In einem öffentlichen Festakt wollen Da'an und Jonathan Doors die Allianz zwischen den Außerirdischen, den Taelons, und Doors' mächtigem Computerunternehmen bekanntgeben. Trotz aller Sicherheitsvorkehrungen von Polizei-Captain William Boone kommt es zu einem Terrorakt: Doors wird erschossen, Da'an kommt mit dem Leben davon. Der Mörder entkommt, aber William Boone erkennt in ihm seinen Freund Eddy. Ein Angebot von Da'an, für die Taelons zu arbeiten, lehnt Boone ab. Noch am gleichen Abend kommt seine Frau auf mysteriöse Weise ums Leben und der Gouverneur bittet ihn, seine Entscheidung noch einmal zu überdenken. Captain Lili Marquette, Pilotin für Interdimensionsflüge, bringt ihn zu Da'an, der Boone zum Verantwortlichen für Sicherheitsfragen und Beziehungen zwischen den Arten machen will. Wenig später erfährt Boone, dass Doors seine Ermordung nur vorgetäuscht hat, um unterzutauchen. Er und Lili Marquette sind die Köpfe einer Untergrundorganisation, die den Motiven der Taelons misstraut. Sie wollen Boone auf ihre Seite ziehen und behaupten, die Companions hätten Kate getötet. Boone soll in den inneren Kreis der Taelons vordringen. Dazu muss er sich einen CVI-Chip einpflanzen lassen, der die geistige Leistungsfähigkeit eines Menschen erhöht. Die zuständige Chirurgin Dr. Julianne Belman, die auf Seiten der Verschwörer steht, hat Boones Chip allerdings manipuliert: Boone wird - im Gegensatz zu anderen Menschen, die für die Taelons arbeiten - weiterhin die Steuerungsfähigkeit seines eigenen Willens behalten.

William Boone wird der Presse als neuer Sicherheitschef der Taelons und Beauftragter für Beziehungen zwischen den Arten vorgestellt. Seine Hauptaufgabe besteht darin, den Zusammenschluss von Gruppen zu verhindern, die gegen die Zusammenarbeit mit den Companions sind - also genau solcher Gruppen, für die der Milliardär Jonathan Doors und Lili Marquette, Boones Stellvertreterin, ihn angeworben haben. Boones bedingungslose Loyalität den Companions gegenüber muss er wegen seines manipulierten CVIs vortäuschen. Aber zunächst ist Boone noch besessen davon herauszufinden, wer seine Frau getötet hat. Mit Hilfe des exzentrischen Computerfreaks Augur kann Boone den Mörder seiner Frau identifizieren: Judson Corr, ein Profikiller. Boone lockt ihn in Augurs Versteck. In den folgenden Schusswechsel mischen sich auch Lili Marquette und Special Agent Ronald Sandoval ein. Als Sandoval Corr erschießt, ist Boone sicher, dass Sandoval Kates Mörder ist - zumal Sandoval ihm klar macht, dass nur derjenige den Taelons wirklich dienen kann, der ohne emotionale Bindungen lebe. Er selbst hat seine Frau in einer Anstalt untergebracht, damit sie seinen Zielen nicht im Wege steht.

William Boone kann in letzter Sekunde Julie davor bewahren, vom Dach eines Hochhauses zu springen. Die junge Frau, einzige Überlebende eines Massakers an Missionaren, hat mit acht Jahren bei einem Unfall ihre Hände verloren. Jetzt eröffnet ihr ein Verfahren der Companions, das sich noch im Experimentierstadium befindet, eine ungeahnte Möglichkeit: Die Außerirdischen können menschliche Gliedmaßen rekonstruieren. Das Wunder gelingt tatsächlich. Da'an wird in der Öffentlichkeit bejubelt, und als Julie sich einbildet, ihn in einem Lichtkranz zu sehen, und ausruft, er sei ein Bote Gottes, löst sie damit in aller Welt den Ausbruch religiöser Inbrunst aus. Das macht sich Reverend Travis Murray, Gründer der "Kirche der Companions", zu Nutze, dessen TV-Gottesdienste und Internetseiten nun einen ungeahnten Zulauf erleben. Er vereinnahmt Julie als "Companion-Wunder" und "Auserwählte". Zu früh: Als Boone sie aus Murrays Kirche holt, sind Julies neue Hände nur noch verschrumpelte Stümpfe. Besorgt über die schlechte Publicity, wollen die Taelons den Misserfolg kaschieren.

James Pike, früher ein brillanter Strafverteidiger, später ein pathologischer Mörder, stirbt im Gefängnis. Kurze Zeit später wacht er in der Pathologie wieder auf, flieht und wird erneut zum Mörder. Da'an schaltet William Boone in die Ermittlungen ein - weil er selbst etwas zu verbergen hat? In seiner Sterbenacht hat Pike mit seinem eigenen Blut die Zellenwände mit merkwürdigen, der Taelon-Schrift ähnlichen Symbolen bemalt. Das ist nicht nur beunruhigend, weil kein Mensch die Sprache oder Schrift der Außerirdischen beherrscht, sondern auch weil Pikes Blut eine Anomalie aufweist: Er trägt ein CVI. Da'an behauptet, mittels dieser streng geheimen experimentellen Therapie, bei der Tätern ein Hirnimplantat mit dem Motivationsimperativ "Liebe zu den Menschen" eingepflanzt wird, habe er der Menschheit einen Gefallen tun wollen. Aber wieso wurde Pike rückfällig? Die Schriftzeichen in Pikes Zelle enziffert Da'an als heilige Texte. In der düsteren Prophezeiung ist unter anderem von "Omratmar" die Rede, dem "Lügner". So bezeichnet Pike, der die Companions als Bedrohung für die Menschheit sieht, Da'an. Dr. Belman musste Pikes CVI so verändern, dass er jetzt in der Lage ist, mit Sandovals Skrill zu schießen. Und genau das hat Pike auch vor - bei einer öffentlichen Friedensveranstaltung.

Boone und Lili Marquette besuchen gemeinsam ein Konzert des Taelon Musik Konservatoriums, auf dem Da'an ihnen Elyse Chapel vorstellt, eine Künstlerin, die als einziger Mensch ein außergewöhnliches Taelon-Instrument beherrscht. Als Boone sie sieht, ist er sehr bewegt: Er und Elyse hatten einmal eine leidenschaftliche Beziehung. Während die beiden sich nach dem Konzert treffen, wird ein Transporter mit einer Ladung Plutonium gestohlen. Anstatt aber den Terroristen hinterher zu jagen, wie es sein Auftrag erfordert, bittet der verliebte Boone Elyse um eine zweite Chance. Sie weist ihn zurück. Als einer der Terroristen Elyse als Geisel nimmt, kann Boone ihn mit Hilfe seines Skrills töten. Anschließend verbringt er die Nacht mit Elyse. Um Boone vor weiteren Dummheiten zu bewahren, wendet Lili sich an Augur, der Erstaunliches herausfindet: Elyse steht auf der Gehaltsliste des FBI und soll Boones Loyalität gegenüber den Taelons testen. Die vermeintliche Erinnerung an ihre gemeinsame Vergangenheit ist lediglich ein Computerprogramm auf Boones CVI-Chip. Elyse wagt einen Test: Sie sagt Boone, sie sei eine Widerstandskämpferin. Seine Reaktion darauf darf nur eine sein: Er muss sie sofort verhaften. Statt dessen wartet Boone ab - in der Hoffnung herauszufinden, wer es auf ihn abgesehen hat.

Eine friedliche Amish-Gemeinde wird urplötzlich von einer rätselhaften Selbstmord-Serie heimgesucht. Dr. Elijah Good bittet William Boone und Lili Marquette um Hilfe, die vermuten, dass die Companions etwas mit den seltsamen Vorkommnissen zu tun haben. Elijahs Kinder Rachel und Jedediah haben mit ihrem Freund Samuel eine Taelon-Sonde gefunden, die sie in einer verlassenen Scheune versteckt haben. Begeistert von ihrem neuen Spielzeug ahnen die Kinder nicht, dass die Sonde Todesboten in Form von Schmetterlingen aussendet, die für die Welle der Selbstzerstörung verantwortlich sind. Als Boone und Lili in der Gemeinde Paradise eintreffen, hat sich gerade wieder jemand das Leben genommen. Die Älteren wollen keine Einmischung von außen und bestrafen Elijah, indem sie ihn ausschließen. Seine Frau Sarah unterstützt ihn aber heimlich bei den Nachforschungen, die er mit Boone und Lili anstellt. Dabei erkennen sie nach und nach eine Verbindung der Selbstmordserie zu den seltsamen, mutierten Schmetterlingen. Aber noch bevor die Kinder ihr Geheimnis preisgeben, gibt es einen weiteren Todesfall, und Sarah versucht sich zu vergiften. Als die Kinder Boone und Lili dann endlich zu der Scheune führen, ist die Sonde verschwunden. Nur die Schmetterlinge sind noch da. Sie greifen Lilis Shuttle an, als sie versucht, Kontakt zur Widerstandsbewegung aufzunehmen.

Ganz Amerika hängt während einer Sportübertragung gebannt an den Fernsehgeräten. Augur kümmert sich um seine Wettgeschäfte und auch William Boone und Lili Marquette sitzen vor dem Fernseher, als plötzlich Jonathan Doors auf dem Bildschirm erscheint. Der Anführer der Widerstandsbewegung verkündet, dass er seinen eigenen Tod nur vorgetäuscht habe, um gegen die Machtübernahme der Taelons zu kämpfen. Er fordert alle Menschen auf, sich der Befreiungsbewegung anzuschließen. Sofort erteilt Agent Sandoval Boone und Lili den Befehl Doors festzunehmen. Aber Doors ist vorbereitet. Er kann entkommen und seine Spuren verwischen. Doors tritt aber noch einmal an die Öffentlichkeit und kündigt an, Beweise dafür vorzulegen, dass die Außerirdischen Geheimprogramme durchführen, die die Menschheit bedrohen. Aufgebracht über diese Anschuldigungen, setzt die Taelon-Synode Da'an als Companion der USA ab. Er wird vorübergehend durch den ehrgeizigen Zo'or abgelöst. Aber William Boone fühlt sich ebenso betrogen wie die Taelons, weil er von der Widerstandsbewegung nicht vorgewarnt wurde. Gemeinsam mit Lili und Augur entwickelt er einen Plan, um Doors aus der Reserve zu locken und Da'an wieder auf seinen Posten zu bringen.

Sein Leben lang hat sich Captain Paul Chandler darauf vorbereitet, eine Marsmission zu kommandieren. Entsprechend groß ist sein Zorn, als dieses Programm jetzt von den Taelons eingestellt wird. Als William Boone und Lili Marquette von Da'an nach Washington beordert werden, stellen sie fest, dass Chandler - mit dem Lili die Flugschule besucht hat - ihr Shuttle gestohlen hat. Mit seinen Komplizen Captain Frauke Manheim und Captain Philip Hart versteckt er sich in einem verlassenen Hangar, wo die drei jetzt ihre eigene Mars-Mission vorbereiten. Lili spürt Chandler auf. Sie lässt sich von seiner Leidenschaft für die Marsmission anstecken und willigt ein, ihm bei der Programmierung des Shuttles zu helfen - wenn er im Gegenzug verspricht, die Widerstandsbewegung, für die Doors ihn gerne rekrutieren möchte, zu unterstützen. Aber bevor Chandler mit Augurs Hilfe die Sicherheitskontrollen der Taelons durchbrechen und starten kann, entdeckt Agent Sandoval sein Versteck. Erst in letzter Sekunde findet Boone einen Weg, Lili und Chandler zu warnen. Das Shuttle hebt ab, Richtung Mars. Ein paar Tage später zeigt Doors Lili nicht nur neue Bilder vom roten Planeten, sondern auch Fotos, die die Befürchtungen des Widerstands bestätigen: ein für menschliche Teleskope unsichtbares Taelon-Mutterschiff hinter dem Mond und eine gigantische Taelon-Festung auf dem Mond selbst. Werkzeuge zur Eroberung der Erde?

Dr. Larry Clark ist der brillante junge Wissenschaftler, der für die Skrills verantwortlich ist, die organischen Taelon-Waffen. Seine Vatergefühle für die quallenähnlichen, symbiotischen Lebewesen, die auf dem Unterarm getragen werden und als Fortsatz des zentralen Nervensystems funktionieren - er gibt den Skrills sogar Spitznamen - werden jedoch empfindlich verletzt: Als Boone ihm mitteilt, dass das Skrill-Projekt eingestellt werden soll, ist Clark am Boden zerstört. Dann verbindet sich die "Mutter" seiner Skrill-Alpha-Serie plötzlich mit seinem Arm. Hat Clark den Skrill gerettet oder der Skrill Clark benutzt, um sich selbst zur retten? Während Clarks Boss, Dr. Morrison, William Boone von dem Vorfall unterrichtet, rettet Clark mit Hilfe seines Skrills die junge Janice vor einem Überfall und versteckt sich mit ihr auf einer Yacht. Heimlich plant Janice aber, den Skrill zu stehlen und auf dem Schwarzmarkt zu verkaufen. Boone und Lili verfolgen die Flüchtigen, wobei Lili verletzt wird. Boone realisiert langsam, dass er es mit einer tickenden Zeitbombe zu tun hat: Clark ahnt nicht, dass sein Skrill genug Kraft hat, die ganze Stadt zu zerstören - und er ahnt nicht, dass der Skrill bereits dabei ist, die Gewalt über seinen Körper und seinen Geist zu nehmen.

Während eines Vortrags über seinen Heimatplaneten Taelon wird Da'an entführt. Agent Sandoval verdächtigt sofort Jonathan Doors, aber er liegt falsch: Hinter der Entführung stecken Soldaten einer Spezialeinheit, die für ein Taelon-Experiment missbraucht wurden: Im Anschluss an ein Trainingsprogramm für Interdimensionsflüge wurde ihre biologische Beschaffenheit der der Außerirdischen angeglichen, um sie widerstandsfähiger zu machen. Major Ray McIntyre und Captain Lucas Johnson, die Anführer der Kidnapper, konnten fliehen, während fünf Mitglieder ihrer Einheit weiterhin von den Taelons festgehalten werden. Jetzt wollen sie ihrerseits Da'an erst freilassen, wenn die Verschwörung publik gemacht wurde und ihre Männer frei sind. Die Taelon-Synode lässt sich auf die Erpressung nicht ein. Besorgt, dass Da'ans Tod sich rufschädigend auf die Widerstandsbewegung auswirken könnte, weist Jonathan Doors William Boone und Lili Marquette an Da'an um jeden Preis zu finden. Mit Augurs Hilfe spürt Boone das Versteck der Entführer, ein verlassenes Lagerhaus, auf. Er findet Da'an in besorgniserregender Verfassung vor und bietet sich den Kidnappern im Austausch gegen den Companion an. In diesem Moment stürmt Agent Sandoval das Gebäude mit einer Spezialeinheit.

In einem geheimen Stützpunkt des Widerstands trifft William Boone sich mit zwei Molekularbiologen, um die Taelon-Sonde zu untersuchen, die in der Amish-Gemeinde sichergestellt wurde, nachdem sie mehrere Todesopfer gefordert hatte. Sahjit Jinnah und seine Assistentin und Verlobte Rayna Armitraj versuchen jetzt, den Zweck der Sonde zu bestimmen und damit das Geheimnis der "Vogelscheuche" zu lösen. Aber als Rayna allein im Labor ist, wird sie von einem mysteriösen Strahl aus der Sonde ergriffen - und Stück für Stück dematerialisiert. Dann wird die Biologin repliziert und zwei Klone nehmen ihren Platz ein. Während Boone mit Hilfe von Da'an das Taelon-Alphabet lernt, finden Augur und Lili heraus, wohin die Sonde ihre Daten sendet - erstaunlicherweise offenbar nicht zum Planeten Taelon, sondern ans andere Ende der Galaxie. Als einer der Klone im Labor Lili angreift, gerät die Situation außer Kontrolle. Da'an und Sandoval haben auf der Suche nach der Sonde bereits das Tunnelsystem erreicht, das zum Versteck des Widerstands führt. Da die Taelons aber die Einzigen sind, die die Sonde kontrollieren können, muss Doors sie ihnen übergeben - ohne dass der geheime Stützpunkt entdeckt wird.

Beim Verhör eines Anti-Taelon-Aktivisten bricht Agent Ron Sandoval plötzlich unter heftigen Schmerzen zusammen. Dr. Belman stellt fest, dass die Lebensdauer seines CVIs abgelaufen ist. Sofort gibt Da'an Befehl, das Implantat auszutauschen, da Sandoval sonst mit ihm sterben wird. Aber Sandoval, dessen Geist jetzt frei ist von der Kontrolle der Taelons, flieht - mit Lili als Geisel in ihrem Shuttle. Er zwingt sie, ihn zu der Klinik zu bringen, in die er seine Frau Dee Dee abgeschoben hat, als er das Implantat bekam. Mit ihr versteckt er sich dann und versucht Kontakt zu Jonathan Doors aufzunehmen. Für Boone beginnt ein Wettlauf mit der Zeit: Die Taelon-Synode weiß, dass Sandoval ihnen jetzt gefährlich werden kann und hat seine Eliminierung angeordnet. Boone spürt Sandoval auf, lässt ihn aber laufen, obwohl er weiß, dass er ohne neues Implantat nur noch ein paar Stunden zu leben hat. Er gesteht ihm schließlich, dass er zur Widerstandsbewegung gehört und bietet ihm seine Hilfe an. Aber Sandoval bricht wieder zusammen, und Dr. Belman kann ihn nur retten, wenn sie ihm ein voll funktionsfähiges CVI implantiert, das einen Teil seiner Erinnerungen löschen würde. Im Glauben, William Boone habe Dee Dee getötet - so wie er Boones Frau getötet hat - unterzieht Sandoval sich der Operation, um wieder den Taelons zu dienen. Aber Dee Dee lebt und erhält vom Widerstand eine neue Identität. Sandoval, der glaubt, Boone habe nur vorgetäuscht, für Jonathan Doors und den Widerstand zu arbeiten, führt nun möglicherweise sein eigenes Doppelleben.

Tim O'Malley führt Touristen durch die historischen keltischen Grabstätten in Standhill in Irland. Als er in einem unterirdischen Grab gerade eine alte Legende erzählt, beginnt wegen einer Sprengung in der Nähe plötzlich die Erde zu beben. Während die Gruppe flüchtet, sieht O'Malley überrascht, wie eine einstürzende Wand ein erstaunliches Mosaik freigibt. Als die Taelons davon hören, sind sie sicher, einen neuen Hinweis auf das Grab von Ma'el zu haben, der als Kundschafter der Außerirdischen vor mehreren tausend Jahren zur Erde geschickt wurde. Die Taelon-Synode beauftragt Da'an mit der Suche nach Ma'els Aufzeichnungen. O'Malley versucht einen Teil des Mosaiks zu verhökern. Siobhan Beckett, die Companion-Sicherheitsbeauftragte von Großbritannien, folgt ihm bis in seine Stammkneipe "White Horse Tavern", aber Freunde verstecken ihn. Unterdessen suchen William Boone, Lili Marquette und Sandoval in Standhill nach Ma'els Grab, das sie allerdings ohne das fehlende Stück des Mosaiks nicht finden können. Boone und Lili wollen unbedingt schneller sein als Sandoval und Siobhan Beckett, da Ma'els Informationen für den Widerstand von unschätzbarem Wert sein könnten. William und Lili lassen sich im "White Horse" deshalb auf einen Trinkwettbewerb ein: Gewinnt Boone, wird man ihn zu O'Malley führen. Glücklicherweise bewahrt ihn sein CVI vor den Folgen des Alkoholrauschs, und so kann er mit dem fehlenden Mosaik-Stein Ma'els Rätsel entschlüsseln.

Boone sieht im Hauptquartier der Taelons plötzlich für einen kurzen Moment den totgeglaubten Captain Lucas Johnson. Halluzinationen? Oder versucht Johnson telepathisch Kontakt mit Boone aufzunehmen? Johnsons Witwe Maddy ist überzeugt, dass ihr Mann noch lebt und telepathisch auch mit seinem Sohn Cal kommuniziert. Boone erfährt in Da'ans Büro von einem neuen Geheim-Experiment. Der Taelon-Wissenschaftler Ne'eg überwacht die "Devolution" der Wissenschaftlerin Rho-ha, der menschliches Genmaterial injiziert werden soll - möglicherweise der erste Versuch, einen Mensch/Taelon-Hybriden und eine neue Rasse von Kriegern zu schaffen. Misstrauisch nimmt Boone Kontakt mit Major McIntire auf, Johnsons ehemaligem Commander und Partner bei der Entführung von Da'an. Lucas Johnson ist tatsächlich noch am Leben: Während er im Koma liegt, benutzen die Taelons sein genetisches Material für ihr Experiment mit Rho-ha. Der Versuch scheitert. Rho-ha tötet McIntire und verschanzt sich mit Maddy und Cal als Geiseln im Wald. Mit der geisterhaften Hilfe des sterbenden Johnson nimmt Boone die Verfolgung auf.

Kurz vor Da'ans und Zo'ors Auftritt bei einem parapsychologischen Kongress in Boston entdeckt die Taelon-Synode, dass jemand in ihr telepathisches Verbindungssystem eingedrungen ist. Somit könnten ihre Pläne auf der Erde bekannt werden. Boone und Lili übernehmen die Sicherheitsvorkehrungen während des Kongresses, Sandoval erhält von Zo'or den Geheimauftrag, den Eindringling zu exekutieren. In Boston zeigt die russische Hellseherin Katya Petrenko ungewöhnliches Interesse an Boone. Von Zo'or fordert sie offen, die Taelons müssten ihre Haltung zu den Menschen ändern, wenn sie nicht beide Rassen zerstören wollen. Katya vertraut Boone an, dass sie die Taelons entlarven will und von Jonathan Doors und dem Widerstand weiß. Boone versucht Zeit zu gewinnen, um nicht enthüllen zu müssen, dass er ein Doppelagent ist. Währenddessen heuern Sandoval und Zo'or den Profikiller Judson Corr an, um Katya zu töten. Auch Madam Marie, eine mit Augur befreundete Hellseherin, ist beeindruckt von Katyas Fähigkeiten. Aber die Bedrohung durch Corr bemerkt die Russin nicht - oder ignoriert sie die Gefahr? Als Katya den Weg zum Hauptquartier des Widerstands findet, ist Doors außer sich - bis Katya vorschlägt, Dr. Belman solle ihr Wissen über die Taelons in Boones Hirn transferieren. Ein Austausch, der tödlich enden könnte.

In ihrem unterirdischen geheimen Stützpunkt streiten Boone und Doors über eine neue Offensive des Widerstands. Augur hat einen Computervirus entwickelt, der alle Systeme der Taelons lahmlegen könnte. Boone ist gegen diesen Angriff, der unberechenbare Folgen haben könnte. Er behält Recht: Der Virus befällt nicht nur die Kommunikations- und Sicherheitssysteme der Taelons, sondern alles, was weltweit mit ihren Computersystemen verbunden ist. Eine Katastrophe droht. Auch Da'an und Lili befinden sich plötzlich in ernsthafter Gefahr, als sie die Kontrolle über das computergesteuerte Shuttle verlieren. Bei der Notlandung in den Bergen wird Lili schwer verletzt. Da'an kann ihr das Leben retten, während sich Augur vergeblich bemüht, einen wirksamen Gegenvirus zu aktivieren. Boone und Sandoval versuchen die Absturzstelle des Shuttles zu finden, aber sie sitzen in der Falle: Um sie herum löst sich das Taelon-Gebäude in seine Bestandteile auf. Gleichzeitig sendet Doors ein Team aus, das - wenn damit Lilis Leben gerettet werden kann - Da'an töten soll.

Anne Portnoy leitet "Doors International" seit Jonathan Doors in den Untergrund gegangen ist. Sie präsentiert Boone, Lili und Sandoval eine neue, auf Taelon-Technik basierende Waffe vor, die mit elektromagnetischen Impulsen arbeitet und auf der Erde unvorstellbaren Schaden anrichten könnte. Lili erhält gleichzeitig einen Anruf von ihrer Mutter Rachel Purcell: Ihr Vater ist gestorben. Die Agentin nimmt die Nachricht unbeeindruckt zur Kenntnis, sie hatte sich innerlich bereits nach dem Selbstmord ihres Bruders von ihrem Vater gelöst. Gemeinsam mit Doors und Augur plant Boone die neue Waffe zu stehlen, um die Taelons und ihre Verbündeten daran zu hindern, sie gegen die Erde einzusetzen. Aber noch bevor der Widerstand in Aktion treten kann, reißt sich ein anderer Dieb die gefährliche Waffe unter den Nagel und bietet sie Augur zum Kauf an. Aber der kleine Gauner Blanchard passt so gar nicht zu diesem spektakulären Deal. Lili dringt bei Blanchard ein, wo sie von Ex-CIA-Agent Morris Carter als Geisel genommen wird. In einem unbeobachteten Moment teilt Blanchard ihr mit, er sei in Wirklichkeit Colonel Purcell, ihr Vater, dessen Geist in einen anderen Körper transferiert wurde. Boone erfährt unterdessen, dass der Diebstahl nur eine Finte war, um den Widerstand in die Falle zu locken.

Die Taelon-Wissenschaftlerin Rho-ha steht in Washington wegen Mordes vor Gericht - das erste Mal, dass eine Außerirdische sich vor einem menschlichen Richter verantworten muss. Da das Experiment, bei dem Rho-ha menschliches Genmaterial injiziert wurde, der Öffentlichkeit verschwiegen wurde, beruft Da'an William Boone und Agent Sandoval als Anwälte der Verteidigung. Keine einfache Aufgabe, denn der Staatsanwalt, Joshua Doors, ist der Sohn von Jonathan Doors, dem Anführer des Widerstands gegen die Taelons. Joshua verlangt die Todesstrafe. Außerdem hat Travis Perkins, ein fanatischer Anhänger der Companions, geschworen, jeden zu töten, der Rho-has Leben bedroht. Während Sandoval mit dem Notwehr-Paragraphen argumentiert, würde Boone gerne das DNA-Experiment an die Öffentlichkeit bringen - als Beweis, dass Rho-ha für ihre Tat nicht verantwortlich war. Doch dann beruft Joshua nicht nur Lili als Zeugin, sondern konfrontiert Rho-ha direkt mit dem Experiment. Sie verliert die Beherrschung und Perkins begeht ein Bombenattentat auf den Staatsanwalt. Während die ganze Welt über das ungeheuerliche Experiment spricht, zieht Zo'or im Hintergrund der Jury die Fäden und kann erwirken, dass die Todesstrafe verhängt wird.

Erstmals bieten die Taelons Interdimensionsflüge auch für Menschen an. Unter den ersten Passagieren sind der taubstumme Junge Jamie Sims und seine Mutter Anna. Doch während Anna unversehrt in New York ankommt, verschwindet ihr Sohn während der Reise. Als er im Flugportal wieder auftaucht, kann Jamie plötzlich hören und sprechen. Widerstands-Ärztin Dr. Christine Park entdeckt, dass dem Jungen ein CVI implantiert wurde, das gerade stark genug ist, um seine fehlenden Sinne wieder herzustellen. Schlagartig wird Boone klar, dass die Taelons während der Flüge Menschen für ihre Experimente missbrauchen. Der für die Interdimensionsflüge zuständige Dr. Walken kann Boones Verdacht nicht mehr bestätigen: Er wird von Sandovals Männern ermordet. Die Widerstandsbewegung setzt den Forscher Sahjit Jinnah als Lockvogel ein. Er wird während des Flugs in ein geheimes Labor der Außerirdischen transportiert, aus dem er in Panik flüchtet. Dr. Park untersucht inzwischen William Boones schwangere Schwester Sarah, die ebenfalls durch das Portal gereist ist: Ihr wurde während ihres Transports ein schnell wachsender Fötus eingesetzt. Als sie kurz darauf verschwindet, entdeckt Boone sie in dem geheimen Labor unter vielen anderen Opfern der Taelon-Experimente. Um seine Tarnung nicht aufzugeben, muss Boone Desinteresse heucheln, während er verzweifelt versucht seine Schwester und Sahjit zu retten.

Alarmstufe Rot im Forschungslabor der Taelons: Ein geheimnisvolles Virus ist außer Kontrolle geraten und hat bereits ein Todesopfer gefordert. Die gesamte Menschheit schwebt in Gefahr. Zur gleichen Zeit formiert sich die "Bruderschaft der weißen Rasse" mit neuer Stärke. Sie starten einen brutalen Angriff auf die Gemeinde Lincoln Hills, in der der schwarze Reverend Billy Mitchell auf einem verlassenen Militärgelände eine Anlaufstelle für Obdachlose eingerichtet hat. Während Dr. Julianne Belman und Augur fieberhaft versuchen, das unbekannte Virus zu entschlüsseln, schleicht sich ein Mitglied der Bruderschaft, Robert Howard, unbemerkt in das Forschungsteam der Taelons ein und stiehlt eine Probe des im Labor unter Verschluss gehaltenen Virus. Die Bruderschaft will Lincoln Hills auslöschen und verbreitet das Virus über die Wasserversorgung. Innerhalb von Stunden breitet sich die tödliche Krankheit aus - und sie beschränkt sich nicht auf Lincoln Hills: Das Virus wurde mit dem Mutterschiff der Taelons eingeschleppt. Boone, Zo'or, Sandoval und Quo'on sind bereits infiziert. Als ein Rettungsmanöver der Taelons fehlschlägt, breitet sich das Killer-Virus auf dem ganzen Globus aus. Boone unternimmt einen verzweifelten, lebensgefährlichen Rettungsversuch: Mit seinem CVI versucht er in seinem eigenen Blut die ersten Antikörper gegen das Virus produzieren.

Die totgeglaubte Widerstands-Wissenschaftlerin Rayna erscheint Augur als Hologramm und erzählt dem Computerfreak Unglaubliches: Ihre DNA lebt in der geheimnisvollen Taelon-Sonde weiter, von der sie absorbiert wurde und die geheime Daten über die Widerstandsbewegung gesammelt hat, die von den Taelons jetzt entschlüsselt werden. Augur rekrutiert den Ex-Soldaten Michael Sloane, um mit ihm, Lili und Sahjit Jinnah, Raynas Verlobtem, das komplizierte Sicherheitssystem des Labors zu knacken, in dem die Sonde untersucht wird. Unterdessen kommt es zu Spannungen zwischen Sandoval und Joshua Doors, der zum Ersten Sekretär für die Beziehungen zwischen den Menschen und den Taelons ernannt wurde. Während Joshua Doors sich an Bord des Taelon-Mutterschiffs mit Quo'on trifft, um die Wahrheit über die Sonde und den tödlichen Virus, den sie auf der Erde verbreitet hat, zu erfahren, arbeitet Rayna mit William Boone und seinen Freunden daran das Waffensystem der Sonde von innen heraus zu manipulieren. Tatsächlich gelingt es ihnen ein Computerprogramm zu aktivieren, durch das Rayna wieder menschliche Form annimmt. Aber als sie die Sonde zerstören wollen, greifen die Taelons an.

Der Außerirdische Ha'gel ist den Taelons auf die Erde gefolgt. Er tötet den jungen Randy und nimmt dessen Gestalt an. Dann schleppt er in einer Bar eine junge Frau ab, die das außerirdische Paarungsritual nicht überlebt. Boone erfährt, dass Ha'gel der letzte Angehörige einer außerirdischen Rasse ist, die von den Taelons ausgerottet wurde. Damit das nicht bekannt wird, haben Quo'on und Zo'or bereits Lt. Siobhan Beckett eingeschaltet, um Ha'gel zu eliminieren. Aber Beckett hat auch eine eigene Mission: Sie will beweisen, dass Captain Lili Marquette der Widerstandsbewegung angehört. Ha'gel gelingt es, Sandoval in eine Gasse zu locken, wo er dann dessen Gestalt annimmt. So kann er Siobhan Beckett in seine Gewalt bringen und seine Mission - sich auf der Erde fortzupflanzen und so seine Rasse zu erhalten - erfüllen. Lili bringt Siobhan in Sicherheit, während Boone Ha'gel davon überzeugt, dass er auf seiner Seite steht. Dann greift überraschend Sergeant Morovsky mit seinen Männern ein, um den Alien-Killer zu stellen. In dem folgenden Schusswechsel tötet Boone Ha'gel und wird selbst schwer verletzt. Boones Leben hängt an einem seidenen Faden, während Siobhan Beckett jetzt das Kind von Ha'gel erwartet.

Siobhan Beckett bringt den Jungen zur Welt, den Ha'gel - der letzte Vertreter einer außerirdischen Rasse, die von den Taelons vernichtet wurde - im Körper von Agent Sandoval mit ihr gezeugt hat. Kein gewöhnliches Kind: Innerhalb weniger Stunden entwickelt es sich zu einem erwachsenen Mann. Kurze Zeit später erliegt William Boone seinen Verletzungen und Captain Liam Kincaid tritt seine Nachfolge an. Wie Boone arbeitet auch der mysteriöse Kincaid gleichzeitig für die Taelons und den Widerstand. Unterdessen bahnt sich eine weltweite Katastrophe an: Die Jaridians, eine feindliche Rasse Außerirdischer, sind auf dem Weg zur Erde. Sie verwandeln die ehemalige Widerstands-Wissenschaftlerin Rayna in einen Replikanten, der während Boones Beerdigung Quo'on tötet. Kincaid kann Da'an vor dem nächsten Angriff retten und wird sein persönlicher Leibwächter. Die Taelons versuchen, den Jaridians eine Falle zu stellen, aber Zo'or und Sandoval sabotieren heimlich diesen Plan. Als der Replikant in Da'ans Unterkunft eindringt, sitzt Kincaid in der Falle. Mittels seines Shaqarava - einer alten Kraft, die primitive Taelons beherrschten - kann er den Replikanten ausschalten. Da'an weiß jetzt, dass Liam zum Teil ein Alien ist, schweigt aber. Er braucht jeden Verbündeten: Sie Synode hat nach Quo'ons Tod seinen Erzfeind Zo'or als Anführer ausgewählt.

Augur dringt in das gemeinsame Bewusstsein der Taelon-Synode ein - ohne zu ahnen, dass er damit Da'ans Verbindung zu den anderen Companions zerstört. Das hat fatale Folgen: Da'an mutiert zu einem primitiven Vorläufer der Taelon-Rasse, was seinem Widersacher Zo'or nicht ungelegen kommt: Er verkündet, Da'an habe sich in einen Atavus, einen gefährlichen Killer, zurückentwickelt und müsse gefunden und vernichtet werden. Tatsächlich hat der Atavus bereits ein erstes Opfer gefordert. Liam Kincaid und Siobhan Beckett unterstützen Lili bei der Suche nach dem Atavus, der sich auf dem Weg zu Augurs Loft befindet. Es kommt zu einem Kampf, bei dem Sandoval verletzt wird und der Atavus fliehen kann. Lili, Augur und Liam schlagen Jonathan Doors einen gewagten Plan vor, um Da'an zu retten. Beim nächsten Aufeinandertreffen kommt es zu einem Schusswechsel, und Beckett verletzt den Atavus mit ihrem Skrill. Liam unternimmt einen letzten Versuch, mit Hilfe seiner eigenen von Vorläufern der Taelon-Rasse ererbten Fähigkeiten Da'an zu retten.

Am Abend vor der Eröffnung einer großen Ausstellung über die Taelons verschwindet Liam Kincaid im Museum, wo er für die Sicherheitsvorkehrungen zuständig ist, plötzlich in einem Bogengang. Als er verwirrt zu sich kommt, stellt er nicht nur fest, dass zwei Tage vergangen sind: Alle seine Freunde sind tot, sie liegen erschossen im Stützpunkt des Widerstandes. Aus seiner unfreiwilligen Reise in die Zukunft zurückgekehrt, versucht Liam gemeinsam mit Augur herauszufinden, wer für das Massaker verantwortlich ist. Zu seinem Entsetzen wird Liam klar, dass er selbst der Killer ist. Kann er die Zukunft verändern und seine Freunde retten? Liam sucht Hilfe bei Da'an, während Augur entdeckt, dass die Taelons an der Manipulation menschlicher Gehirnströme arbeiten. Ziel des Experiments, das seine Opfer in Paranoia versetzt und außer Kontrolle geraten lässt, ist Jonathan Doors. Der Führer des Widerstands hat bereits Befehl gegeben, Liam zu töten, der in seinem Quartier gerade einen tragischen Entschluss fasst: Um das Massaker zu verhindern, will er Selbstmord begehen.

Liam Kincaid und Augur verlieren während eines Flugs die Kontrolle über ihr Taelon-Shuttle - ein Sabotageakt von Jonathan Doors, der Liam töten will. Nach einer Notlandung in der Wildnis finden die beiden sich in einer Parallel-Dimension wieder, in der sie plötzlich bewaffneten Soldaten gegenüberstehen. Ihre Anführerin ist eine wunderschöne Frau namens Maiya. Als sie die Gefangenen in ihr Lager bringen will, greifen Taelons an. Sie können in die Flucht geschlagen werden, und in einer riskanten Aktion rettet Liam Maiyas Leben. Als er und Augur Maiyas Mann Jason, das Oberhaupt der Imerianer, kennen lernen, stellen sie überrascht fest, dass er eine parallele Identität von Ronald Sandoval verkörpert. Zwischen Da'an und Zo'or kommt es unterdessen zu einer heftigen Auseinandersetzung über die Versklavung der Menschheit. Die Imerianer wehren einen weiteren Taelon-Angriff unter dem Kommando der Kriegerin Kayla ab. Als Liam als Taelon-Agent identifiziert wird, werden er und Augur gefangen genommen. Aber Jason lässt sie frei, weil sie Maiyas Leben gerettet haben. Liam entschließt sich, den Imerianern im Kampf gegen die Taelons zu helfen. Aber Kaylas Truppe ist siegreich und nimmt die Imerianer an Bord des Taelon-Mutterschiffes gefangen, auf dem ein paralleler Zo'or das Kommando hat. Liam und Augur können zurück zum Shuttle fliehen. Aber Augur wird geschnappt und trifft an Bord des Taelon-Raumschiffs auf den parallelen Da'an. Als Liam und Maiya versuchen, ihn zu befreien, werden sie entdeckt.

Um Daten über die Taelon-Technologie der virtuellen Glas-Matrix von dem russischen Wissenschaftler Smirnakov zu kaufen, reist Augur nach Moskau. Während der Übergabe wird er von der russischen Polizei verhaftet und wegen Hochverrats - Betrug an den Taelons gilt in Russland auf Druck von Zo'or mittlerweile als Kapitalverbrechen - zum Tode verurteilt. Ein mysteriöser Mann namens Lazarus tritt im Auftrag der Außerirdischen für Augur ein. Aber im Gegenzug für seine Freilassung muss Augur sich zunächst für ein Taelon-Experiment zur Verfügung stellen. Augur wird auf das Taelon-Mutterschiff gebracht, wo Zo'or versucht Superkrieger zu erschaffen, die die Jaridianer schlagen können. Das Programm umfasst nicht nur ein Kampftraining, sondern auch eine Gentherapie, die die Probanden aggressiv macht. Danach wird ihnen ein Bioimplantat in die Brust eingepflanzt, um die Muskel-Koordination zu verbessern und die Aggressivität der Krieger weiter zu stimulieren. Bisher haben nur fünf Männer die Experimente der Außerirdischen überlebt...

Im "Flat Planet Café" werden Maiya, Augur und andere verdächtige Mitglieder des Widerstandes von Sandoval und seinen Männern verhaftet und anschließend in einem Taelon-Gefängnis in einen komaähnlichen Zustand versetzt: Die Außerirdischen benutzen die Energie ihrer Gefangenen, um eine Störung in ihrem gemeinsamen Bewusstsein zu beheben, die das Ende ihrer Rasse bedeuten könnte. Joshua Doors geht damit an die Öffentlichkeit und fordert die Freilassung der Gefangenen. Als Da'an entdeckt, dass einige der Gefangenen kurz vor dem Tod stehen, konfrontiert er Zo'or. Besorgt um das Leben seiner Freunde bittet Liam Dr. Melissa Park, auch ihn in einen tiefen, todesähnlichen Schlaf zu versetzen, damit er die anderen zurückbringen kann - eine Mission zwischen Leben und Tod. Liam dringt in die Traumwelt von Maiya und Augur ein, bittet sie aber vergeblich, in die Realität zurückzukehren. Währenddessen versuchen Lili und Sandoval, die Jaridian-Sonde zu lokalisieren, die die Unterbrechung des gemeinsamen Bewusstseins der Taelons verursacht hat.

Den Test einer neuen Interdimensions-Flugstrecke von New York nach Bangkok überlebt einer der beiden Techniker nicht. Liam Kincaid schaltet sich in die Untersuchung ein, nachdem am Körper des Toten seltsame Bisswunden gefunden wurden und sich im ganzen Land Stromausfälle häufen. Dabei entdeckt er kleine leuchtende Lebewesen, die sich von Energiequellen ernähren. Während Sandoval noch überzeugt ist, dass die Taelons dahinterstecken, ahnen Liam und Augur, dass es sich um Parasiten aus einer anderen Dimension handelt, die jede Energiequelle der Erde zerstören könnten - und auch die Taelons. Als sich die Energiekrise weltweit ausbreitet, die Tiere sich explosionsartig vermehren und hunderte Todesopfer fordern, schmieden Liam und Augur einen gewagten Plan: Sie wollen die Energie-Fresser in die Falle locken. Unterdessen ist auch das Mutterschiff der Taelons bereits infiziert, und die Außerirdischen schweben in akuter Lebensgefahr.

Das CVI von Taelon-Sicherheitsoffizier Siobhan Beckett ist beschädigt. Es zerstört jetzt nicht nur ihren implantierten Willen, den Außerirdischen zu dienen, sondern bedroht auch ihr Leben. Als Liam davon erfährt, schwört er, seine Mutter zu finden, bevor es die Taelons tun. Siobhan Beckett schwebt tatsächlich in höchster Gefahr: Während sie eine Höhle in den Österreichischen Alpen erkundet, verliert sie durch die Fehlfunktion ihres Implantats das Gleichgewicht und stürzt ab. Bewusstlos befindet sie sich nun in einem halluzinatorischen Traumzustand, in dem Da'an ihr verkündet, sie werde wegen Kollaboration mit den Taelons vor Gericht gestellt und exekutiert, falls man sie schuldig spreche. Jonathan Doors tritt in Siobhans Traum als Ankläger auf, Lili und Sandoval als seine Zeugen und Liam als Verteidiger. Unterdessen können Liam und Augur den Aufenthaltsort von Siobhan ermitteln. Zur gleichen Zeit erteilt Zo'or Sandoval den Befehl, Siobhan zu töten.

Als Maiya im "Flat Planet Café" zusammenbricht, wird Liam klar, dass sie vermutlich außerhalb der Parallel-Dimension, aus der er sie auf die Erde gebracht hat, keine Überlebenschance hat. Lili und Augur suchen fieberhaft nach Informationen über Maiyas Universum, ihre dortige Schwester Kayla und Isabel Martinez, Maiyas Parallel-Existenz auf der Erde, die vermutlich Lilis Schwester ist. Da Maiyas Anwesenheit auf der Erde die physikalischen Gesetze des Universums gebrochen hat, können weder sie noch Isabel überleben, wenn sie nicht zu einer Person verschmelzen. Sandoval spürt unterdessen Maiya auf und lässt sie auf das Taelon-Mutterschiff bringen. Liam findet Isabel, die als Anthropologin arbeitet, in einer kleinen Eskimo-Siedlung und überredet sie, mit ihm zu kommen, um Maiya zu treffen. Während Jonathan Doors sich als Präsidentschaftskandidat aufstellen lässt und vehement die Unterstützung von Zo'ors Plänen ablehnt, können die Mitglieder der Widerstandsbewegung Isabel auf das Raumschiff der Taelons einschleusen. Die Begegnung mit Maiya ist ein Schock für sie, aber die Frauen wollen einander helfen. Doch die Verschmelzung überlebt nur eine von ihnen.

Dr. Belman und ihre Tochter Joyce stellen der Öffentlichkeit die Ergebnisse ihrer genetischen Forschungen vor. Sie demonstrieren dem gebannten Publikum, wie ein Schimpanse nach der Injektion eines Taelon-Serums in der Lage ist, seine verletzten Organe zu heilen. Sie erwarten die Erlaubnis des Präsidenten, diese Prozedur auch bei Menschen anzuwenden. Joshua Doors, U.N.-Sekretär für die Beziehungen zwischen den Außerirdischen und den Menschen, will das verhindern. Auch Dr. Belman wollte bisher - im Gegensatz zu ihrer Tochter - das Experiment nicht bei Menschen wagen. Ohne zu ahnen, dass Zo'or das Programm sabotiert hat, indem er das Serum mit fremder DNA versetzt hat, startet Joyce jetzt einen Selbstversuch. Liam Kincaid nimmt sofort die dramatische Veränderung der Frau wahr. Durch die Injektion der außerirdischen DNA weiß Joyce jetzt, dass ihre Mutter mit dem Widerstand zusammenarbeitet. Sie wird von Sandoval zum Verhör zu Zo'or gebracht. Aber ihre Kräfte gehen bereits weit über die der Taelons hinaus: Joyce kann sich befreien und nimmt Zo'or auf dem Taelon-Mutterschiff als Geisel. Dann bringt sie das Raumschiff auf Kollisionskurs mit der Erde.

Ein gefangen gehaltener Jaridian flieht vom Taelon-Mutterschiff und nimmt Lili mit ihrem Shuttle als Geisel. Liam ist ihnen bereits auf den Fersen, als beide Shuttles in den Transporterstrahl eines großen Raumschiffs geraten. An Bord entdecken die drei zahlreiche verlassene Shuttles und werden von schlangenähnlichen Kreaturen angegriffen. Liam kann die Schriftzeichen und Zeichnungen lesen, die die Wände bedecken: In dem geheimnisvollen Raumschiff wird das gesammelte Wissen der Kimera bewahrt. Ein Weg voller Hindernisse und Gefahren führt in das Innere des Schiffes zu den Aufzeichnungen. Auf dem Taelon-Mutterschiff verlangt unterdessen Da'an von Zo'or den Rücktritt als Oberhaupt der Synode, aber Zo'or schickt Sandoval aus, um den flüchtigen Jaridian zu töten - und auch Lili und Liam, falls nötig. Liam, Lili und der Jaridian kämpfen sich auf dem Kimera-Raumschiff einen Weg durch tödliche Laserstrahlen, landen aber in einer Sackgasse. Als sich die Wände des Ganges aufeinander zu bewegen und drohen, die drei zu zerquetschen, gelingt ihnen durch Zusammenarbeit die Flucht. Daraufhin berichtet der Jaridian Liam und Lili, sein Volk und die Taelons seien einst eine gemeinsame Rasse gewesen, bis die Taelons sich abspalteten und die Möglichkeit der Reproduktion verloren. Um sich fortzupflanzen, wollen sie jetzt eine Einheit mit den Jaridians erzwingen und die Menschen in diesem Krieg einsetzen.

Um neue Hilfstechnologien für Behinderte zu entwickeln, arbeitet der selbst an den Rollstuhl gefesselte, geniale Wissenschaftler Sparrow mit den Companions zusammen. In Sparrows Firma Artelligent werden mit genetischen Informationen eines Jaridian-Replikanten Ersatzkörper hergestellt. In einen will Sparrow sein eigenes Bewusstsein transferieren, um dem Gefängnis seines gelähmten Körpers zu entkommen. Als ein Reporter heimlich die leblosen Körper im Labor fotografiert, erwacht aber eine der "Menschmaschinen" zum Leben und flieht. Sandoval findet später den Fotografen und eine Wache tot auf. Lili entdeckt, dass Sandoval und Zo'or gemeinsam das Projekt von Da'an und Sparrow sabotiert und Killer-Maschinen aus den Ersatzkörpern gemacht haben. Jetzt läuft die entflohene Menschmaschine Amok. Unterdessen lernt Sparrow im Flat Planet Café Maiya kennen. Obwohl sein Projekt mittlerweile dem Militär unterstellt wurde, vollendet er den Transfer seines Geistes in einen der Ersatzkörper - ohne zu ahnen, dass sein neuer Körper auf Töten programmiert ist.

Nach einer geheimen Testreihe gehen Zo'or und die Firma "Second Chances" mit einer Sensation an die Öffentlichkeit: Ein Taelon-Verfahren ermöglicht es, Menschen um rund 30 Jahre zu verjüngen. Die 70-jährige Pearl Bell verwandelt sich vor den Augen der begeisterten Menge tatsächlich wieder in eine junge Frau, und "Second Chances" wird erwartungsgemäß mit Nachfragen überschwemmt. Die Warnungen von Präsidentschaftskandidat Jonathan Doors sind schnell vergessen, als Pearl im Fernsehen den Taelons dankt und von einer erfolgreichen Herzoperation erzählt, die die Außerirdischen vor Jahren an ihrem Sohn durchgeführt hätten. Liam weiß, dass diese Geschichte nicht wahr ist. Missbraucht Zo'or das bahnbrechende Verjüngungsverfahren, um den Menschen falsche Erinnerungen zu implantieren? Unterdessen wird Jonathan Doors von Lili und Hayley Simmons, der Anführerin des Widerstandes im Nordwest-Pazifik, aufgefordert, aufgrund seiner Kandidatur als Oberhaupt der Widerstandsbewegung zurückzutreten. Die Dinge spitzen sich zu, als Hayley mit ihren Leuten Pearl entführt, um die Auswirkungen der Taelon-Prozedur zu untersuchen. Dr. Hart bestätigt den Verdacht, dass die Taelons Pearls Gedächtnis manipuliert haben. Um Beweise gegen Zo'or zu finden, muss Liam in die Zentrale von "Second Chances" einbrechen.

Während der Eröffnung eines neuen Interdimensionsflug-Portals kommt es zu einem dramatischen Zwischenfall: Nachdem sich ein Mann aus der Menge auf die Bühne zubewegt hat, bricht Dr. Jeffrey Whitfield, der gerade eine Rede hält, plötzlich tot zusammen. Die Obduktion wirft Fragen auf: Whitfield starb an einer massiven Dosis Zyanid, die in einer Kapsel in seinem Brustkorb explodiert ist. Aber er hat die Kapsel weder geschluckt noch gibt es Spuren einer Injektion. Während einer Pressekonferenz bricht auch Sa'al, der für das neue Portal verantwortliche Taelon-Ingenieur, zusammen. Liam und Lili eilen ihm zur Hilfe, aber sie werden nur noch Zeugen, wie Sa'al in einem grellen Blitz förmlich explodiert. Während der Sichtung des Videomaterials beider Veranstaltungen fällt Liam und Sandoval Arnold Creighton auf, ein ehemaliger Professor und bekannter Taelon-Kritiker. Er ist jetzt an einer radikalen alternativen Universität beschäftigt, wo die Ankunft von Liam und Sandoval aber nur einen Video-Monitor aktiviert. Auf dem Bildschirm erscheint Creighton, der den Taelons den Krieg erklärt. Anschließend zerstört eine Bombe sein Labor. Augur findet heraus, dass Creighton einen Miniatur-Teleporter entwickelt hat, mit dem er jeden Gegenstand an jeden beliebigen Ort transportieren kann - und der ihm auch die Möglichkeit gibt, jemanden von innen heraus zu töten. Zo'or versucht gemeinsam mit Sandoval, Creighton in eine Falle zu locken. Damit bringen die beiden den ahnungslosen Da'an in Lebensgefahr.

Widerstands-Kämpfer Paul Chandler und Wissenschaftler Terry Wu sind gerade mit der Untersuchung eines gestohlenen Taelon-Shuttles beschäftigt, als ihr Labor angegriffen wird. Kurze Zeit später informiert Jonathan Doors Liam und Lili, dass nicht nur das Labor zerstört und die Männer offenbar getötet wurden, sondern auch das Shuttle verschwunden ist. Alle Hinweise deuten darauf hin, dass es sich nicht um einen Angriff von außen, sondern eine Aktion innerhalb der Widerstandsbewegung gehandelt haben muss. Als Sandoval das Shuttle aufspürt, gerät er mit Liam und Lili in eine Falle. Die drei können nur knapp entkommen. Später kommt es in einem Lagerhaus zu einem Schusswechsel mit zwei Verdächtigen. Dabei wird einer der Männer getötet. In dem anderen erkennt die überraschte Lili Paul Chandler und lässt ihn entkommen. Während Chandler versucht, Lili für den bewaffneten Kampf gegen die Taelons zu gewinnen, entdeckt Augur, dass der Antrieb des gestohlenen Shuttles beschädigt wurde und eine Anti-Materie-Explosion vom Ausmaßeiner nuklearen Katastrophe verursachen könnte. Die Warnung kommt zu spät: Chandler plant einen Angriff auf die Taelon-Botschaft in Washington. Lili bringt Da'an außer Gefahr, während Liam und Augur in einem Wettlauf gegen die Zeit versuchen, Chandler aufzuhalten.

Julia, eine neues Mitglied der Widerstandsbewegung, wird mit ihrer Gruppe von einer Spezialeinheit "Freiwilliger" - Teenager mit Taelon-Implantaten - überfallen. Sie kann eine junge Frau, Amanda, überwältigen und bringt sie bewusstlos zu Augur, Liam und Lili. Dr. Melissa Park stellt fest, dass Amandas Implantat nicht wie ein CVI wirkt: Das Mädchen arbeitet offenbar freiwillig für die Außerirdischen. Ihr Implantat ist wegen der Hyper-Stimulation des Nervensystems lebensgefährlich für Amanda. Als Amanda erwacht, nimmt sie zunächst Dr. Park als Geisel, willigt dann aber ein, zu kooperieren. Unterdessen sind Zo'or und Sandoval fieberhaft auf der Suche nach dem Mädchen, das Informationen über ihre Geheim-Operation preisgeben könnte. Als sich herausstellt, dass Amanda im Jugendprogramm des "Taelon Friendship Center" war, ermittelt Julia dort anonym. Tatsächlich wird das Programm - von Da'an ins Leben gerufen, um Kindern und Jugendlichen mit Problemen zu helfen - von jemandem missbraucht: Die Teenager werden als Rekruten für den Angriff auf einen unbekannten Feind der Taelons in einer anderen Galaxie vorbereitet.

Als ein Mann namens Rick ihr im "Flat Planet Café" eine merkwürdige Kugel in die Hand drückt, fällt Lili sofort in einen starken Drogenrausch. Geschwächt und halluzinierend wird sie ins Krankenhaus gebracht. Dort stellen die Ärzte fest, dass sie ein weiteres Opfer von "Bliss" ist, einer gefährlichen Droge unbekannten Ursprungs, die sich bereits epidemieartig in der Stadt ausgebreitet hat. Von Rick erfahren Liam und Lili, dass "Bliss" aus einem Taelon-Portal in Dublin stammt. Während Liam und Sandoval nach Irland reisen, füllt sich die Notaufnahme mit immer mehr "Bliss"-Opfern in lebensbedrohlichem Zustand. In Irland versuchen Liam und Sandoval herauszufinden, ob die Droge etwas mit Ma'els Grabstätte zu tun hat, die viele alte Taelon-Artefakte enthält. Dabei treffen sie auf die Archäologin Catherine Cox und stoßen in einer Höhle auf eine Hologramm-Aufzeichnung von Ma'el. Er berichtet von einer seltenen Pflanze, nach der die Menschen vor 2000 Jahren süchtig wurden. Ma'el entwickelte damals ein Gegenmittel und rettete damit die Menschheit. Während Lilis Leben nur noch am seidenen Faden hängt, kommen Liam und Sandoval dahinter, dass Catherine Cox die "Bliss"-Epidemie verursacht hat, um sich als Entdeckerin des Heilstoffs feiern zu lassen.

Auf Anraten des PR-Beraters Paul Wagner arrangieren die Companions für die populäre Talkshow-Moderatorin Abby Franklin eine exklusive Führung durch das Taelon-Mutterschiff. Aber kaum ist Abby an Bord, wird das Raumschiff entführt. Liam gerät als Saboteur unter Verdacht, nachdem Sandoval ihn auf einem Überwachungsvideo im Computerraum sieht. Er wird festgenommen, während Da'an und Zo'or die Triebwerke des Raumschiffs lahmlegen, das nun schwer beschädigt zwischen den Dimensionen strandet. Nachdem Liam von Lili befreit wurde, entdeckt er sein exaktes Double im Gespräch mit Abby. Während des folgenden Kampfes verwandelt sich sein Doppelgänger zunächst in Paul Wagner, dann in einen jaridianischen Replikanten: Die Jaridians stecken hinter der Entführung. Während Liam und Lili versuchen, das Taelon-Mutterschiff zu reparieren, setzt Zo'or andere Prioritäten: Das Raumschiff soll um keinen Preis in die Hände des Feindes fallen, er ordnet die Selbstzerstörung an.

Zwei nicht zur Erdflotte gehörende Taelon-Shuttles tauchen plötzlich im amerikanischen Luftraum auf. Noch bevor Lili Marquette und Ron Sandoval Kontakt aufnehmen können, zerschellt eines an einem Berg, das andere Shuttle verschwindet von den Radarschirmen und landet unbemerkt. Der Taelon-Pilot Bel'lie findet im Wald Unterschlupf bei ein paar Kindern, während Zo'or den Befehl gibt, ihn zu fassen - tot oder lebendig. Liam spürt den vermissten Piloten auf. Als Shuttles vom Mutterschiff der Companions angreifen, beschließt er, Bel'lie nicht auszuliefern, sondern bei Augur zu verstecken: Bel'lie gehört zu einer Gruppe Taelon-Rebellen, die die Widerstandsbewegung auf der Erde unterstützen wollen. Die Taelons versklaven offenbar in ihrem Kampf gegen die Jaridians unzählige Planeten. Liam kann Bel'lie nicht glauben, dass Da'an dafür verantwortlich ist. Als Bel'lie sich in einen Atavus verwandelt, einen primitiven Vorläufer der Taelon-Rasse und gefährlichen Killer, wird er zur Gefahr für Taelons und Menschen.

Die undurchsichtige Beverly Wu engagiert Augur, um an einem geheimen Waffenprojekt der Taelons mitzuwirken. In der Antarktis erläutert sie ihm die Wunderwaffe, mit der die Companions von der Erde aus die Jaridians besiegen wollen. Augur ist sich der Gefahr bewusst, die der Menschheit durch einen Gegenschlag der Jaridians droht. Aber er verliebt sich in Beverly und erreicht tatsächlich einen entscheidenden Durchbruch bei der Perfektionierung des Waffensystems. Auch nach einem negativen Test der Wunderwaffe überzeugt Beverly Augur, das Projekt weiter zu unterstützen. Liam findet heraus, wohin Augur verschwunden ist und versucht Da'an zu warnen. Als der es ablehnt, einzugreifen, nimmt die Widerstandsbewegung die Sache in die eigene Hand. Unter Julias Leitung soll der Einsatz der Waffe verhindert werden. Aber Beverly hat bereits Befehl zum Angriff auf die Jaridians gegeben.

Die Erde droht zum Schlachtfeld eines intergalaktischen Kriegs zwischen Taelons und Jaridians zu werden, als Zo'or Befehl erteilt, eine Jaridian-Raumsonde abzuschießen. Liam, Augur und Julia können die beschädigte Sonde rechtzeitig sicherstellen. Aber die Mitglieder der Widerstandsbewegung werden von Colonel Zeke, dem Leiter einer geheimen Militär-Operation, gefangen genommen. Versehentlich aktivieren Augur und Wissenschaftler Bettis während ihrer Untersuchung die Waffen-systeme der Sonde: Sie transformiert vor ihren Augen in einen Jaridian-Replikanten, der Augurs Gestalt annimmt und aus dem Labor ausbricht. Lili versucht, den Kommando-Code zu knacken, aber der Replikant greift überraschenderweise nicht an: Er bittet die Menschen, den Kampf der Jaridians gegen die Taelons zu unterstützen.

Unter den wachsamen Augen von Liam Kincaid und Geheimdienst-Agent Hannigan hält Präsidentschaftskandidat Jonathan Doors eine Pressekonferenz ab. Es kommt zum Schusswechsel mit einem Verdächtigen, der ein Taelon-Implantat trägt. Eine neue Intrige von Zo'or? Joshua Doors, Wahlkampfleiter seines Vaters, verstärkt die Sicherheitsvorkehrungen. Julia entdeckt eine Verbindung des Implantierten zu Waffenhändler Margolis. Er wird getötet, bevor er enthüllen kann, an wen er Taelon-Waffen verkauft. Julia und Augur werden ebenfalls angegriffen. Während Präsident Thompson und sein Herausforderer Jonathan Doors in einer öffentlichen Debatte eine hitzige Diskussion über die Taelons und die Widerstandsbewegung führen, entdeckt Liam drei Taelon-Krieger auf der Veranstaltung. Eine Falle: Während Liam mit ihnen kämpft, hat der echte Attentäter bereits auf Präsident Thompson angelegt.

Nach dem Attentat auf den Präsidenten entführt eine Gruppe Taelon-Implantierter Jonathan Doors aus dem Stützpunkt des Widerstands. Eine dieser "Freiwilligen" trägt ein falsches Implantat: Renee rettet Liam und Augur, dann verschwindet sie spurlos. Nachdem Lili Marquette den Selbstzerstörungsmechanismus des Taelon-Mutterschiffs auslöst, wird sie von Zo'or als Verräterin unter Arrest gestellt. Damit scheint die Widerstandsbewegung zerschlagen. Im Fernsehen wird berichtet wird, Lili sei bei der Explosion des Taelon-Raumschiffs ums Leben gekommen. Plant Zo'or, die totale politische Kontrolle an sich zu reißen? Zo'or schlägt dem inhaftierten Jonathan Doors vor, ihre Differenzen beizulegen und gemeinsam zu arbeiten. Um den wahren Präsidenten-Attentäter zu identifizieren, stiehlt Liam eine DNA-Probe, die von Widerstandsmitglied Albert Phillips stammt - aber die Probe ist bereits mehr als einen Monat alt. Um die falschen Anschuldigungen gegen die Widerstandsbewegung endgültig auszuräumen, begibt sich Liam in Lebensgefahr: Er sucht am Tatort nach weiteren Beweisen ohne zu ahnen, dass dort eine Zeitbombe installiert ist.

Erika Vosser teilt Lili Marqette mit, dass sie von Zo'or zum Tode verurteilt und ihr Begräbnis bereits fingiert wurde. Dann beginnen Vosser und Tate damit, Lili ein Taelon-Implantat einzusetzen. Sie kann fliehen und entdeckt ein Gefängnis mit Sympathisanten des Widerstands. Doch für Lili ist es zu spät: Vosser und Tate fangen sie wieder ein. In dem geheimen Gefängnis sitzt auch Lawrence Jantzen, nach dem die Journalistin Renee Palmer sucht. Sie ist davon überzeugt, dass die Taelons mit Implantaten an Menschen experimentieren und ihre Gefangenen aus dem Sonnensystem heraus transportieren wollen. Augur kann Jantzen lokalisieren, und Liam und Renee machen sich auf den Weg, um ihn und die anderen Häftlinge zu befreien.

Detective Patricia Sherman bittet Liam um Hilfe bei der Untersuchung von vier rätselhaften Todesfällen. Zur selben Zeit beantwortet Dr. Ray Suriyama Journalisten-Fragen über "Mneme". Die neue Taelon-Technologie ermöglicht es den Menschen, ihre schönsten Erinnerungen noch einmal zu erleben. Gibt es einen Zusammenhang zu den Todesfällen? Liam und Renee finden heraus, dass Gavin Frost auf dem Schwarzmarkt "Mneme"-Sitzungen anbietet. Sie stehlen seine Maschine, am nächsten Tag ist Gavin tot. Liam ist überzeugt, dass eine Überdosis Erinnerungen für den Tod der vier Menschen verantwortlich ist. Bei einem Test mit der Maschine durchlebt er die schrecklichen Erfahrungen des Kriegsveteranen McKee - Gavin hat mit gestohlenen Erinnerungen gehandelt. Die Spur führt zurück zu Dr. Suriyama, der Renees Erinnerungen an sich gebracht hat. Im Mneme-Salon geraten sie und Liam in Lebensgefahr, als sie in einem Kraftfeld gefangen und mit ihren eigenen Erinnerungen bombardiert werden.

Beim Überfall "Freiwilliger" auf einen politischen Club wird eine neue Art von Skrill eingesetzt. Diese speziellen Skrills - die organischen Taelon-Waffen sind quallenähnliche symbiotische Lebewesen, die auf dem Unterarm getragen werden und als Fortsatz des zentralen Nervensystems funktionieren - können offenbar auch ohne Taelon-Implantat benutzt werden. Im Skrill-Entwicklungscenter erfahren Liam und Da'an, dass aus Dr. Linfords Labor die schwangere Skrill-Königin, die Mutter aller Skrills, gestohlen wurde. Zur selben Zeit bringen Sylvia Ehrengraf, Peter und Alan die entführte Skrill-Königin in ihr Versteck. Renee kann Ehrengraf identifizieren: Sie ist Mitglied der radikalen Widerstandsgruppe "Schwarzer Donnerstag". Als Liam und Renee sie stellen, kann sie mit der Skrill-Königin zunächst fliehen. Aber als sie gegen Liam ihren Skrill einsetzt, bricht sie unter Schmerzen zusammen und stirbt. Renee will die Skrill-Königin für die Widerstandsbewegung "beschlagnahmen". Aber Liam hat vor, das fremdartige Lebewesen, deren Nachkommen von den Taelons als Waffen missbraucht werden, im brasilianischen Regenwald auszusetzen.

In der Galerie von Vera Rizzori untersuchen Liam und Renee einige in die Vereinigten Staaten geschmuggelte Antiquitäten, die von den Taelons stammen könnten. Um zu verhindern, dass Sandoval Zugriff auf die Gegenstände bekommt, stehlen sie sie nachts. Augur identifiziert ein Polyeder und ein Götzenbild tatsächlich als außerirdischen Ursprungs - eine Spur zur Hinterlassenschaft Ma'els, der als Kundschafter der Taelons vor tausenden Jahren die Erde besucht hat. Vera Rizzori gibt ihre Hintermänner preis: den Zollbeamten Carl Praeger und den Schmuggler Gonsalves. Bei der Durchsuchung von Praegers Büro wird Liam von Gonsalves angegriffen. Er flieht, als Renee eintrifft. Augur findet heraus, dass die Taelon-Artefakte aus Rio La Yapana kommen. Dort entdecken Liam und Renee in einem Fischerdorf Gonsalves, der beim anschließenden Kampf um's Leben kommt. Liam stößt auf weitere Spuren, aber Renee hat gute Gründe, ihn an der Entdeckung von Ma'els Raumschiff zu hindern.

Während Da'an Profi-Killer Max Pratt auf Augur ansetzt, wird Sandoval bewusstlos ins Krankenhaus eingeliefert. Die Ärzte stellen fest, dass er an einer Blut-Anomalie leidet, die von einer genetischen Mutation ausgelöst wird. Sandoval wacht wieder auf, aber er wird sterben, wenn er keine Bluttransfusion von einem Verwandten ersten Grades erhält - der seines Wissens nicht existiert. Liam und Renee treffen sich mit zehn Widerstandskämpfern, deren Gruppen entdeckt und zerstört wurden. Es wird beschlossen, dass Liam künftig die einzige Kommunikationsverbindung zwischen den Gruppierungen darstellen wird. Augur sieht sich mit seiner kriminellen Vergangenheit konfrontiert, als ihm plötzlich sein ehemaliger Partner Max Pratt gegenübersteht. Max saß sechs Jahre im Gefängnis, nachdem Augur gegen ihn ausgesagt hat. Jetzt zwingt er Augur, ihm den Kommunikationscode der Widerstandsbewegung zu verraten - andernfalls will er Liam töten. Da'an ruft daraufhin im Namen Liams die Widerstandsführer zu einem Treffen zusammen. Mehrere werden getötet. Liam fühlt sich verraten, braucht aber Augurs Unterstützung, um herauszufinden, wer Max angeheuert hat. Gleichzeitig wird Liam klar, dass nur er Sandovals Leben retten kann, dessen Körper benutzt wurde, um ihn zu zeugen.

Was geht in der Kleinstadt Taelonville in Iowa vor? Dr. Park untersucht ein Mädchen, das mit knapper Not von dort entkommen ist und jetzt unter Gedächtnisverlust leidet. Es stellt sich heraus, dass sie - vor ihrer Flucht - schwanger war. Der Fötus wurde mittels Taelon-Technologie entnommen. Während Sandoval in Zo'ors Auftrag recherchiert, ob im Geheimen das beendete Genetik-Experiment wieder aufgenommen wurde, forscht Liam auf eigene Faust in Taelonville nach. Sheriff Bob Highland stellt ihm Carrie Drake und die Hartley-Zwillinge Belle und Steve vor - Teenager, die von den Taelons gerettet wurden, als die Stadt nuklear verseucht wurde. Wie Sandoval herausfindet, ist für den Wiederaufbau des Orts Da'an verantwortlich: Er versucht einen Taelon-Mensch-Hybriden zu erschaffen, der den Taelons bei der bevorstehenden Invasion der Jaridians nützlich sein könnte. Als Steve und Belle Carrie töten, gelingt es ihnen, die Tat Liam anzuhängen. Er kann mit Renees Hilfe aus dem Gefängnis entkommen, aber Highland ist ihnen mit seinen Männern auf den Fersen. Liam und Renee stoßen in Taelonville auf eine Brutanlage für die Kreuzung aus Taelons und Menschen. Steve droht, die Babys zu töten, als der Sheriff das Gebäude stürmen lässt. Belle kann mit einem der Kinder entkommen.

Pad'Ar, ein heiliges Taelon-Ritual, das in alten Zeiten dazu diente, Streit zu schlichten, hat auch auf der Erde Einzug gefunden - als Unterhaltungsspektakel. Die Kämpfe werden live übertragen, und mittels einer speziellen Virtual Reality-Technologie von Doors International können die Zuschauer das Geschehen im Ring hautnah miterleben. Bei einem solchen Anlass wird im Flat Planet Café der Zuschauer Vernon Getz leicht verletzt - nicht der erste Fall, wie Liam von Dr. Catlett erfährt. Renee und Arcadia Frost, die erfolgreichste Pad'Ar-Kriegerin, werden bei einem Pad'Ar an Bord des Taelon-Mutterschiffs Zeugen des Todes von Kämpfer Sturm. Als sich herausstellt, dass eine Nervenstörung die Ursache ist, wird die Untersuchung aller Krieger angeordnet. Sturms Tod bleibt aber rätselhaft: Seine Krankheit befällt nur Menschen über 60. Renee findet heraus, dass tatsächlich Arcadia und alle anderen Pad'Ar-Kämpfer ehemalige Soldaten sind, alle zwischen 65 und 90 Jahren alt. Sie alle haben einen gemeinsamen DNA-Strang: Sie sind verbesserte Biosurrogate. Die Spur führt zu Sandoval und Zo'or, die weiter daran arbeiten, den perfekten Soldaten zu erschaffen, um die Jaridians schlagen zu können. Jetzt erteilen sie den Befehl, Arcadia zu töten.

Tausende Lichtjahre von der Erde entfernt, kommt in einem Jaridian-Shuttle Lili Marquette zu sich. Nach dem vernichtenden Angriff eines Taelon-Kriegsschiffes erwacht sie in einem Militärhospital. Von Dr. Reed erfährt Lili, dass sie drei Jahre im Koma lag: Die Taelons wurden mittlerweile von den Jaridians geschlagen und haben die Erde für immer verlassen. Sandoval, der seine Hinrichtung erwartet, bittet Lili um ein Gespräch. Er teilt ihr mit, er habe treue Taelon-Anhänger in einer eigenen Widerstandsgruppe organisiert, die Lili töten werden. Tate, einer von Lilis alten Feinden, begeht tatsächlich einen Anschlag, den Liam aber vereiteln kann. Dann stellt Lili Merkwürdiges fest: Eine alte Wunde ist nicht verheilt, ihr Blut ist schwarz. Ist Lili überhaupt auf der Erde? Liam gibt zu, dass sie sich alle tatsächlich auf einem Asteroiden befinden. Lili sei Teil eines Experiments, mit dem die Taelons mehr Informationen über den Widerstand und die Jaridians erhalten wollen. Liam, Augur und Dr. Reed seien ebenfalls Gefangene. Sie könnten aber fliehen, wenn Lili ein Shuttle repariere. Reed und Colonel Bramson verwirren Lili noch mehr: Sie behaupten, sie hätten ihr CVI nie entfernt und empfehlen eine sofortige Operation. Lili ist einverstanden, aber während des Eingriffs hat sie die Vision, sie würde von Jaridians operiert. Am nächsten Tag macht sie sich an die Reparaturarbeiten, denn für die Nacht ist die Flucht geplant. Bei Dunkelheit treffen sich Lili, Liam, Augur und Reed am Shuttle-Hangar und werden in eine Schießerei mit einer Gruppe "Freiwilliger" verwickelt. Sandoval verwundet Liam schwer. Lili tötet ihn, aber auch Liam stirbt. Plötzlich verwandelt sich die Landschaft: Lili befindet sich auf Jaridia. Die "Freiwilligen", Augur, Liam und Reed - sie alle sind in Wirklichkeit Jaridians, die mit Lilis Erinnerungen eine falsche Erde geschaffen haben. So wollten sie sie dazu zu bringen, das Shuttle zu reparieren, damit sie zur Erde fliegen und ihren Krieg gegen die Taelons fortsetzen können...

Obwohl er besorgt um Zo'ors schlechte Verfassung ist, fliegt Da'an mit ihm zur Zeremonie der "Teilung der Energie" ins Kloster, eine einflussreiche spirituelle Organisation. In Schwester Elizabeth, einer der Frauen, die währen der Zeremonie die Energie der Taelons empfangen, erkennen Liam und Renee Palmer eine ehemalige Widerstandskämpferin. Kurz darauf liegt Elizabeth nach einem elektrischen Schlag tot im Meditationstank. Detective Mitch Corelli und Gerichtsmediziner "Rabbit" nehmen die Ermittlungen auf. Es stellt sich heraus, dass Elizabeth schwanger war - wie alle Schwestern, bis auf Margaret, die Gründerin des Klosters. Da'an erkennt unterdessen den Grund für Zo'ors Schwäche: Er befindet sich im ka'ath'am, dem Fortpflanzungszyklus der Taelons, obwohl er steril ist. Als Schwester Jenna von einem Taelon angegriffen wird, glaubt Liam beweisen zu können, wer Elizabeths Mörder ist: Ihr Körper weist Energiespuren von zwei Taelons auf, obwohl sie während der Zeremonie nur einen berührt hat. Die Aufzeichnung des Rituals birgt allerdings eine Überraschung: Elizabeth hat Zo'or berührt. Während Da'an jetzt unter Mordverdacht steht, wird Liam klar, dass Schwester Margaret ihre Energiefrequenz der Zo'ors angepasst hat, um Elizabeth zu töten. Aber warum hat Da'an versucht, Zo'or zu decken?

Shelly George, Produzentin der "Eli Hanson Show", will das erste Fernseh-Live-Interview mit einem Companion übertragen. Renee arrangiert ein Treffen mit Zo'or. Er sagt seine Teilnahme zu, aber kurz danach werden er und Sandoval wegen eines Sicherheitsdefekts im Taelon-Archiv alarmiert. Shelly trifft sich am nächsten Tag mit Troy Sarrazin, einem bekannten Anti-Taelon-Aktivisten. Er übergibt ihr eine Diskette mit geheimen Informationen über die Taelons. Als Troy kurz vor der Live-Show im Fernsehstudio entdeckt wird, nimmt Liam ihn auf Sandovals Befehl hin fest, um ihn zum Mutterschiff zu bringen. Kaum haben Liam und Troy das Gebäude verlassen, lässt Shelly alle Studiotüren verschließen. Dann betritt sie die Bühne und kündigt eine spektakuläre Enthüllung über die Taelons an. Sie sagt, dass sie sterben werde, weil sie Taelon-Strahlung ausgesetzt war. Als ein Freiwilliger die Bühne stürmt, feuert Shelly eine starke Energiewelle ab. Mit der nächsten will sie Zo'or töten - und das gesamte Studio in die Luft jagen. Während Shelly das gestohlene Archivmaterial der Taelons sendet, versucht Liam durch ein Interdimensions-Portal in das Studio zu gelangen.

Liam und Zo'or sind unterwegs zu einem diplomatischen Treffen, als sie auf das Taelon-Mutterschiff gerufen werden und ihren Interdimensions-Flug abbrechen müssen. Dabei kollidiert ihr Shuttle, sie stürzen über Wyoming ab. Liam wird von Naraina Durrant aus seiner Rettungshülle befreit. Sie gehört einer Kommune an, die sich "Die Kinder der Erde" nennt, und hilft ihm bei der Suche nach Zo'or. Währenddessen begrüßt Da'an auf dem Mutterschiff T'Than, den Kriegsminister der Taelons. Er hat ein Treffen anberaumt, um vorzuschlagen, dass Da'an Zo'or als Leiter der Taelon-Synode ablöst. Die Suche nach den Vermissten ist bereits eingeleitet, als Liam und Naraina den verletzten Zo'or finden. Sie treffen auch auf Jason, Kyle und Byron Durrant, Narainas Vater und Anführer der Kommune. Die "Kinder der Erde" leben als Naturpuristen abgeschieden von der Zivilisation und erfahren zum ersten Mal, dass Taelons existieren. Aber Byron glaubt an eine Legende, nach der Sternenwesen die "Kindern der Erde" in die moderne Welt zurückführen werden. Das will er mit allen Mitteln verhindern. Liam entdeckt ein geheimes Waffenarsenal und versucht, die Gemeinde vor ihrem wahnsinnigen Anführer zu warnen und das Leben seines Erzfeindes Zo'or zu retten.

Zo'or schlägt dem lateinamerikanischen Companion Ram vor, Präsident Thompson zum Berater der Taelon-Synode zu machen. Ram lehnt ab. Nachdem Sandoval heimlich einen Mikrochip in den Skrill von Tonio, Rams Bodyguard, eingesetzt hat, betreten Ram und Tonio das Interdimensionsportal - und werden getötet. Kriegsminister T'Than verdächtigt sofort Zo'or des Mordes. Liam wird nach El Salvador geschickt, um mehr über Tonio herauszufinden, der ebenfalls auf der Liste der Verdächtigen steht. Sandoval besucht unterdessen die Künstlerin Hannah Klein, in die Liam sich verliebt hat: Sandoval hat sie angeheuert, um Liam eine Verbindung zum Widerstand nachzuweisen. Liam entdeckt in Tonios Haus einen verborgenen Raum, in dem er Hinweise auf Widerstands-Propaganda und ein Foto von Hannah findet. Unterdessen streiten T'Than und Da'an: Der Kriegsminister will alle Taelons auf die Erde übersiedeln - das würde den sicheren Untergang der menschlichen Rasse bedeuten. Hannah berichtet an Sandoval, dass Liam zweifellos loyal sei und keinerlei Verbindung zum Widerstand habe. Als Sandoval einen falschen Alarm auslöst und Hannah anweist, T'Than zum Portal zu bringen, denkt Liam, sie wolle den Minister töten. Er springt ebenfalls in das Interdimensionsportal und verschwindet mit den beiden.

Nach dem Bombenattentat auf eine Botschaft droht ein neuer internationaler Konflikt. Gleichzeitig gibt es einen Einbruch bei Doors International. Als Da'an und Liam einem weiteren Anschlag nur knapp entgehen, macht Zo'or den Widerstand für die Vorfälle verantwortlich. Sandoval ermittelt, dass es sich bei der verwendeten Bombe um eine Waffe handelt, durch die bereits im Krieg 100.000 Menschen getötet wurden. Es wurde nie in Erfahrung gebracht, wer die Bombe zündete. Renee möchte gern ihren engen Freund Colonel Dennis Robillard für die Widerstandsbewegung anwerben, der sich im selben Krieg durch diplomatisches Geschick als Held profilierte. Jonathan Doors hält diesen Plan jedoch für zu gefährlich. Liam bittet Robillard um Hilfe, aber er lehnt ab. Unterdessen wird am Tatort der Attentate eine Strahlung registriert, die nur die gemeinsam von Doors International und den Taelons entwickelte Technologie verursachen kann. Augur und Liam klinken sich bei Doors ein und stellen fest, dass der Diebstahl intern in Auftrag gegeben wurde, um den Verdacht auf Renee zu lenken: Robillard muss für die Bombenanschläge verantwortlich sein. Der Colonel behauptet, die Taelons seien schon Jahre vor dem Krieg auf der Erde gelandet und hätten die rätselhafte Bombe gezündet. Jetzt will er mit derselben Superwaffe das Mutterschiff zerstören und alle Taelons töten. Die Bombe, die er bereits scharf gemacht hat, würde mit ihrer Druckwelle die gesamte Ostküste der USA zerstören.

Nachdem Zo'or mit einem alten Taelon-Fundstück in Berührung gekommen ist, bricht er plötzlich zusammen. Die Diagnose des Taelon-Heilers Mit'gai ist alarmierend: Zo'or leidet an Pesh'tal, einer tödlichen Seuche unbekannten Ursprungs, für die es keine Heilung gibt. Den Taelons droht eine verheerende Epidemie. Renee will herausfinden, ob sich aus dem Virus eine biologische Waffe gegen die Companions herstellen lässt. Kurz nachdem Zo'or eine Probe des infizierten Energiefelds Zo'ors sicherstellen kann, verschwindet Zo'or plötzlich. Mit'gai informiert Liam, dass Pesh'tal auch für Menschen gefährlich sei: Kommen sie mit dem Virus in Berührung, kommt es zu Psychosen, die aus friedlichen Menschen wahnsinnige Killer machen können. Zo'or könnte mit seinem starken Energiefeld Personen im Umkreis von 50 Meilen infizieren. Liam und Renee bleiben nur wenige Stunden, bis die tödliche Seuche weiter um sich greifen wird. Zo'ors Spur führt in eine psychiatrische Klinik in New York. Mit'gai gelingt es zwar, ein Gegenmittel zu entwickeln, aber gleichzeitig erhält Sandoval von T'Than den Auftrag, sicherzustellen, dass Zo'or nicht überlebt...

Bei einem Anschlag auf die Taelon-Botschaft werden die virtuellen Glaswände durchsiebt - mit herkömmlichen menschlichen Waffen unmöglich. Sandoval und Liam finden die Tatwaffe, eine Pistole des Herstellers Hammerlin, gegen den die Taelons vor kurzem eine Klage verloren haben. Der Täter wird anhand der Überwachungsbänder ebenfalls identifiziert: Scott Pierce. Doch Pierce liegt bereits seit drei Monaten im Koma. Liam erfährt später, dass die Umfunktionierung der Hammerlin-Waffe von Taelons vorgenommen worden sein muss. Besorgt um Zo'ors Sicherheit gesteht Sandoval schließlich die Wahrheit: Zo'or hat im Körper von Pierce das Attentat auf die Botschaft begangen. Er bricht das riskante Experiment, seine Energie in einen menschlichen Körper zu übertragen, auch jetzt nicht ab. Zo'or will durch ein medienwirksames Verbrechen dafür sorgen, dass die Hammerlin-Waffen verboten werden, die auch für Taelons gefährlich sind. Liam versucht jetzt, Zo'or von dem Mord an Politiker Hubble Urick abzuhalten.

Bei den Arbeiten an dem alten Raumschiff, mit dem einst Ma'el auf die Erde kam, wird plötzlich Energie freigesetzt. Peter Sayers wird getötet, Renee Palmer und Dr. Denise Kerlaw verlieren das Bewusstsein. Liam und Augur fliegen nach Peru, um Hilfe zu leisten. Gerade als Liam Renee und Denise von Bord bringen will, aktiviert sich der Selbstzerstörungsmechanismus. Liam kann die Sequenz stoppen, aktiviert dabei aber das Kontrolldeck und ist jetzt mit Renee an Bord eingesperrt. Als die beiden zahlreiche Kältekammern entdecken, erscheint plötzlich ein Mann namens Salvius Julianus, der sich als römischer Bürger vorstellt. Seit dem Jahr 1700 wartet er auf die Ankunft der Hauptstreitmacht der Taelons, um in Ma'els Sinne die Versklavung der Menschheit zu verhindern. Julianus hält Liam und Renee für Taelon-Spione und hält sie in einer Kammer aus virtuellem Glas gefangen. Während an Bord des Taelon-Mutterschiffs gerade Zo'or und T'Than ein rituelles, tödliches Duell austragen, erscheint dort plötzlich das Hologramm von Julianus, der über alle Taelons auf der Erde das Todesurteil verhängt. Ma'els Schiff ist bereits auf Kollisionskurs mit dem Mutterschiff - ein Selbstmordkommando mit Liam und Renee an Bord.

Devon Zide, ein Mitglied der Companion-Kirche, bittet Liam um Hilfe: Seine Freundin Gina ist verschwunden. Von Reverend Murray erfährt Liam zwar, dass Gina ein Schweigegelübde abgelegt hat und auf eine Mission geschickt wurde – nicht aber, dass sie nicht freiwillig gegangen ist. Kurz darauf verschwindet auch Devon. Unter den Decknamen Robert Brice und Susan Evans schließen sich Liam und Renee der Gemeinde an. Von Augur erfahren sie vom Tod einer Anhängerin der Companion-Kirche: Sie starb an einer Abwehrreaktion auf eine Taelon-Substanz, die in der Kirche regelmäßig dem Essen beigemischt wird. Auf dem Körper der Toten hatte sich eine kristalline Substanz gebildet, die menschliche Komponenten enthielt. Am nächsten Tag sind auch Liam und Renee verschwunden. Während Augur sich auf die Suche macht, erwachen sie auf einer künstlich angelegten, unterirdischen Plantage. Wie die anderen Gemeindemitglieder, unter denen sie auch Gina und Devon entdecken, müssen Liam und Renee auf den Feldern arbeiten, wo eine bizarre außerirdische Pflanze gezüchtet wird. Augur findet heraus, dass die Kirche in Norton, Maryland, Land aufgekauft hat und entdeckt die unterirdischen Felder. Abends bricht Renee unter Schmerzen zusammen. Liam muss mit ansehen, wie "Freiwillige" sie am Boden festhalten und aus ihrem Körper Kryss "ernten" - eine Substanz, die die Taelons zum Überleben auf der Erde benötigen. Entsetzt wird Liam klar, dass Menschen nach Genuss der Taelon-Pflanze als "Felder" für diese Substanz dienen. Als er Sandoval auf der Plantage entdeckt, überwältigt Liam mit Augurs Hilfe einen "Freiwilligen" und setzt die Felder in Brand.

Unter mysteriösen Umständen kommt nachts der Bankangestellte Carson Briggs ums Leben. Gleichzeitig sieht der schlafende Liam im Traum, wie Briggs von einer bläulich schimmernden Erscheinung gejagt und getötet wird. Mit Liams Hilfe findet die Polizei am nächsten Tag Briggs' Ring, dessen Motiv dem Logo der Bank nachempfunden ist, aber auch als alte Taelon-Hieroglyphe für "Unreinheit" gelesen werden kann. Kurz nachdem Zo'or Sandoval anweist, die Untersuchung schnell abzuschließen, hat er ebenfalls eine Begegnung mit der mysteriösen Erscheinung. Auch Liam sieht das blaue Licht, als er sich in Briggs' Haus umsieht. Dann nimmt die Erscheinung die Form des toten Taelons Ku'don an. Er bringt mühsam das Wort "Exil" hervor und verschwindet dann wieder. Von Da'an erfährt Liam Einzelheiten über das spirituelle Leben der Taelons nach dem Tod. Dazu gehört, dass ein Taelon, der seinen Geist mit Geld "verunreinigt" hat, für immer aus der Gemeinschaft ausgeschlossen wird. Kurz darauf erfährt Da'an von Zo'ors blasphemischer Geldgier. Ku'don war als Buchhalter an den geheimen Geschäften Zo'ors beteiligt. Nun kann sein Geist nicht ruhen. Erneut greift er Zo'or an.

In der Taelonallee 1 kommt es beim Test des Prototypen eines neuen Interdimensionsshuttles zu einem Unfall: Während der wissenschaftliche Leiter George Sato ungerührt zusieht, explodiert das Shuttle, der Pilot stirbt. Kurz darauf kommt auch Sato im Gebäude unter mysteriösen Umständen ums Leben. Besorgt um seinen Sohn Joshua, bittet Jonathan Doors Liam herauszufinden, was in der Taelonallee vor sich geht. Zur selben Zeit versucht Joshua, Renee Palmer bei seinem Vater abzuwerben und zur Mitarbeit in der Taelonallee zu bewegen. Während der Untersuchung mehren sich die Hinweise, dass das Kontrollsystem des Gebäudes, eine Form künstlicher Intelligenz, außer Kontrolle geraten ist. Das von den Taelons angelegte System, das den menschlichen Willen beeinflussen kann, scheint sein Programm eigenständig zu überschreiben und eigene Absichten zu verfolgen. Auch Renee gerät unter den Einfluss der elektrochemischen Signale, die das System im Gebäude aussendet. Sie akzeptiert das Angebot Joshuas. Als Jonathan Doors das Gebäude betritt, um seinen Sohn zu treffen, wird er vom Kontrollsystem als Bedrohung eingeordnet. Unter Einfluss der künstlichen Intelligenz richtet Joshua Doors eine Waffe auf seinen eigenen Vater.

In einem geheimen Forschungsdeck des Taelon-Mutterschiffs begeht die Chaosforscherin und Quanten-Mathematikerin Dr. Andrea Mazar ein Attentat auf Da'an und entkommt mit Hilfe der Freiwilligen Joan Price. Während der verwundete Da'an im medizinischen Labor von Mit'gai versorgt wird, macht sich Liam auf die Suche nach Dr. Mazar. Von Joan Price erfährt er, dass Dr. Mazar eine Waise ist und ihr Mann bei einer Operation der Widerstandsbewegung getötet wurde. Mit Augurs Hilfe aber entdeckt Liam Dr. Mazars wahre Identität: Sie ist Emma King, die Frau des erfolgreichen Geschäftsmannes Philip King. Emma King wird seit ihrer Entführung, bei der Sandoval seine Finger im Spiel hatte, für tot gehalten. Renee vermutet, dass Emma von den Taelons falsche Erinnerungen implantiert wurden. Liam kann Dr. Mazar in Chicago aufspüren - kurz bevor auch Sandoval dort eintrifft. Liam verhilft ihr zur Flucht und sorgt mit Augur dafür, dass Dr. Mazar ihre Arbeit fortführen kann: die Übersetzung alter Taelon-Symbole und sumerischer Hieroglyphen - die Aufzeichnungen von Ma'el. Nachdem er sie ein weiteres Mal vor Sandoval retten kann, sagt Liam Emma schließlich, wer sie wirklich ist. Fieberhaft setzt Emma ihre Arbeit fort: Ma'els Aufzeichnungen müssen sofort - und zwar von einem Menschen und einem Taelon - gelesen werden, da sie bereits stark verwittert sind. Liam gibt vor, er habe Dr. Mazar gefunden und eliminiert und trifft sich mit Zo'or. Gemeinsam entziffern sie den alten Code, der überraschende Informationen über die genetische Manipulation der Menschheit enthält: Die Menschen sind das fehlende Evolutions-Glied zwischen den Taelons und den Jaridians; ohne sie würden beide Rassen aussterben...

Nach der Notlandung eines Taelon-Shuttles in der freien Republik Rostok werden an Bord zwei Leichen gefunden, zwei Überlebende entkommen. Kurz darauf erhalten Da'an und Liam von Mikael Federov, dem Präsidenten von Rostok, die Einladung zu einer privaten Auktion, auf der das Shuttle, die toten Außerirdischen und eine Waffe versteigert werden sollen. Während Liam und Renee die Gegenstände genauer unter die Lupe nehmen, verhandelt Sandoval auf Zo'ors Befehl direkt mit Federov. Liam entdeckt bei Federov etwas, das nicht zu der Auktion gegeben wurde: einen Jaridian in einem Eisblock. Er, Renee und Augur finden außerdem heraus, dass es sich bei dem Shuttle um das von Lili Marquette handelt. Es wurde von Taelons abgeschossen. Sandoval bietet Federov zwei Milliarden extra, wenn er die Flüchtigen aus dem Shuttle lebend überstellt. Währenddessen versteckt sich der verwundete Jaridian Vorjak mit der schwangeren Lili Marquette in einer Höhle. Zunächst entkommen sie Federovs Männern, dann aber werden sie gefangen und Sandoval übergeben. Vorjak bestätigt Lilis Schwangerschaft: Sie ist die einzige Hoffnung der Jaridians, ihre Rasse vor dem Aussterben zu bewahren. Aber Lili, die sich bereits im Stadium der Metamorphose in eine Jaridian befindet, benötigt auch die Energie der Tealons, um mit ihrem Baby zu überleben. Da'an wird zu ihr gebracht.

Mithilfe Da'ans bringt Lili Marquette auf einem Frachter in der Karibik die kleine Ariel zur Welt, Tochter des Jaridians Vorjak. Da'ans Energie wird während der Geburt verbraucht, sein Körper kristallisiert vollständig. Als das Baby hohes Fieber bekommt, zerschlägt sich Vorjaks Hoffnung, mit einem Mensch-Jaridian-Hybriden seine aussterbende Rasse zu retten. Die kleine Ariel kann nur Taelon-Energie helfen, aber Vorjak weigert sich, sie in ein Krankenhaus zu bringen: Die Taelons würden das Mädchen töten, wenn sie von seiner Existenz erführen. Renee und Liam müssen hilflos mit ansehen, wie Vorjak mit seiner Familie durch ein Portal flieht. Augur sucht auf der Flucht vor den Freiwilligen Hilfe bei seiner alten Freundin J Street. Sie besorgt ihm einen falschen Pass und ein One Way-Ticket nach Singapur und erklärt sich bereit, Liam und Renee in Zukunft zu unterstützen. Zo'or stellt unterdessen Sandoval, der heimlich mit den Jaridians kooperiert, ein Ultimatum: Tötet nicht innerhalb von fünf Tagen Vorjak, stirbt er selbst. Offiziell vom Dienst suspendiert, nimmt Sandoval mit Undercover-Agent Frank Tate die Spur von Lili und Vorjak auf und zerstört gleichzeitig alle Beweise für die Existenz des Jaridians. Nachdem Vorjak in einem Krankenhaus Taelon-Plasma gestohlen hat, können Liam und Renee ihn und Lili aufspüren. Die Familie will an Bord eines Taelon-Shuttles, das Sandoval bereitgestellt hat, von der Erde fliehen. Aber Liam befürchtet eine Falle. Tatsächlich hat Sandoval an Bord eine Bombe versteckt...

Auf einer Party wird Senator Edward Gale von seiner eigenen Tochter Eva angeschossen. Sie hasst ihren Vater, weil er mit den Taelons kooperiert und Informationen an die Freiwilligen weitergibt. Bei der Untersuchung im Krankenhaus wird in Evas Blut Kryss gefunden, eine drogenähnliche Substanz, die Taelons in geringen Mengen einnehmen, um sich der Erdatmosphäre anpassen zu können. Liam deutet den Befund als Hinweis darauf, dass die Kryss-Fabrik - in der Menschen versklavt wurden, bevor die Droge synthetisch hergestellt werden konnte - immer noch arbeitet. Eva, die sich zunächst an nichts erinnern kann, ist schließlich in der Lage, eine Zeichnung anzufertigen, die den Ort zeigt, zu dem sie von Freiwilligen entführt wurde: die Freedom-Raumstation, die Senator Gale zu einem Spottpreis an den russischen Geschäftsmann Mikael Federov verkauft hat. Betreibt Federov eine Kryss-Fabrik im All? Renee dringt als Freiwillige getarnt in die Raumstation ein. Dort entdeckt sie ein Kryss-Labor und einen Taelon, der offenbar Kryss-abhängig ist und die Droge mit Gold bezahlt: Da'an. Als Liam ihn zur Rede stellt, bricht Da'an plötzlich zusammen: eine Überdosis Kryss.

In Renees streng gesichertes Appartement wurde eingebrochen. Sie vermutet einen Zusammenhang zu einem Projekt, das sie für das Weiße Haus betreut: Im Auftrag von Hubble Urick soll sie einflussreiche Geschäftsmänner dazu bringen, die Atlantic National Alliance (ANA) zu unterstützen, einen weltweiten Zusammenschluss, der sich gegen die Kontrollierung der Erde durch die Taelons richtet. Hierfür will Renee auch Dr. Raymond Fuchs gewinnen, den Chef von DonorMed, einer Einrichtung, die sich auf genetische Biomedizin spezialisiert hat. Über seine Finanzchefin Claire Yates soll ein Treffen vereinbart werden. Claire ist zufällig eine frühere Kommilitonin von Renee. Renees Sicherheitssystem wurde mit ihrer eigenen DNA geknackt. Da Renee vor kurzem zu einer Untersuchung in einem Gesundheitszentrum war, in dem es auch eine DonorMed-Klinik gibt, fällt Liams Verdacht auf Dr. Fuchs und Claire. Tatsächlich kopiert Claire heimlich Dateien aus Renees Computer und gibt sie an Zo'or. Offenbar macht Fuchs Geschäfte mit den Taelons, die im Gegenzug seine genetischen Forschungen unterstützen. Fuchs ist es bereits gelungen, sich selbst zu klonen: Stephen ist seine perfekte Kopie - und Claires Liebhaber.

Ein Kanister mit Taelon-Kernenergie, den Sandoval zum Mutterschiff zurückbringen sollte, wird nach der Explosion in einem Kraftwerk von Doors International gestohlen. Wütend feuert Zo'or einen Laser in den Pazifik ab und zerstört Sandovals Heimatort, die Caya Inseln, mit einer Flutwelle. Er droht, noch mehr Blut zu vergießen, bis der Kanister - und damit das Lebenselixier der Taelons - gefunden ist. Während einer Feier zu Ehren des Taelon-Kriegsministers T'than haben Liam und Dr. Dupree Gelegenheit, T'thans Kernenergie zu messen. Ihr Verdacht bestätigt sich: Sein Energie-Level ist so niedrig, dass er vermutlich bald sterben wird. Zum Diebstahl des Kanisters bekennt sich Jonathan Doors - der zwar tot ist, offenbar aber Spuren im Computersystem von Doors International hinterlassen hat und nun als Cyber-Persönlichkeit Einfluss auf seinen Sohn Joshua nimmt. Die Energie-Krise der Taelons fordert ein erstes Opfer: Zo'or tötet T'than. Renee nimmt am Computer Kontakt zu "Jonathan" auf und warnt ihn: Die Taelons werden sich mit Sicherheit an seinem Sohn rächen. "Jonathan" sendet daraufhin eine Botschaft: Er will den Kanister zurücksenden - wenn die Taelons ihre Verbrechen gegen die Menschheit zugeben und das Sonnensystem verlassen. Während Zo'or Sandoval den Auftrag gibt, Joshua zu töten, erklärt dieser sich bereit, dem Widerstand dabei zu helfen, "Jonathan" zu eliminieren.

Während Augur in ein Hochsicherheitsgefängnis transportiert wird, gelingt seinem Mitgefangengen Declan Conners die Flucht. Kurz darauf gibt er sich bei Zo'or als Schweizer Bankier Gustav Drexler aus und bietet ihm an, sein großes Gold-Vermögen zu verwalten. Liam und Renee suchen unterdessen nach Beweisen dafür, dass hohe Staatsbeamte ihre Macht zur Verletzung von Bürgerrechten und ungerechtfertigten Inhaftierungen missbrauchen. Sie erfahren tatsächlich von der Existenz einer von der Regierung betriebenen Einsatzgruppe und ihrer Opfer. Eines der Mitglieder ist die Staatsanwältin Heather North, die vor fünf Jahren den Fall gegen Augur verhandelt hat. Als Liam und Renee den Hauptsitz der Gruppe aufsuchen, wird Liam dort eingesperrt und unter Drogen gesetzt. Stunden später lässt man ihn wieder frei - auf Betreiben von Sandoval, der sich mit Heather wegen Zo'ors unmoralischen Bankgeschäfts trifft. Liam stößt auf eine Spur zu Augur und versucht, als Wärter getarnt, ihn zu befreien. Aber Conners kommt ihm zuvor: Er braucht Augurs Hilfe, um Zo'ors Gold vom Taelon-Mutterschiff zu stehlen.

Die Atlantic National Alliance hat eine Amnestie für alle Mitglieder des Widerstands ausgehandelt. Obwohl Liam skeptisch ist, überreden er und Renee die Widerständlerin Hayley Simmons, das Angebot anzunehmen. Auch Justin Kalen, der Sicherheitschef der ANA, zweifelt an den friedlichen Absichten der Taelons und setzt Sandoval mit seinem Wissen über dessen geheime Konten unter Druck. Aber Sandoval hat seine eigenen Pläne. Am Tag der Amnestie kommt es zur Katastrophe. Eine Gruppe von Freiwilligen taucht auf und eröffnet ohne Rücksicht auf ihr eigenes Leben das Feuer. Viele Freiwillige, Widerständler und Zivilisten sterben, Hayley wird schwer verletzt in ein Krankenhaus gebracht. Dort kann Liam gerade noch verhindern, dass eine Freiwilliger sie tötet. Der Attentäter im Krankenhaus war von einem Parasiten befallen, der seinen Wirt willen- und angstlos macht, bevor er ihn tötet. Die Spur des Parasiten führt Liam in ein geheimes Militärlabor, wo ein Wissenschaftler im Auftrag von Zo'or den längst ausgestorben geglaubten Parasiten zu einer tödlichen Waffe entwickelt hat.

Auf der Erde bricht Chaos aus: Weil eine riesige Flotte feindlicher Jaridianer Kurs auf die Erde nimmt, verlassen die Taelons den blauen Planeten. Sandoval entdeckt, dass die Schiffe der Jaridianer möglicherweise gar nicht wirklich existieren.

Weil Zo'or in den Genuss menschlicher Gefühle kommen will, lässt er Richard Emotionen abzapfen, um sie sich selbst zu injizieren. Über Richards anschließende Gefühlskälte gegenüber seiner Schwester beklagt sich Renee bei Liam. Der findet heraus, dass Sandoval seine Finger im Spiel hat.

Liam und Renee sind auf dem Mutterschiff, als es zu einem Zwischenfall kommt. Das Schiff gerät außer Kontrolle, Renee wird bei dem Irrflug lebensgefährlich verletzt. Nachdem Zo'or die Kontrolle zurückerlangt hat, verschwindet Renee plötzlich aus dem Lazarett. Sie wurde scheinbar von dem Schiff selbst ins Innere gezogen. Die Beschützer der Companions nehmen an, dass sich ein Saboteur an Bord befindet. Lieutenant Roberts verdächtigt Liam, der die Anschuldigung zurückweist. Mit Da'ans Hilfe sucht er im Inneren des Schiffs nach Renee. Und trifft dabei auf Jack Malley, der früher zu den Beschützern gehörte und vom Mutterschiff gerettet wurde. Malley hat eine enge Beziehung zum Mutterschiff aufgebaut, mit dessen Hilfe er die inneren Blutungen von Renee stoppen kann. Jack führt Renee ins Innere des Schiffs, wo die noch ungeborenen Taelon-Embryos lagern. "Mutter" verhindert die Geburt, solange Zo'or sein Unwesen treibt. Malley will Zo'or töten, aber der weiß sich mit Sandovals Hilfe zu wehren.

Liam Kincaid möchte die Unschuld eines Mordverdächtigen beweisen. Schon bald entdeckt er, dass ein Massenmörder sein Unwesen treibt. Als auch Sandoval eines Mordes verdächtigt wird, erhält Liam einen entscheidenden Hinweis für die Lösung des Rätsels.

Liam untersucht gemeinsam mit Renee den rätselhaften Tod des Sicherheits- Officers Bob Brody. Mögliche Ursache könnte eine Fehlfunktion dessen CVI gewesen sein. Der Verstorbene war in einer Klinik für unfruchtbare Paare tätig. Liam und Renee stoßen dort auf Ungereimtheiten.

Da'an geht auf seine "letzte Reise": Auf der ausrangierten Raumstation "Freedon" will er mit Hilfe von Balvak die gemeinsame Ursprungsrasse der Taelons und Jardinians wiederherstellen. So soll endlich wieder Frieden zwischen den Feinden herrschen.

Eine mysteriöse dunkle Materie kollidiert mit dem Mutterschiff. Alle Taelons an Bord erstarren bei diesem Unfall. Damit sieht Sandoval für sich die Gelegenheit gekommen, sich endlich an den Taelons rächen zu können. Liam und Renee dagegen wollen Da'an wieder als Führer einsetzen.

Ein Artefakt, das das Geheimnis der synthetischen Kernenergie in sich birgt, wird vom Mutterschiff gestohlen. Zo'or droht daraufhin, die Erde unter Beschuss zu nehmen, falls dieses Artefakt nicht augenblicklich zurückgegeben wird.

Die Taelons haben Street eine Sonde implantiert, um über alle ihre Pläne informiert zu sein. Das Opfer des Lauschangriffs wendet sich hilfesuchend an Liam. Der empfiehlt sie aber an Da'an weiter. Doch Street unternimmt eine kopflose Flucht.

Sandovals CVI muss ausgetauscht werden, weil sein Körper das Taelon-Implantat abstößt. Kurz nach der Prozedur erhält Sandoval ein Video von Mark Rusk, der Sandovals tot geglaubte Frau Dee Dee als Geisel genommen hat. Für ihre Freilassung fordert Rusk streng geheime Protokolle über den Tiefschlaf der Taelons. Sandoval will die Protokolle besorgen, um das Leben seiner Frau zu retten. Er weiß nicht, dass sie in Wirklichkeit mit Rusk unter einer Decke steckt. Heather North erzählt Liam von einem geheimen Regierungsstützpunkt, auf dem drei Astronauten aus der Zukunft versteckt werden. Sie könnten wichtige Informationen über die Zukunft der Menschheit und der Taelons haben, befinden sich aber seit 30 Jahren im Tiefschlaf. Liam und Renee brechen in den Stützpunkt ein und finden tatsächlich Informationen über ein geheimes Weltraumprogramm. Liam will unbedingt mit der Crew des Raumschiffs sprechen, braucht dafür aber die geheimen Protokolle der Taelons, um sie aufzuwecken. Hinter denen ist auch Sandoval her.

Überraschend will Sandoval gegen die Taelons vor der Atlantischen Allianz aussagen. Alles was er verlangt, ist Straffreiheit. Doch Renee und Liam trauen dem Frieden nicht. Und tatsächlich hat der geldgierige Verbrecher seinen Seitenwechsel nur vorgegaukelt.

Renee ist hin- und hergerissen, als sie erfährt, dass ihr Liebhaber Jeff Marlowe verhaftet wurde. Er hatte sich im Taelon-Mutterschiff in einen verbotenen Bereich hineingewagt. Als Liam und sie mehr über Jeffs Motive erfahren, entschließen sie sich zu einer Befreiungsaktion.

Renee und Liam arbeiten an der Auf- klärung einer geheimnisvollen Mordserie: Alle sechs Opfer waren Mitglieder eines Gesundheitsforschungsprojekt, bei dem menschliche Erkrankungen mit Taelon- Energie kuriert werden sollten. Ganz oben auf der Liste der Tatverdächtigen steht Zo'or.

Bei einer Versammlung auf dem Mutter- schiff verkündet Zo'or, dass alle Anwe- senden in kurzer Zeit in eine Todes- starre verfallen würden. Diesen Zustand könnten sie nur wieder verlassen, wenn es den Menschen gelingt, das Geheimnis der Taelon-Energie zu lüften. Liam und Renee verlassen sich nicht darauf.

Aufgrund einer Attacke der Jaridianer wurden mehrere menschliche Taelon- Beschützer in Mörder verwandelt. Zo'or, verlangt deren Auslieferung innerhalb von 24 Stunden, andernfalls eröffnen die Taleons das Feuer auf die Erde. Liam versucht die Katastrophe abzuwenden.

Das Schicksal der Taelons ist besiegelt, als Liam und Renee auf das Geheimnis der Taelon-Energie stoßen. Verzweifelt ver- suchen die noch lebenden Außerirdischen an die letzten Reserven heran zu kommen. Unterdessen löst Street ein Rätsel: Der Zugang zur achten Dimension scheint erreicht.