor sich hin treibt. Die Panik der Besatzung über den nicht beeinflussbaren Kollisionskurs verwandelt sich in Staunen, als die 'Destiny' kurz vor dem erwarteten Zusammenprall einfach an dem Schiff andockt. Als sie den Datenstrom auswerten stellen sie fest, dass es sich um eines der Schiffe handelt, die der 'Destiny' vorausgeschickt worden sind, um Stargates im All zu verteilen. Colonel Young stellt ein Team zusammen, um das Schiff zu erkunden, während Dr. Rush und Eli die ungeheure Flut an neuen Daten auswerten. Als sie sich auf dem anderen Raumschiff umsehen, entdecken sie, dass dessen Energievorräte ausreichen könnten, um mit dem Stargate die Erde anzuwählen. Doch genau in dem Augenblick, als die den Transfer starten, bemerken sie, dass sich auf dem mysteriösen Schiff mehr an Bord befindet als nur Energievorräte ...

Seit sie durch Außerirdisch entführt wurde gibt Chloes seltsamer werdendes Verhalten immer mehr zum Anlass zur Sorge. Die Crew fragt sich, wie sehr sie noch unter dem Einfluss der Aliens steht. Eli wird mittels der Kommunikationssteine auf die Erde zurückgeschickt, weil es seiner Mutter zunehmend schlechter geht. Auf der 'Destiny' macht der besorgte Scott eine schockierende Entdeckung, als er Chloes Quartier durchsucht: ihre letzten Aufzeichnungen in einer merkwürdigen Alienschrift! Er zeigt sie Colonel Young und Dr. Rush, die beschließen, dass Chloe nicht aus den Augen gelassen werden darf. Dr. Rush, der die Komplexität der Aufzeichnungen erkennt, zeigt Chloe einige mathematische Probleme, an denen er gerade arbeitet - und erhält überraschende Lösungen.

Bei einer gefährlichen Aufklärungsmission auf einem fremden Planeten stößt Lieutenant Scott auf eine aggressive, pflanzenähnliche Kreatur, die ihn angreift und infiziert. Aufgrund der Ansteckungsgefahr ist es seinem Team verwehrt, ihn zurück auf die Krankenstation der Destiny zu bringen. Tamara sucht nach einem Weg, die Ausbreitung der Alien-Infektion zu verhindern. Währenddessen verliert Scott immer wieder das Bewusstsein und halluziniert von einer heilen Welt auf der Erde und von seiner bevorstehenden Hochzeit. Je mehr sich die Infektion in seinem Körper ausbreitet, desto mehr sickert auch die düstere Realität in seinen Traum durch. Dr. Rush, Tamara und der Rest des Teams geben alles, um sein Leben zu retten. Aber immer mehr der bedrohlichen Organismen rücken näher und umzingeln das Stargate. Scott läuft die Zeit davon ...

Immer wieder wird Colonel Young von erschreckend realistischen Visionen von einem Angriff auf die Destiny heimgesucht, bei dem sie von denselben Aliens attackiert und zerstört wird, die schon Dr. Rush und Chloe entführt haben. Jeder seiner Versuche, das Schiff zu retten schlägt fehl. Er ist sich sicher, dass es sich dabei um eine Prophezeiung handelt, eine Warnung, die sie ernst nehmen müssen. Er ordnet an, dass sich das gesamte wissenschaftliche Team darauf konzentrieren soll, die Waffensysteme des Schiffes wiederherzustellen, und versetzt die gesamte Crew in höchste Alarmbereitschaft.

Colonel Young ist überfordert mit der Situation und zieht sich immer mehr zurück. Er beginnt zu trinken, und die Entscheidungen, die er trifft, werden zunehmend irrational. Gegenüber Wray gesteht er seine Befürchtung, dass er möglicherweise gerade seinen Verstand verliert.

Während Eli Bekanntschaft mit der Luzianerin Ginn macht, sucht Dr. Rush Chloe in der Isolation auf und hofft, dass sie ihm bei einigen Berechnungen, an denen er gerade arbeitet, helfen kann. Chloe beschäftigt jedoch viel mehr, dass nun auch ihr Körper beginnt, sich aufgrund der Alien-DNS zu verändern ...

Die 'Destiny' trifft erneut auf ein verlassenes und schwer beschädigtes Raumschiff, das ziellos im All treibt. Dr. Rush schlägt vor, das Schiff zu untersuchen, in der Hoffnung, dort wertvolle Daten oder Technologien retten zu können. Ohne Shuttle machen sich Rush und Young im Raumanzug auf eine riskante Expedition auf das ramponierte Schiff. Sicher an Bord angekommen entdecken sie, dass sich dort leere Kapseln befinden, ähnlich denen, die sie schon auf dem Vorhut-Schiff vorgefunden haben. Dr. Rush gelingt es die Lebenserhaltung und die Energieversorgung zu aktivieren, doch plötzlich springen die Maschinen von alleine an und das Schiff bewegt sich unaufhaltsam von der 'Destiny' weg. Nachdem Rush den anderen nicht offenbaren möchte, dass er bereits teilweise Kontrolle über die 'Destiny' erlangt hat, behauptet er, dass er an einem Programm gearbeitet habe, die Manövrierraketen der 'Destiny' manuell zu zünden. Aufgrund der Komplexität des Programms schlägt er vor, dass Dr. Amanda Perry mit den Kommunikationssteinen an Bord gebracht wird, um sie zu unterstützen. Er eröffnet ihr heimlich, dass er erfolgreich den Mastercode der 'Destiny' geknackt hat und dirigiert sie zur Brücke. Mit Rushs Hilfe ist es Amanda möglich, die Destiny zurück zu dem beschädigten Schiff zu steuern. Doch als Eli ihr doppeltes Spiel aufdeckt, kommt es zu einer erneuten Konfrontation zwischen Colonel Young und Dr. Rush. Während der Rest der Besatzung fieberhaft daran arbeitet, die beiden zu retten, enthüllt Dr. Rush die wahre Mission der 'Destiny' ...

Ginn hat mit Hilfe der Kommunikationssteine ihren Körper mit Dr. Amanda Perry getauscht und wird auf der Erde vom Heimatplaneten-Sicherheitsdienst vernommen, die sich von ihr wertvolle Informationen über einen bevorstehenden Angriff der Luzianer Allianz auf die Erde erhoffen. Um zu verhindern, dass sie zu viel preisgibt, gelingt es dem Luzianer Simeon, seinem Bewacher zu entkommen und Ginn zum Schweigen zu bringen. Er zwingt Volker, einen Planeten anzuwählen, und entkommt durch das Stargate. Als Dr. Rush den leblosen Körper von Ginn findet, weiß er, dass das auch den Tod für seine Freundin Amanda Perry bedeutet. Von Rachegefühlen getrieben heftet er sich an Simeons Fersen, um ihn zu töten. Aber von der Erde kommt die Order, Simeon lebend gefangen zu nehmen, um ihn ebenfalls bezüglich eines Angriffs der Luzianer zu verhören. Colonel Young schickt deshalb Scott und Greer hinterher, um Simeon zurückzubringen, bevor Rush ihn umbringt.

Die Mitglieder der 'Destiny'-Crew, die vor einem Jahr auf dem idyllischen Planeten 'Eden' geblieben sind, tauchen plötzlich mit einem funktionsfähigen Shuttle in der Nähe der 'Destiny' auf. Die Crew ist skeptisch, denn die Umstände ihrer Rückkehr sind äußerst mysteriös. Dr. Caine und die anderen können sich nicht erinnern, wie sie hier hergekommen sind. Auch sonst kann niemand erklären, wie dies technisch möglich ist. Colonel Young befürchtet, dass außerirdische Mächte involviert sind, und ordnet die Isolation der Neuankömmlinge an. TJs Untersuchung der ehemaligen Crewmitglieder verifiziert ihre Identität und bestätigt, dass sie alle in einem perfekten physischen Zustand sind. Die Untersuchung des Shuttles ergibt ein ähnliches Bild: Es ist wie neu. Vollends mysteriös wird es, als eine der Zurückgekehrten plötzlich tot umfällt. Wray bittet Young darum, Hypnosetechniken anwenden zu dürfen, um die Wahrheit darüber zu erfahren, was auf dem Planeten 'Eden' vorgefallen ist. Young stimmt dem Plan zu, doch die Bruchstücke der Erinnerung, die sie hochwühlt, erweisen sich als desaströs für die Rückkehrer.

Die 'Destiny' entdeckt eine entfernte Energiesignatur, die aus einem Gebiet außerhalb ihrer vorgegebenen Route stammt. Dr. Rush glaubt, dass sie möglicherweise von einer neuen potentiellen Energiequelle stammen könnte oder ein Zeichen intelligenten Lebens, und argumentiert, dass was auch immer sich da draußen befindet, von großem Nutzen für die Crew und für die Mission der 'Destiny' sein könnte. Colonel Young erlaubt es Dr. Rush, die Navigation zu manipulieren und den Kurs zu ändern. Die 'Destiny' findet sich daraufhin mitten in einem Meer havarierter Schiffe wieder, offenbar die Überreste einer Schlacht, die vor vielen Jahrhunderten stattgefunden hat. Nachdem sie kein sichtbares Anzeichen von Gefahr feststellen, erkunden Greer und Volker das Schlachtfeld mit einem Shuttle. Eli nutzt derweil die Systeme der 'Destiny', um in einer Simulation den Hergang der Schlacht zu rekonstruieren - nur um festzustellen, dass es sich bei den Trümmerteile nicht um das handelt, was es zu sein scheint. Chloe verwandelt sich aufgrund der Alien-Infektion weiter und ist sich bewusst, dass sie mit jedem Tag ein größeres Risiko darstellt. Aber als ein tot geglaubter Freund wieder auftaucht, sind es nicht länger Chloes Alien-Entführer, die sie fürchten müssen ...

Volker und Brody versuchen, die Schilde der Destiny zu reparieren, damit das Schiff wieder mit Überlichtgeschwindigkeit fliegen kann. Währenddessen verraten die Ursini in dem Saatgut-Schiff versehentlich ihre Position und lösen somit einen weiteren Drohnen-Angriff aus. Sie bitten die Destiny beim Kampf gegen die Drohnen um Hilfe. Rush willigt ein, verlangt aber dass die Ursini Chloe im Austausch für ihren Schutz heilen. Während Scott Chloe zum Schiff der Aliens bringt, springt ein weiteres Kommandoschiff aus dem Hyperraum und greift die Destiny an. Doch diesmal haben Rush und Eli einen Plan ...

Eli behauptet, endlich einen Weg gefunden zu haben, mit dem Stargate auf die Erde zurückzukehren. Rush hat jedoch Zweifel an dem Verfahren und warnt davor, das Schiff und die Crew einer unkontrollierbaren Gefahr auszusetzen. Davon wollen jedoch die anderen Besatzungsmitglieder nichts hören und vertrauen auf Elis Genie - bis plötzlich ein weiterer Rush aus der Zukunft auf der Destiny eintrifft und sie ausdrücklich warnt ...

Senatorin Michaels ist die neue Vorsitzende des Weltraumfinanzierungskomitees und will das Potential und die Entwicklungsfähigkeit der 'Destiny'-Mission prüfen. Um ihr und dem neuen Forschungsleiter im SGC einen Antrittsbesuch auf der 'Destiny' zu ermöglichen, nutzen Greer und Camille die Kommunikationssteine und reisen auf die Erde. Im Stützpunkt angekommen müssen Greer und Camille jedoch feststellen, dass dort die akute Gefahr besteht, Ziel eines Terroranschlages der Luzianer-Allianz zu werden. Das gesamte Gebäude wird gerade mit einem Geigerzähler nach Naquadria-Bomben durchforstet, als ein getarntes Frachtschiff der Allianz auf die Zentrale des Heimatplanetenkommandos prallt und das Gebäude zum Einsturz bringt ...

Die Kommunikationssteine auf der 'Destiny' werden rund um die Uhr bewacht. Noch ist unklar, ob die Bombe in der Zentrale des Heimatplanetensicherheitsdienstes rechtzeitig entschärft werden konnte. Als Chloe ihre Wache antritt und einen der Steine berührt, wird ihr Körper plötzlich von jemandem übernommen, von dem die Crew geglaubt hat, dass er längst tot ist. Ein Dilemma für Eli und für Dr. Rush.

Währenddessen bricht Dr. Volker, dem es schon seit geraumer Zeit nicht gut geht, zusammen. TJ diagnostiziert Nierenversagen im Endstadium. Eine Möglichkeit zur Dialyse gibt es nicht. Nur noch eine Organtransplantation kann Volkers Tod abwenden ...

Das Heimatplanetenkommando hat zwar den Verdacht, dass ein Verbündeter von der Luzianer-Allianz infiltriert wurde. Dennoch versuchen sie ihn dazu zu bewegen, dass sie deren Planeten nutzen können, um die 'Destiny' anzuwählen. Währenddessen ist Dr. Rush in einer Simulation eingeschlossen, die von Amanda Perry geschaffen wurde.

Diese Erkundungsmission hat nicht den gewünschten Erfolg gezeigt: Die Mitglieder der Crew, die eigentlich nur in friedvoller Absicht einen fremden Planeten erkunden wollten, werden von einer außerirdischen Kreatur gefangen genommen. Ob sie alle sich aus den Fängen des Alien-Wesens retten können?

Die 'Destiny' entdeckt die Überlebenden einer interplanetaren Expedition, die behaupten, dass ihre Zivilisation Novus vor zweitausend Jahren von der Besatzung der 'Destiny' gegründet worden sei.

Die 'Destiny' bringt die Siedler zu ihrem Heimatplaneten Novus. Dort finden sie jedoch nur die Überreste einer hochmodernen Zivilisation vor. Der Planet wird von starken seismischen Aktivitäten erschüttert und steht kurz vor seiner Zerstörung. Während die Crew mit Hilfe von Datenarchiven versucht, möglichst viel über die Zivilisation zu erfahren, entdeckt Rush einen möglichen Weg den Überlebenden zu helfen.