In Boston landet ein Flugzeug aus Hamburg - alle Insassen sind tot. Die FBI-Agentin Olivia Dunham und ihr Partner John Scott fahren zum Flughafen. Dort werden sie vom Einsatzleiter Special Agent Broyles erwartet. Eine erste Untersuchung gibt keinerlei Hinweise darauf, was geschehen sein könnte. Die Körper der Toten sind nahezu aufgelöst und schrecklich entstellt. Erste Ermittlungen führen die beiden zu einer Lagerhalle, in der die beiden ein geheimes Chemielabor finden ...

Vor Jahren hat Walter mit seinem Kollegen Penrose für die Regierung ein Verfahren entwickelt, mit dem man im Schnellverfahren Soldaten 'züchten' kann. Dieses Verfahren muss Penrose jetzt in die Praxis umgesetzt haben, denn ein Mann namens Christopher treibt sein Unwesen in der Stadt und überfällt junge Frauen, um ihnen ein lebenswichtiges Hormon zu entlocken, welches ihn jung hält. Als sich die Todesopfer mehren, liegt es an Olivia und ihrem Team den Fall aufzuklären ...

Roy McComb, ein einfacher Büroangestellter, hat Visionen von Katastrophen bevor sie geschehen. Das Team um Dr. Bishop findet heraus, dass Roy als Jugendlicher bei einem Experiment von Walter mitgemacht hat, bei dem ihm Metallverbindungen injiziert wurden, die nun 'hellseherische' Fähigkeiten in ihm hervorrufen. Nun liegt es an Olivia und Charlie einen Attentäter festzunehmen, bei dessen Anschlag eine DEA-Agentin ums Leben gekommen ist ...

Als ein Metallzylinder eine rätselhafte Explosion hervorruft, wird Olivia von Broyles auf diesen Fall angesetzt. Der kahlköpfige Mann, der immer dann auftaucht, wenn es Vorfälle im Zusammenhang mit 'dem Schema' gibt, gibt Walter unbewusst den Auftrag den Zylinder zu begraben. Ein zweiter Mann, ein Finsterling, entführt daraufhin Peter, der ihm den Aufenthaltsort des Zylinders verraten soll ... Nur Walter allein kann die ganze Sache aufklären - doch was steckt hinter dem Zylinder?

Joseph, der elektrische Geräte lahmlegen kann, ohne es zu wissen, war Verursacher eines Fahrstuhlabsturzes, bei dem alle Insassen ums Leben kamen - nur er nicht. Vor vielen Jahren hat Walter Versuche mit der Elektrifizierung von Menschen gemacht. Ein gewisser Dr. Fischer hat sich nun der Aufzeichnungen angenommen und weiterentwickelt ... Der verstorbene John erscheint Olivia immer häufiger und unterstützt sie bei der Aufklärung des Falles im Zusammenhang mit 'dem Schema'.

Kurz nachdem die junge Emily in einem Diner auftaucht, sind sie und alle Anwesenden tot. Walter untersucht die Leiche und entdeckt, dass die Frau unter einer Krankheit litt, die jedoch abzuklingen schien. Eine weitere Kranke, die kürzlich entführt wurde, und Emily haben sich scheinbar eigenmächtig auf die Suche nach einem Heilmittel gemacht - mit einem gefährlichen Ausgang ...

Agent Loeb, ein Freund von Broyles, wird bei einem Einsatz von einem merkwürdigen Parasiten befallen. Broyles und Loebs Frau Samantha sind fieberhaft bemüht, ihm zu helfen. Walters Wissen reicht jedoch nicht aus, um den Mann zu retten. Daraufhin reist Olivia nach Deutschland, wo der Brite David Jones einsitzt. Nur er kann ihr sagen, wie der Parasit zu beseitigen ist. Doch als Gegenleistung verlangt er, mit seinem Komplizen Joseph Smith zu sprechen - der ist allerdings tot.

Das kleine Musikgenie Ben wird von einer Frau entführt, die angeblich vor Jahren bei einem Unfall ums Leben gekommen sein soll. Unter dem Druck seiner Entführerin soll Ben eine Komposition vollenden, die einer Gleichung von Walters Freund Dashiell entspricht. Dashiell war ebenfalls Opfer der Entführerin und sitzt seit seiner Rückkehr in der Nervenklinik. Walter versucht nun, durch ihn an den Aufenthaltsort von Ben zu kommen und das Rätsel um die Gleichung zu lösen.

Ein Angestellter von Massive Dynamic, Mark Young, springt nach einer Sitzung aus dem Fenster. Er hat am ganzen Körper Wunden, die aus dem Innern zu kommen scheinen. Young hat sich kurz vor seinem Tod eingebildet, dass ihn ein Schmetterlingsschwarm angreift. Walter geht dem Todesfall auf den Grund ... Olivia hingegen hat immer öfter Visionen von John Scott und versucht diese Erinnerungsfetzen loszuwerden.

Einigen Verbrechern gelingt es, mittels neuester Technik in Banken einzubrechen, um Schließfächer zu stehlen. Walter fällt nach langem Nachdenken auf, dass es sich bei den Einzelteilen der Schließfächer um Komponenten einer Zeitmaschine handelt, die er vor Jahren verschlossen hat. Loeb und seine Komplizen versuchen dadurch, Mr. Jones aus der Haft in Deutschland zurückzuholen ... Broyles der misstrauisch wird, will von Nina wissen, ob Massive Dynamic hinter der Sache steckt.

Olivia wurde auf Geheiß von David Robert Jones entführt und wacht in einem Lagerhaus wieder auf. Mit einer List kann sie ihren Entführern entkommen, nimmt aber vorher noch einige Phiolen mit einer geheimnisvollen Flüssigkeit mit. Als zwei Epidemiologen an Erstickung sterben und dabei ein glitschiges Wesen aus ihrem Mund kriecht, wird Walter gerufen, um dem Fall auf den Grund zu gehen. Was hat die Chemikalie aus dem Lagerhaus mit dem riesigen Schnupfenvirus zu tun?

Greg, ein ganz normaler Teenager, stirbt vor seinem Computer - sein Hirn hat sich verflüssigt. Als kurz darauf ein zweites Opfer gefunden wird, fragt Olivia bei Gregs bestem Freund Luke nach, ob dieser weiß, wie das passieren konnte. Das nächste Opfer ist Lukes Stiefvater, und allmählich wird ein Muster erkennbar. Wer steckt hinter den Morden, und was hat Luke damit zu tun? Unterdessen bekommt Walter einen Brief, der bei Peter schwere Gewissensbisse hervorruft.

Während eines Fluges mutiert einer der Passagiere zum Werwolf und greift Menschen an Bord an - das Flugzeug stürzt ab. Ein Fall für Olivia und ihr Team. Bei dem Mutierten handelt es sich um Marshall Bowman, einen Freund von Daniel Hicks und John Scott. Haben die drei einer Bio-Terror-Gruppe angehört und wurden deshalb mit einem Virus infiziert? Olivia steigt erneut in den Tank, um mit John zu sprechen und die Wahrheit herauszufinden.

Als Fälle auftreten, bei denen Menschen sämtliche Körperöffnungen zuwachsen und diese sterben, vermutet Olivia, dass Jones hinter der Sache steckt. Jones will sich Olivia stellen - wenn sie auf seinen Deal eingeht. Sie soll durch die Kraft der Gedanken ein Schaltbrett mit brennenden Lämpchen ausschalten. Wird Olivia das tatsächlich schaffen? Indes findet Peter ein Manuskript mit dem Titel 'Zerstörung durch Fortschritte in der Technik' - der Verfasser ist sein eigener Vater.

Bauarbeiter finden unter der Erde einen blassen Jungen, der dort jahrelang gelebt haben muss. Olivia stellt bald fest, dass sie eine starke Verbindung zu dem Kind hat. Der Junge gibt ihr ohne Worte Informationen, die ihr helfen, einen schwierigen Fall zu lösen, doch da taucht ein CIA-Agent auf, der Anspruch auf den Jungen erhebt. Wird es Broyles und Olivia gelingen, den Jungen vor dem CIA und deren wissenschaftlichen Versuchen zu retten?

Eine Gruppe Studenten befreit Versuchstiere aus einem Labor, nichtsahnend, dass sich darunter ein Monster befindet. Als Charlie angegriffen wird, legt das Monster Eier in dessen Körper, wo sie zu Larven heranwachsen und ihn umzubringen drohen. Da Walter selbst vor Jahren Forschungen über ein solches Wesen verfolgt hat, fühlt er sich nun verantwortlich und möchte das Ungeheuer mit seiner eigenen Brut anlocken, um es dann zu töten ...

Olivia wird von Albträumen geplagt, in denen sie Menschen umbringt. Sie hat das Gefühl, an den Tatorten gewesen zu sein, doch schon bald stellt sie fest, dass sie eine merkwürdige Verbindung zu dem jungen Mann hat, der die Morde verursacht hat. Nick Lane schafft es, mit seinen Emotionen Menschen anzustecken, und da er unter Selbstmordgedanken leidet, stürzen sich die Menschen in seiner Umgebung in den Tod. Olivia geht dem Fall auf den Grund ...

In der Bostoner Clubszene tauchen immer mehr verstümmelte Leichen mit abgeflossener Rückenmarksflüssigkeit auf. Die Ermittlungen führen Olivia schnell zu einem Wissenschaftler, der in Verbindung mit bioterroristischen Zellen gebracht werden kann. Walter hingegen versucht ein Gegenmittel zu finden, doch er wird enttäuscht, als Teile seiner Vergangenheit aufgedeckt werden.

Als eine junge Frau auf offener Straße verbrennt, werden Olivia und ihr Team zum Tatort gerufen. Schon bald sieht Olivia Dinge, die nicht da sind. Walter erklärt ihr, dass diese Visionen von ihren Reisen zu Scott stammen. Kurze Zeit später macht sie jedoch eine schreckliche Entdeckung: Bereits als Kind hatte sie mit Walter und dessen Partner William Bell zu tun.

Als Nina Sharp überfallen und in die Notaufnahme eingeliefert wird, liegt es an Broyles Team herauszufinden, wer hinter dem Anschlag steckt. Es stellt sich heraus, dass der Bioterrorist David Robert Jones gemeinsame Sache mit William Bell macht. Walter verschwindet auf mysteriöse Weise - als er wieder auftaucht, macht er seinem Sohn ein überraschendes Geständnis.

Olivia muss ins Krankenhaus gebracht werden, da sie bei der Rückkehr aus der anderen Realität schwer verletzt wurde. Bald stellt sich heraus, dass ein Gestaltenwandler hinter ihr her ist, der sie befragen und anschließend töten soll. Wenig später bekommt die Fringe Division Verstärkung von der FBI-Agentin Amy Jessup, die sich um Olivias Sicherheit kümmert. Indessen reist Broyles nach Washington D.C., um eine Stilllegung der Fringe Division zu verhindern.

Nach Olivias Unfall, bei dem sie eine Stunde aus ihrem Auto verschwunden war, um dann plötzlich durch die Windschutzscheibe zu fliegen, versucht Peter, ähnliche Fälle plötzlichen Verschwindens zu finden. Er stößt auf sechs Vermisste in Pennsylvania. Relativ schnell fällt der Verdacht auf Andre Hughes, der vor 17 Jahren bei der Geburt seines Sohnes seine Frau und das Baby verloren hat. Walter findet heraus, dass Hughes das Kind im Mutterleib in einen Mutanten verwandelt hat ...

Ein Mensch explodiert in einer U-Bahn-Station; es finden sich jedoch keine Sprengstoffspuren. Walter stellt fest, dass ein Serum für die Veränderungen im Körper verantwortlich ist, nur was die Explosion auslöst, bleibt unklar. Die Spur führt in den Irak zu einem Geheimprojekt mit dem Namen 'Tin Man', an dem noch andere Soldaten beteiligt waren, die also auch potenzielle Bomben wären. Schließlich fällt der Verdacht auf einen untergetauchten Colonel ...

In verschiedene kryotechnische Firmen wird eingebrochen; dabei werden sämtliche dort gelagerten Köpfe gestohlen. Es scheinen die Gestaltwandler - und somit auch Charlie - dahinter zu stecken, die offensichtlich auf der Suche nach einem bestimmten Kopf sind. Walter und Peter versuchen, die Gestaltwandler unter den Menschen sichtbar zu machen. Dafür reaktivieren sie Rebecca, die Walter vor Jahren, unter verschiedene psychoaktive Drogen gesetzt, schon ein Mal geholfen hat ...

Sam Weiss spürt, dass Olivia Charlies Tod sehr nahe geht. Er gibt ihr ein neues Projekt, um ihrem Leben wieder Halt zu geben. Sie soll von allen Menschen, die etwas Rotes tragen, Visitenkarten sammeln. Wenig später erschüttert eine Reihe mysteriöser Morde Seattle. Es stellt sich heraus, dass die Mörder, die selbst kurz nach den Morden starben, unter Schlafstörungen litten und in Behandlung bei Dr. Nayak waren, der ihnen einen Biochip ins Gehirn gesetzt hat.

Ein alter Fall, der Broyles bereits vor vier Jahren beschäftigt hat, wird wieder brisant, als ein Mann gefunden wird, der sich zu Staub verwandelt hat, nachdem ein geheimnisvoller Schatten durch ihn hindurchgegangen ist. Walter stellt fest, dass ein Organismus dahinter steckt, der sich von der radioaktiven Strahlung ernährt, die von Menschen ausgeht. Broyles nimmt Kontakt zu dem Mann auf, der schon vor vier Jahren verzweifelt um Hilfe gebeten hatte ...

Der Sohn eines hochrangigen Massive Dynamic-Mitarbeiters wird entführt. Bei der Flucht sterben mehrere Polizisten auf merkwürdige Weise, nämlich durch die Waffe einer Kollegin, die sich auch selbst erschießt. Es scheint, als habe es die Fringe-Abteilung mit einer Art Bewusstseinskontrolle zu tun. Bei der Übergabe der geforderten 2 Millionen Dollar kommt schließlich heraus, dass der eigentliche Entführer der 15-jährige Tyler selbst ist, der jetzt Peter in seiner Gewalt hat ...

Christine Hollis wird, kurz bevor sie nach Rom fliegen will, von einem der glatzköpfigen Beobachter entführt. Olivia und ihr Team sichten Bilder einer Überwachungskamera und vermuten, es handle sich um den schon bekannten September, den Beobachter, der seinerzeit Walter und Peter vor dem sicheren Tod gerettet hat. Doch sie werden eines Besseren belehrt. Der Entführer von Christine ist ein Beobachter namens August. Er beobachtet die Frau schon seit ihrer Kindheit ...

Ein Schiff läuft vor Boston auf Grund. An Bord sind Chinesen, die auf schreckliche Art gestorben sind: Ein parasitärer Wurm hat in ihnen gelebt und sich den Weg ins Freie gebahnt. Wie sich herausstellt, wird die Lymphdrüse des Wurms als Wundermittel eines verrückten chinesischen Arztes gegen jedwede Immunschwäche verwendet. Das Fringe-Team findet über einen dieser Patienten die Hinterleute, eine chinesische Menschenschmugglerbande ...

Drei Patienten aus verschiedenen Nervenkliniken, die an Zwangsvorstellungen gelitten haben, sind nach dem Besuch von zwei geheimnisvollen Männern plötzlich wieder gesund. Die Männer haben, ohne dass sie es gemerkt haben oder sich daran erinnern würden, Gewebe aus deren Gehirn entfernt. Wie sich herausstellt, war es Fremdgewebe und hat bei den Patienten die Wahnvorstellungen ausgelöst. Peter und Olivia stellen fest, dass das Hirngewebe von Walter stammt ...

Kurz nachdem die lebenserhaltenden Maschinen abgeschaltet worden sind, schlägt die 17-jährige Lisa plötzlich die Augen auf und schreit Abschusscodes für Raketen heraus. Dann spricht sie Russisch. Walter vermutet, dass das Mädchen von einem Geist besessen ist. Der Navy-Bootsmann Andrew Rusk ist kürzlich durch einen Kopfschuss ums Leben gekommen und Lisa wiederholt ständig den Kosenamen, den er seiner Frau gegeben hat ...

Ein State Trooper greift außerhalb der Kleinstadt Edina einen kleinen Jungen auf, der sich plötzlich in ein entstelltes Monstrum verwandelt. Auf dem Revier schreibt der Polizist einen Bericht und fügt ein Foto des Jungen hinzu, als mehrere Männer mit ähnlichen Missbildungen am Kopf hereinstürmen, die Polizisten erschießen und den Jungen mitnehmen. Zunächst stehen Olivia und ihr Team vor einem Rätsel ...

Ein Holländer betritt das Büro einer Firma, die in der Ölbranche tätig ist. Plötzlich stürzt er zu Boden, spuckt Blut und stirbt. Von diesem seltsamen Todesfall alarmiert, kommen Peter und Olivia in die Firma, um Informationen zu sammeln. Bald wird klar, dass von dem Toten ein gefährlicher Krankheitserreger auf andere Menschen übergesprungen ist und eine Epidemie auszubrechen droht. Es beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit ...

Auf einer Hochzeit sterben alle Angehörigen der Familie des Bräutigams einen qualvollen Erstickungstod. Walter untersucht die Toten und vermutet, nachdem er das tödliche Gift bestimmt hat, dass es zu weiteren Anschlägen kommen wird. Das Perfide daran ist, dass nur bestimmte Leute zu Tode kommen, denn das Gift, das der Täter zusammenmischt, kann auf Personen mit bestimmten gemeinsamen genetischen Merkmalen programmiert werden.

In New York sorgen merkwürdige Erdstöße für Unruhe bei den Menschen. In einem Bürohaus wackeln plötzlich die Wände und es gibt nur einen Überlebenden; der allerdings ist aus mehreren Menschen zusammengesetzt und stirbt kurz darauf. Walter stellt fest, dass er aus der Parallelwelt stammt, vor der Bell Olivia einst gewarnt hatte. Auch das Bürohaus kam von dort. Walter sagt voraus, dass demnächst ein Haus mit gleicher Masse aus dieser in die andere Welt rübergezogen werden wird.

Als Kind war Peter todkrank und starb trotz aller Versuche von Walter, ein Heilmittel zu finden. Walter sieht durch ein von ihm konstruiertes Fenster in das Parallel-Universum, in dem sein Doppelgänger ein Heilmittel für seinen ebenfalls todkranken Sohn entwickeln will. Anders als in dieser Welt gelingt das, allerdings bemerkt der andere Walter nichts davon, denn er wird von September abgelenkt ...

Olivia will Peter unbedingt verraten, dass er aus einem anderen Universum stammt, doch Walter ist davon gar nicht begeistert. Eine rätselhafte Todesserie beschäftigt das Team: Mehrere Menschen sterben an spontanen, sich rasend schnell ausbreitenden Tumoren, die anscheinend durch einen Handabdruck auf dem Körper der Opfer entstanden sind. Die Toten haben etwas gemeinsam - sie haben als Kinder an einer Versuchsreihe teilgenommen ...

Walter will Peter einen Brief schreiben, um ihm darin die Wahrheit über seine Herkunft zu verraten. Doch das Team gerät in eine Zeitschleife, weil der geniale Wissenschaftler Alistair Peck versucht, seine Verlobte, die bei einem Autounfall ums Leben gekommen ist, zurückzuholen. Eine falsche Berechnung Pecks führt dazu, dass bei jedem seiner Zeitsprünge der Umgebung sämtliche Energie entzogen wird - mit verheerenden Folgen ...

Walter ringt mit sich, ob er Peter dessen wahre Herkunft verraten soll. Als wieder Gestaltwandler auftauchen, wird das Team erneut zu Ermittlungen geschickt. Walter findet den Embryo eines 'Soldaten' aus der anderen Welt - er ist halb Mensch, halb Maschine und kann jede beliebige Gestalt annehmen. Nachdem Walter die kryptischen Informationen des Embryos entschlüsselt hat, wird klar, dass Newton etwas vorhat ...

Nach Peters Verschwinden ist Walter am Boden zerstört und raucht Marihuana, um sich abzulenken. Als er auf Olivias Nichte aufpasst, erzählt er Ella eine Geschichte. Darin sucht die von der Liebe enttäuschte Olivia den verschwundenen Peter und begegnet dem Erfinder Walter Bishop, der behauptet, dass Peter sein gläsernes Herz gestohlen hat ... Ella gefällt das traurige Ende nicht, sie will ein Happy End ...

Nachdem er aus dem Krankenhaus geflohen ist, fährt Peter ziellos durch das Land. In einer Kleinstadt wird eine Frau ermordet - davor wurde ihr ein Stück des Gehirns entnommen. Peter muss sofort an Newtons Methode denken, der dabei die Gehirne von Menschen anzapft. Er kann Sheriff Mathis, die Leiterin der Ermittlungen, überzeugen, dass es sich nicht um einen 'normalen' Mordfall handelt. Es gibt ein zweites Opfer, und dann verschwindet Mathis' Partner und Geliebter Ferguson ...

Olivia wechselt mit Walter und einigen Leuten in das andere Universum, doch diese werden in der Parallelwelt Opfer ihrer speziellen Fähigkeiten. Nur Olivia und Walter bleiben übrig und machen sich auf die Suche nach Peter. Nina sendet Dell Botschaften, in denen sie ihn um Hilfe für Walter und Olivia bittet. Aber dieser erscheint nicht zum Treffpunkt - im Gegensatz zu einer Einheit der Fringe-Division, der die Doppelgänger von Olivia, Charlie, Astrid und Broyles angehören ...

Walter will seinen Sohn Peter benutzen, um die Welt zu zerstören, damit das Paralleluniversum überlebt. Olivia versucht, Peter zu retten und gelangt mit einer Täuschungsaktion in seine Wohnung, wo sie ihn über das Vorhaben seines echten Vaters aufklärt ... Mittlerweile ist Bell aufgetaucht und will Walter und seinen Freunden helfen, die Parallelwelt zu verlassen.

Olivia ist im anderen Universum gefangen. Walternate versucht, ihr mit Hilfe von Brandon die Erinnerungen der anderen Olivia einzupflanzen - doch ihr gelingt die Flucht. Sie gerät an einen Taxifahrer namens Henry, der sie zunächst skeptisch beäugt, dann jedoch immer mehr zum Helfer wird. Gemeinsam suchen sie verschiedene Orte auf, an die Olivia sich erinnern kann. Nach und nach nimmt Olivia immer mehr Züge der anderen Persönlichkeit an ...

In ein Haus wird eingebrochen und im Keller ein Loch gegraben. Als die Einbrecher eine Kiste aus dem Loch holen und öffnen, fallen sie in eine Art Trancezustand und sterben dann. Nur der dritte Mann im Bunde kann mit der Kiste fliehen. Auf ihn hat der Inhalt anscheinend keine Auswirkung. Im Labor findet Walter heraus, dass die Gehirne der beiden Einbrecher eventuell durch eine extreme Beschallung im Ultraschallbereich verändert wurden ...

Milo hat durch eine Arzneimittelstudie, an der er teilgenommen hat, seinen IQ von 56 ins Unermessliche steigern können. Somit ist er in der Lage, komplexe mathematische Berechnungen anstellen zu können. Selbst die Realität kann er vorhersagen und durch kleinste Veränderungen im Ablauf nach seinem Willen umformen. Als die Studie endet, soll er wieder in sein Ausgangsstadium zurückversetzt werden - doch das möchte er nicht. Kurzerhand tötet er die auf ihn angesetzten Personen ...

Senator Van Horn, ein alter Freund von Broyles, gerät in einen Autounfall. Plötzlich taucht Newton, der Gestaltwandler, im Krankenhaus auf, ballert wie wild um sich und erschießt schließlich Van Horn. Broyles kommt zu spät und sieht mit Entsetzen Quecksilber in der Schusswunde - Van Horn war auch ein Gestaltwandler. Walter, der mittlerweile ein Labor bei Massive Dynamic bezogen hat, glaubt, dass sich noch Informationen aus dem Körper extrahieren lassen ...

Joshua Rose hat es geschafft, dem Quarantäne-Bernstein im alternativen Universum zu entkommen. Doch wie? Schnell fällt der Verdacht auf seinen Zwillingsbruder. Walternativ erzählt Brandon, dass alle im Bernstein eingeschlossenen Zivilisten wieder zum Leben erweckt werden können. Zudem beginnen die beiden mit Olivia Experimente zu machen, um herauszufinden, wie sie zwischen den beiden Universen hin- und her wechseln kann. Und auch Olivia selbst zweifelt an ihrer Identität ...

Ein mysteriöser Radiosender überträgt ominöse Zahlenreihen, die bei mehreren Menschen einen Gedächtnisverlust auslösen. Peter und Olivia finden heraus, dass diese Kombinationen mit den ersten Menschen in Verbindung stehen, die bereits vor über vier Millionen Jahren gelebt haben. Doch das allein bringt die beiden nicht wirklich weiter. Astrid hilft ihnen und führt sie an einen besonderen Ort, wo Peter endlich das findet, wonach er schon so lange Zeit gesucht hat.

Olivia ist tatsächlich im falschen Universum gefangen und versucht mit der Hilfe des Taxifahrers Henry zu fliehen. Doch vorher hat sie 'drüben' erst noch einen Fall zu erledigen. Unter dem Namen 'Candy Man' treibt ein eiskalter Entführer sein Unwesen und raubt Kinder, die ein paar Tage später völlig ausgezehrt wieder auftauchen. Christopher Broyles, der selbst schon entführt wurde, kann den entscheidenden Hinweis liefern und bringt sich dadurch erneut in Gefahr ...

Die falsche Olivia ist aufgeflogen und benötigt dringend einen Übergangspunkt, um zurück in ihre Welt zu gelangen. Ihr gelingt es, ein wichtiges Bauteil der 'Weltuntergangsmaschine' zu stehlen. Die richtige Olivia ist währenddessen in Haft auf Liberty Island und soll als Ausgleich zurück geschickt werden. Vorher will man ihr allerdings noch alle Organe entnehmen. Wird sie es schaffen, Colonel Broyles zu überzeugen, dass es noch einen anderen Weg geben muss?

Olivia ist wieder da. Peter muss ihr beichten, dass seine Beziehung zu der anderen Olivia schon weit über den ersten Kuss hinausgegangen ist. Die richtige Olivia nimmt die Nachricht erstaunlich gelassen hin, wird sie doch von einem Fall abgelenkt, bei dem jemand die transplantierten Organe von einer ganz bestimmten Spenderin, einer 17-jährigen Selbstmörderin, aus den Empfängern herausoperiert ...

Roscoe Joyce, der Bewohner eines Altenheimes in Boston, hat eine Begegnung mit seinem vor 25 Jahren verstorbenen Sohn Bobby. Bobby bittet seinen Vater, mit Walter Bishop Kontakt aufzunehmen. Rätselhaft! Wenig später trifft sich Walter mit dem Beobachter, und es stellt sich heraus, dass Walter, weil er Peter damals aus dem anderen Universum geholt hat, eine Mitschuld an Bobbys Tod trägt. Der Beobachter schlägt Walter vor, den Lauf der Dinge wieder gerade zu rücken ...

Bei Massive Dynamic wird die Maschine gebaut, die Peter in der anderen Welt auf einer Zeichnung gesehen hat. Damals hat ein Teil der Maschine auf ihn reagiert. Auch jetzt, als er mit Broyles und dessen Team im Hangar steht, gibt es eine wechselseitige Reaktion. Daraufhin ordnet Dr. Falcon, Mediziner bei Massive Dynamic, mehrere Tests an, die jedoch keine beunruhigenden Ergebnisse zeigen. Zugleich versucht Astrid, die Datei mit den Aufzeichnungen der anderen Olivia zu sichten.

Ein Wissenschaftler bekommt ein Geburtstagspaket mit unbekanntem Absender. Als er eine Puppe aus dem Päckchen entnimmt, sprüht sie ihm ein blaues Pulver ins Gesicht. Der Mann stirbt qualvoll, sein Skelett löst sich auf. Olivia und ihr Team finden heraus, dass der Mann an einem Waffenprojekt beteiligt war, bei dem auch das tödliche blaue Pulver eine entscheidende Rolle spielt. Nach kurzer Zeit können sie Verdächtige ins Visier nehmen, die von Rachegelüste getrieben sind ...

Silva, ein wahnsinniger Wissenschaftler, versucht mit Hilfe einer Käferart, einen Impfstoff zu entwickeln. Diese Käfer können jedoch nicht ohne Wirte gezüchtet werden und so benutzt er Menschen, die an dieser Symbiose qualvoll sterben. Die FBI-Ermittler machen sich auf die Suche nach seinem Labor und werden schließlich fündig ... Lincoln hat indes Colonel Broyles' Stelle übernommen, und auch Olivia ist glücklich, weil ihr Freund Frank ihr einen Heiratsantrag gemacht hat ...

In einem Haus in Brooklyn geschehen seit einiger Zeit seltsame Dinge. Als sechs Menschen durch den Balkonfußboden einer Wohnung in den Tod stürzen, tritt Broyles' Team auf den Plan. Das Erstaunliche: Der Boden des Balkons hat sich nach dem Vorfall wieder geschlossen, nichts deutet auf einen Schaden hin. Walter mutmaßt, dass an dieser Stelle ein Riss zwischen den beiden Universen entstanden ist. Die fatale Folge: Sollte daraus ein Strudel werden, würden beide Welten untergehen.

1985: Walter hat Peter aus dem anderen Universum entführt. Das Versprechen, ihn nach seiner Heilung so schnell wie möglich wieder zurück zu bringen, kann Walter jedoch nicht halten, denn er fürchtet katastrophale Konsequenzen für die Struktur der Universen. Der kleine Peter durchschaut bald, dass etwas nicht stimmt und dass Walter und Elizabeth nicht seine Eltern sind. Die beiden leiden schrecklich darunter, nun mit dieser Lüge leben zu müssen ...

Ein bizarrer Einbruch in eine Metallsammelstelle hält das Team in Atem: Zwei Männer schweben schwerelos an der Außenfassade hoch und entwenden die Osmium-Vorräte des Lagers. Einer der beiden wird von einem Wachmann erschossen. Die Leiche kommt in Walters Labor, wo sie einer eingehenden Untersuchung unterzogen wird. Daneben beschäftigt er sich mit Bells alten Aufzeichnungen und beschließt, Bells Seele zurückholen. Peter versucht indes, alles über die Gestaltwandler zu erfahren ...

William Bell ist wieder zurück: Er sitzt in Olivias Körper. Wie lange wird Bell in ihrem Körper bleiben? Welchen Plan verfolgt er? Unterdessen bekommt es das Team mit einer Frau namens Dana Gray zu tun, die nicht sterben kann, es aber hartnäckig versucht. Plötzlich taucht ein alter Bekannter aus dem anderen Universum auf: Agent Lincoln Lee. Als Gray eine Bombe in einem vollbesetzten Zug als ihre letzte Chance sieht, endlich zu sterben, muss das FBI einschreiten.

Bei Olivias Schwangerschaft treten Komplikationen auf: Ein Virus, der schon ihre Schwester Rachel und deren ungeborenes Baby getötet hat, hat scheinbar auch sie infiziert. Bevor Olivia die Testergebnisse bekommt, wird sie entführt und in eine Lagerhalle gebracht. Dort machen sich ein dubioser Arzt und sein Team daran, die Schwangerschaft auf chemischem Weg zu beschleunigen - mit Erfolg. Schon bald wächst der Fötus und ist schon nach wenigen Stunden bereit für die Geburt.

Olivia soll endlich von Bells Bewusstsein befreit werden. Peter, Walter und Bell nehmen Drogen und begeben sich in Olivias Psyche auf die Suche nach ihr. Sie vermuten, dass sie sich verängstigt in einen Winkel ihres Bewusstseins zurückgezogen hat. Auf der Suche nach ihr stoßen sie auf viele Hindernisse. Wird es den Dreien gelingen, Olivia zu finden und welchen Preis müssen sie für ihr Vorgehen zahlen?

Ein mysteriöser Wirbelsturm lässt zwei Schäfer und eine Herde Schafe verschwinden. Das Fringe-Team wird dazu gerufen, um den Vorfall zu untersuchen. Walter muss entsetzt feststellen, dass höchstwahrscheinlich ein Strudel entstanden ist. Ist das ein erstes Anzeichen dafür, dass der Krieg mit dem anderen Universum begonnen hat? Walter, Peter und Bell versuchen den Vorfall aufzuklären und bringen sich dabei in große Gefahr. Und was hat Sam Weiss mit der Maschine zu tun?

Die Ereignisse spitzen sich zu: Walternativ hat die Maschine auf der andere Seite aktiviert. Plötzlich auftretende Naturkatastrophen häufen sich. Peter liegt immer noch im Krankenhaus. Er wollte die Maschine deaktivieren, doch das Kraftfeld, das um die Maschine herrscht, war zu stark. In der Zwischenzeit machen sich Olivia und Sam Weiss auf die Suche nach uralten Artefakten, die in Verbindung mit der Maschine stehen ...

Es ist das Jahr 2026 - Olivia ist Chefin der Fringe-Division und mit Peter verheiratet. Die Welt steht kurz vor dem Kollaps und ähnelt auch sonst dem anderen - mittlerweile untergegangenen - Universum von Walternativ. Der hat sich kurz vor dem Ende in die blaue Welt hinübergerettet und führt ein Leben als Einsiedler, will sich aber rächen. Und so arbeitet er mit einer Terrorgruppe zusammen, für die er eine spezielle Lichtbombe entwickelt hat ...