Seattle im Jahr 2019: Nachdem bei einem Atom-Anschlag im Jahr 2005 ein elektromagnetischer Impuls alle Satelliten und das digital erfasste Wissen der Menschheit zerstört hat, ist das öffentliche Leben zusammen gebrochen. Auch jetzt, 14 Jahre später, regiert in den Straßen Seattles noch immer das Chaos, es herrscht das Recht des Stärkeren. Die Stadt wird von einer Gangsterbande kontrolliert. Jeder versucht, so gut wie möglich zu überleben. Max Guevara schlägt sich als Fahrradkurier und Gelegenheitsdiebin durch. Weder ihre beste Freundin Cindy, noch die Kollegen Kendra und Sketchy ahnen, dass Max etwas ganz Besonderes ist: Sie wurde in einem Genlabor künstlich erschaffen - sie ist ein Supermensch des streng geheimen Genprojekts 'Manticore'. Ziel des größenwahnsinnigen Unterfangens war es, Soldaten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten zu erschaffen, doch den 'Manticore'-Wissenschaftlern unterlief ein gravierender Fehler: Das Nervensystem der Supermenschen ist nicht ausgereift. Nur mit Hilfe des Medikaments Tryptophan können sie überleben - das erklärt auch die Krämpfe, an denen Max zeitweise leidet. Für die Forscher war das Projekt fehlgeschlagen, und sie beschlossen, alle Kinder des Projekts töten zu lassen. Doch zwölf von ihnen - darunter Max - gelang die Flucht aus dem Hochsicherheitstrakt. Bei der Verfolgungsjagd wurde Max von ihren 'Geschwistern' und ihrem Freund Zack getrennt. Zehn Jahre später versucht Max immer noch, ihre Leidensgenossen wieder zu finden. Die Suche nach ihrer Vergangenheit ist einer der Gründe für ihre Unruhe und die nächtlichen Unternehmungen. Bei einem ihrer Streifzüge lernt Max durch Zufall Logan Cale kennen. Der engagierte Journalist kämpft gegen die Korruption in Seattle. Mit seinem Piratensender 'Eyes Only' entlarvt er nicht nur bestechliche Politiker und prangert Missstände an, sondern verfügt auch über die technischen Möglichkeiten und das Know-how, um Max bei ihrer Suche zu helfen. Die Zeit drängt, denn die Bewacher von einst, darunter der skrupellose Lydecker, sind den Ausgebrochenen immer noch auf den Fersen. Max und Logan schließen einen Deal: Logan unterstützt Max bei der Suche nach ihren Wurzeln, und Max hilft Logan im Kampf gegen das Verbrechen. Zusammen bestehen sie ungeahnte Gefahren...

Bei den genetischen Versuchen an Max und den anderen Kindern bekam Max auch ein Katzen-Gen verabreicht. Das macht Max zwar unglaublich schnell, hat aber auch einen Nebeneffekt: Dreimal im Jahr wird sie wie eine Katze "rollig" und macht jeden Typen an, der sich in ihrer Nähe befindet. Der Auserwählte für diese Nacht ist der leicht trottelige Eric, der allerdings vor dem Höhepunkt einschläft. Dafür ist er am nächsten Morgen um so anhänglicher und macht Max teure Geschenke. Immerhin ist Erics Onkel bei der Sektorpolizei und hilft ihr, nach Seadrow Island zu gelangen. Dort hält sich nach Logans Informationen Hannah Sukova auf, die Max damals bei ihrer Flucht im Auto mitnahm. Max besucht Hannah und erfährt dabei etwas über ihre unbekannte Mutter. Die leistete als einzige der Leihmütter Widerstand und wollte ihr Kind behalten. Max wurde ihr nach der Geburt weggenommen und sie in eine psychiatrische Anstalt gesteckt. Colonel Lydecker erfährt von Max' Aufenthalt auf Seadrow Island und macht sich sofort mit einem Team auf den Weg. Max weiß, dass er Hannah ohne zu zögern umbringen wird und flieht mit ihr. Dabei hilft ihnen Logan mit seinem geheimen Sender. Er manipuliert den Funkkontakt zwischen Lydeckers Einheiten und führt sie so auf eine falsche Fährte.

Max hat wegen ihres Gendefekts immer öfter Anfälle und besorgt sich sicherheitshalber einen Vorrat des Gegenmittels Tryptophan. Dafür plündert sie sogar die Haushaltskasse, aus der der korrupte Officer Eastep bezahlt wird. Weil Max das Geld nicht rechtzeitig wieder auftreiben kann, lässt Eastep die illegal besetzten Wohnungen räumen. Kendra und Cindy machen sich Sorgen um ihre Freundin, die scheinbar auf Drogen ist. Sie wollen Max auf Entzug setzen und spülen ihren Vorrat im Klo runter. Logan klärt Kendra über den Irrtum auf. Aber zu spät: Max ist aus Verzweiflung in ein Krankenhaus eingebrochen und festgenommen worden. Im berüchtigten Langford-Gefängnis beschützt Mithäftling Break die immer schwächer werdende Max. Ein Fluchtversuch scheitert kläglich an ihren schwindenden Kräften. Die Zeit wird knapp, denn wenn Max nicht innerhalb von drei Tagen Tryptophan bekommt, wird sie sterben. Kendra lässt sich ebenfalls einsperren, um ihrer Freundin das Medikament zu bringen. Aber Lydecker hat inzwischen erfahren, dass es in Langford einen weiblichen Häftling mit Strichcode im Nacken gibt, und macht sich mit einem Team auf den Weg.

Alina Herrero nimmt Kontakt mit Logan auf, weil sie von ihm Hilfe bei der Suche nach ihrem seit zwei Jahren verschwundenen Vater erhofft. Logan kennt den Systemkritiker und Widerstandskämpfer Nathan Herrero noch von früher. Er stellt Ermittlungen über den Verbleib seines alten Freundes an, obwohl er ihn für tot hält. Aber Max spürt Herrero über seine ehemalige Putzfrau und Geliebte auf und stellt den Kontakt zur Tochter her. Kurz darauf fliegt Herreros Wohnung in die Luft, und Alina will sich mit einem Koffer voller Geld aus dem Staub machen. Aber Max spürt die Verräterin auf. Auch ihrem Kollegen Sketchy muss Max mal wieder aus der Patsche helfen. Er arbeitet neben seinem Job für Jam Pony auch noch als Geldkurier für die Russenmafia. Dabei verliert er einen Umschlag mit 15.000 Dollar. Die Russen geben ihm 36 Stunden Zeit, das Geld heranzuschaffen. Max und Cindy takeln sich auf, gehen in das illegale Spielcasino der Russen und erleichtern sie mit Max' Fähigkeiten um die Summe.

Max stößt zufällig auf eine Anzeige, deren Nummer mit ihrem Strichcode übereinstimmt. Irgend jemand, der ihre Vergangenheit kennt, will mit ihr in Kontakt treten. Bei dem Treffen taucht Privatdetektiv Vogelsang auf, der Max Informationen über eins der Manticore-Kinder anbietet, das sich in Seatle aufhält. Kurz vor dem nächsten Treffen wird er ermordet. Max stellt alleine Nachforschungen an und steht in einem Hotelzimmer plötzlich Zack gegenüber, dem Anführer der Flucht vor zehn Jahre. Zack kennt die Aufenthaltsorte der anderen elf und fordert Max auf, zur Sicherheit die Stadt zu verlassen. Aber Max, die sich im Gegensatz zu Zack nicht als einsame Kriegerin fühlt, will Logan und ihre Freunde nicht zurücklassen und bleibt in Seattle. Logan bekommt überraschend Besuch von seiner Ex-Frau Valerie, die sich mit ihm versöhnen will. So erfährt Max endlich, dass Logan einmal verheiratet war. Sie spioniert Valerie nach und findet heraus, dass die Ex-Frau wieder verheiratet ist und Logan ausnehmen will.

Max erfährt von einer Konferenz des japanischen Genetikers Dr. Tanaka, der in Seattle sein sechsjähriges Wunderkind Jude präsentieren will. Dr. Tanakas Experimente mit genetischer Umgruppierung könnten vielleicht auch die Lösung für ihre epileptischen Anfälle sein. Max lässt sich von Logan eine neue Identität als Journalistin verschaffen und besucht die Konferenz. Während Tanakas Vortrag setzt sich ein Mann neben Max: Colonel Lydecker. Zuerst will sie in Panik abhauen, aber ihr größter Feind erkennt sie nicht. Max erinnert sich an die Worte, die der ehemalige Lehrer allen Manticore-Kindern einhämmerte: "Kenne deinen Feind!" Max bleibt, um Lydecker auszuhorchen. Mitten im Vortrag überfällt ein Terroristenkommando unter Führung von Jon Darius die Konferenz und nimmt alle als Geiseln. Darius will das Wunderkind aus den Händen von Dr. Tanaka befreien und geht dafür über Leichen. Logan bietet sich als Vermittler an und verhandelt mit den Terroristen. Als die Armee das Konferenzgebäude stürmen will, muss Max alle retten: Jude, Logan - und Lydecker.

Zack nimmt wieder Kontakt zu Max auf, nachdem Brin, ein anderes der Manticore-Kinder, in Seattle vor seinen Augen entführt wurde. Max und Zack verdächtigen Lydecker und entführen ihn nun ihrerseits. Lydecker beteuert allerdings standhaft seine Unschuld. Logan findet heraus, dass Lydeckers Kollege Major Sanders hinter der Entführung steckt. Lydecker bietet Max und Zack an, ihnen Zugang zu Sanders' Stützpunkt zu verschaffen. Dort verrät er die beiden dann allerdings und lässt sie von Sanders' Leuten gefangennehmen. Hinter Gittern sehen Max und Zack Brin wieder, die wegen eines Gendefekts schnell altert. Mit einem Trick kann Max sich befreien und mit Zack und Brin fliehen. Aber Lydecker ist als Einziger in der Lage, Brins Leben zu retten. Der indische Geschäftsmann Mr. Sivapathasindaram will "Jam Pony" kaufen. Normal führt vorsorglich ein eisernes Regiment ein, um den neuen Besitzer zu beeindrucken. Original Cindy, Sketchy und Herbal lassen sich einiges einfallen, um den Kaufinteressenten abzuwimmeln.

Wegen der Kugel in seinem Rücken muss Logan sich in Kürze einer gefährlichen Operation unterziehen. Ausgerechnet jetzt lässt Lydecker in ganz Seattle Phantombilder von Max als angebliche Mörderin von Detektiv Vogelsang aufhängen. Mit Logans und Zacks Hilfe kann Max aus der Stadt entkommen. Zack und Max wollen gemeinsam nach Kanada fliehen. Dann erfährt sie von Logans Operation und geht aus Sorge sofort zurück nach Seattle. Logan ist nach der Operation in kritischem Zustand und braucht dringend frisches Blut. Weil alle Blutbänke leer sind, zapft Max, die dank ihrer Genmanipulation einen Universalbluttyp besitzt, sich selbst an. Am nächsten Morgen geht es Logan wieder besser, aber die geschwächte Max wird an seinem Krankenbett verhaftet.

Waffenschmuggel, Schutzgelderpressung, Prostitution, Diebstahl von Blutkonserven - Gerhardt Bronck hat seine schmutzigen Finger in vielen Geschäften und ist schwer zu fassen, da er für jede Lieferung einen anderen Flughafen benutzt. Für den heutigen Deal hat Logan von einem Informanten einen Tipp bekommen. Er überredet Max, ihn sofort zum Flughafen zu begleiten - ausgerechnet, als sie ihn zu sich eingeladen und mit viel Mühe - und Kendras Hilfe - ein Abendessen gezaubert hat. Bronck hat größere Sicherheitsvorkehrungen getroffen als vermutet: Nur mit Mühe entkommt Max einem Großaufgebot an Wachleuten. Wütend über die Fehlinformation und den verdorbenen Abend verkracht sie sich mit Logan und kündigt ihm die Zusammenarbeit auf. Logan erhält von Detective Matt Sung weitere Informationen über Bronck und setzt ihn öffentlich unter Druck. Bronck reagiert mehr als sauer. Um "Eyes Only" das Handwerk zu legen, spielt er Sung gezielt falsche Informationen zu und lockt ihn und Logan in die Falle: Sie werden von Broncks Leuten entführt. Zur selben Zeit sieht Max zufällig, wie eine Gruppe verängstigter Kinder in einen Metro Police-Bus verladen wird - von Broncks Leuten. Sollen die Kinder verkauft werden? Max nimmt Kontakt zu Bronck auf. Ein Nebengeräusch des Gesprächs - ein Nebelhorn - führt sie auf Logans Spur: Er und Sung werden in einem Flughafen in der Nähe des Hafens festgehalten. Max stürmt das Gebäude.

Ein geheimnisvoller Kronzeuge soll im Prozess gegen Bürgermeister Steckler aussagen, dessen Raffgier 149 Kriegsveteranen das Leben gekostet hat. Logan misstraut dem Zeugenschutzprogramm und bittet Max, den Mann zu beschützen. Sie stürmt sein Versteck und erkennt erst auf dem Motorrad, wer der Kronzeuge ist: der totgeglaubte Bruno Anselmo - der Ganove, der für Edgar Sonrisa gearbeitet hat und dafür verantwortlich ist, dass Logan im Rollstuhl sitzt. Jetzt soll Bruno ermordet werden und Max muss mit größtem Widerwillen 24 Stunden bis zur Gerichtsverhandlung seinen Babysitter spielen. Bruno macht ihr die Sache nicht leicht: Er führt sich auf wie eine Diva, entwischt in einem unbeobachteten Moment und verwickelt Max in eine Schlägerei. Prompt sind den beiden Killer auf den Fersen, denen sie nur knapp entkommen. Am nächsten Tag kann Max Bruno in letzter Sekunde ein weiteres Mal das Leben retten. Die Angreifer kommen Logan seltsam vor. Handelt es sich überhaupt um Stecklers Männer oder hat noch jemand Interesse an Brunos Tod? Während Max versucht, Bruno rechtzeitig zu seiner Aussage ins Gericht zu bringen, findet Logan heraus, dass es sich bei ihren Verfolgern um Supersoldaten aus Südafrika handelt. Bekannt als die "rote Serie", sind sie auf äußerste Leistung programmiert, empfinden absolut nichts und sind unglaublich stark. Max ahnt nicht, in welcher Gefahr sie schwebt: Bruno hat sie an die Entwickler der "roten Serie" verkauft, die dank eines Manticor-Prototypen hoffen, ein genetisches Problem ihrer implantierten Soldaten zu lösen...

Logan ist Trauzeuge bei der Hochzeit seines Cousins Bennett. Max sagt zu, ihn zu begleiten und "leiht" sich im besten Geschäft der Stadt ein 6.000 Dollar-Kleid. So macht sie eine gute Figur in der feinen Gesellschaft, muss das Fest aber dennoch überstürzt verlassen, als sie einen Hilferuf von Original Cindy erhält. Sketchy hat bei "Jam Pony" versehentlich den Inhalt zweier Pakete vertauscht. So bekommt der Gangster Jean Baptiste Duvalier statt des gestohlenen Norman Rockwell-Gemäldes, das er nach Singapur ausführen und dort an einen reichen Kunstliebhaber verkaufen will, einige Baupläne geliefert. Duvalier versteht keinen Spaß: Seine Bodyguards nehmen sich "Jam Pony" vor und entführen Normal. Sie drohen, ihn umzubringen, wenn das Bild nicht wieder auftaucht. Es stellt sich heraus, dass Max das Paket mit dem Rockwell-Gemälde an einen Mann namens Angelo Biondello geliefert hat. Aber als Max in Angelos Büro eindringt, erschrickt dieser sich so, dass er aus dem Fenster stürzt. Max kann den Mann retten, der sich töten wollte, weil er wegen der fehlenden Baupläne einen wichtigen Klienten verloren hat. Das falsche Paket hat er weggeschmissen. Max findet es, merkt dann aber, dass sie Logans Hochzeits-Rede in der Tasche hat. Sie rast zurück zum Hochzeitsempfang. Während sie die Souffleuse für Logan spielt, der mit seiner Rede bereits angefangen hat, bringt Original Cindy das Gemälde zu Duvalier. Unglücklicherweise handelt es sich um eine Fälschung. Max und Cindy machen sich auf die Suche nach Onion Runyon, dem Absender. Aber er hat das Original bereits an einen koreanischen Schiffskapitän verkauft. Als Max in dessen Kabine den Safe öffnet, wird sie entdeckt.

Logan hat wieder Gefühl in seinen Beinen und ist überzeugt, dass sich sein Nervenschaden nach der Bluttransfusion von Max langsam zurückbildet. Um den Heilungsprozess zu beschleunigen, spendet Max ihm ein weiteres Mal Blut. Tatsächlich gelingt es Logan danach, für einen Moment aus dem Rollstuhl aufzustehen. Aber anschließend bricht er zusammen. Original Cindy kündigt bei "Jam Pony", um in Zukunft telefonisch Versicherungen zu verkaufen. Aber mit dem vorgefertigten Text, mit dem sie Kunden werben soll, hat sie keinen Erfolg. Während Cindy den Freunden in der Bar von ihren Problemen erzählt, taucht plötzlich Johannessen mit seinen Soldaten der "roten Serie" auf. Sie sind immer noch hinter Max her, da sie glauben, ihr genetischer Code könne das Leben der mit einem implantierten Computerchip auf Höchstleistung getrimmten Soldaten verlängern. Max flieht durch die Hintertür, aber einer der Soldaten, Red Six, lockt sie in einen Hinterhalt. Max kann entkommen und den Soldaten ausschalten. Jetzt lauern Johannessen und seine Soldaten Original Cindy an ihrem Arbeitsplatz auf und zwingen sie, Max anzurufen. Es gelingt Cindy, ihre Freundin heimlich zu warnen. Um es mit den übermächtigen Feinden aufnehmen zu können, geht Max ein hohes Risiko ein: Sie stiehlt das Implantat des toten Soldaten und setzt es sich selber ein. Obwohl die rote Serie in der Überzahl ist, greift Max an.

Während Max und Logan, der wieder gehen kann, zu einem romantischen Abendessen verabredet sind, wird Zack in Manticore unter Drogen gesetzt. Mit Halluzinationen soll er dazu gebracht werden, den Aufenthaltsort seiner X-Fünf-Brüder und -Schwestern preiszugeben. Eine falsche Max versteht es besonders gut, ihn durcheinander zu bringen. Als er das Spiel durchschaut, ist er bereits am Ende seiner Kräfte. Der Manticore-Arzt will ihm helfen. Er versetzt ihn in einen scheintoten Zustand und veranlasst die Beerdigung. Nachdem Zack sich aus seinem Grab befreit hat, versucht der Doktor, ihn zur kanadischen Grenze zu bringen. Unterwegs werden sie von Lydeckers Männern gestoppt. Zack kann fliehen und nimmt Kontakt zu Max auf. Als Max ihrem Freund zur Hilfe eilt, hält Zack sie zunächst für eine weitere Halluzination und greift sie an. Als sie ihn von ihrer Identität überzeugt hat, erzählt Zack ihr alles, was er über die anderen Manticore-Kinder weiß. Zu spät erkennt Max, dass Lydecker sie in eine Falle gelockt hat: Ihr Gespräch mit Zack wurde aufgezeichnet. Nun hat Lydecker die Möglicheit, alle Manticor-Flüchtlinge zu finden, bevor Max sie warnen kann. Logan sendet über Eyes Only eine Warnung an Zane, Syl, Krit, Tinga und Jondy und macht sich so ebenfalls Lydecker zum Feind.

Logan hat gesundheitliche Schwierigkeiten: Sein Immunsystem greift die Stammzellen an, die Max ihm durch die Bluttransfusion gespendet hat. Er kann immer schlechter stehen und gehen. Heimlich bittet er die Ärztin Adriana Vertes um Hilfe. Max ist misstrauisch und spioniert Logan hinterher. Als sie in den Akten von Dr. Vertes herumschnüffelt, wird sie von der Ärztin überrascht und erkennt in Dr. Vertes eine Manticore-Ärztin. Im nächsten Moment kann Max einen Mordanschlag auf Dr. Vertes vereiteln. Die Angreiferin, die Dr. Vertes im Auftrag von Manticore töten sollte, entpuppt sich als Jace, eines der Mädchen, das bei der Flucht aus dem Genlabor zurückgeblieben ist. Max verspricht Dr. Vertes, sie zu beschützen, wenn sie Logan hilft. Jace greift erneut an, bricht aber plötzlich zusammen. Dr. Vertes stellt fest, dass das Mädchen schwanger ist und rettet Jace und ihrem Baby das Leben. Dann nimmt sie Kontakt zu Lydecker auf und bietet ihm einen Deal an: Wenn er sie am Leben lässt, will sie Jace und Max ausliefern. Dr. Vertes führt Lydecker und seine Männer zu Jaces Versteck, dann wird sie von Lydecker erschossen. Jace soll nun Max in eine Falle locken.

Max plant mit Logan einen Ferienausflug in die Berge, aber zu ihrer großen Enttäuschung hat er wieder nur Arbeit im Sinn. So landen die beiden in dem heruntergekommenen Ort Cape Haven, wo der Ex-Polizist Herman Colberg untergetaucht ist. Logan will ihn befragen, weil Colberg Zeuge der polizeilich sanktionierten Ermordung von 18 Demonstranten war. Max und Logan, die als Fremde in Cape Haven nicht gerade freundlich aufgenommen werden, kommen im Haus von Trudy Sumner unter. Max schließt Freundschaft mit Trudys Neffen Sage. Der Junge vertraut ihr an, dass ihm im Traum immer wieder sein Freund Sam Gilan erscheint, der - wie seine ganze Familie - bei einem Brand ums Leben kam. Max merkt, dass der Junge offenbar ein schweres Trauma verarbeitet. Als sie Sages schwere Brandnarben sieht, kommt ihr ein Verdacht. Sie öffnet Sams Grab und findet es leer. Ist Sage in Wirklichkeit Sam Gilan und hat den Brand als Einziger überlebt? Max und Logan geraten in Gefahr, denn die Dorfbewohner - allen voran der Zimmermann B.C. und sein Kumpel, die das Haus der Gilans seinerzeit angezündet hatten - wollen unbedingt verhindern, dass ihr wohlgehütetes Geheimnis ans Tageslicht kommt. Da Max von schweren Krämpfen geplagt wird, muss Logan, der wieder an den Rollstuhl gefesselt ist, zur Waffe greifen.

Original Cindy trifft ihre erste große Liebe wieder, die rassige Schönheit Diamond. Sofort steht Cindy wieder in Flammen, obwohl Diamond noch immer regelmäßig mit dem Gesetz in Konflikt gerät und offenbar gerade aus dem Gefängnis kommt. Als Diamond jetzt zu Original Cindy und Max zieht, wird die Lage kompliziert. Diamond interessiert sich ein bisschen zu sehr für Max' Aktivitäten. Max wird misstrauisch, als sie während eines gemeinsamen Bar-Besuchs mit Cindy und Diamond von einer Bande Kopfgeldjäger überfallen wird. Trotzdem will Max ihren aktuellen Job ausführen und in Logans Auftrag in die Villa des Gangsters Lampkin einbrechen und dessen Safe ausräumen. Dabei ist Diamond ihr heimlich auf den Fersen. Sie jagt Max die Beute ab, löst den Alarm aus und lässt Max in der Falle sitzen. Doch die Polizei ist überraschenderweise mehr an Max' "Komplizin" interessiert als an ihr selbst. Die Beamten übergeben Max dem Multi-Konzern Synthedyne, der offensichtlich Gefangene als Versuchskaninchen für medizinische Experimente missbraucht. Max kann sich befreien und findet heraus, dass Diamond von Synthedyne mit einem tödlichen Virus infiziert wurde. Jetzt sind die skrupellosen Verbrecher hinter ihr her, um das Experiment zu vertuschen.

In einem Waldstück bei Seattle wird eine Leiche mit Strichcode im Nacken gefunden. Max identifiziert den Code als den ihres X-5-Bruders Ben, der mit ihr gemeinsam aus Manticore geflohen ist. Aber als Max ihm in der Leichenhalle die letzte Ehre erweisen will, stellt sie fest, dass es sich gar nicht um Ben handeln kann: Der Strichcode ist frisch tätowiert, die Leiche entstellt und zahnlos. Als kurz darauf ein weiterer Mann auf dieselbe Art getötet wird, bemerkt Max Parallelen zu einer traumatischen Trainings-Erfahrung in Manticore: Die jungen Krieger, darunter Ben und Max, wurden damals auf einen Gefangenen losgelassen, den sie im Wald jagten und anschließend töteten. Jetzt ist Ben offenbar wieder auf der Jagd, um die Männer in religiösem Wahn zu töten und der Jungfrau Maria zu opfern. Max macht sich auf die Suche nach ihrem Bruder, aber Lydecker und seine Männer sind Ben ebenfalls auf der Spur, der gerade sein nächstes Opfer entführt hat und alles für eine weitere Menschenjagd vorbereitet.

Snuffy, ein Freund und ehemaliger Knastkumpel von Herbal, wird kurz nach seiner Entlassung aus dem Gefängnis erschossen. Logan stößt auf weitere sechs Fälle, in denen gerade entlassene Ex-Sträflinge ermordet wurden, ohne dass Spuren oder ein Motiv festgestellt werden konnten. Nicht einmal die elektronischen Überwachungsdrohnen, die überall herumschwirren, haben etwas aufgezeichnet. Logan vermutet dahinter eine Vertuschungsaktion der Sektorpolizei und will der Sache auf den Grund gehen. Er bittet seinen Onkel Jonas, dessen Firma die Drohnen baut, um Hilfe. Währenddessen besorgt Max bei der Strafvollzugsbehörde eine Liste der demnächst zu entlassenden Sträflinge. Jeder von ihnen könnte das nächste Ziel sein. Max erhält überraschend Unterstützung von dem eigenartigen Kauz Phil, der ihr schon länger nachstellt und offenbar ebenfalls übermenschliche Kräfte besitzt. Zunächst hält Max Phil für einen harmlosen Verrückten, der von Verschwörungstheorien besessen ist und immer wieder vom "Tod aus dem Himmel" redet. Dann stößt Logan tatsächlich auf geheime Polizei-Pläne zur Herstellung einer Killerdrohne, die jeden Ex-Häftling erkennen, aufspüren und töten kann. Diese Entdeckung bringt Logan in Lebensgefahr.

In einer Suchanzeige erkennt Max ihre X-5-Schwester Tinga wieder, deren Mann Charlie die Anzeige aufgegeben hat. Mit Logans Hilfe erfährt Max Charlies Telefonnummer und versucht, ihn zu warnen. Sie beschwört Charlie, mit seinem Sohn Case sofort unterzutauchen. Auch Lydecker ist durch die Suchanzeige aufmerksam geworden und lässt Charlies Wohnung überwachen. Er ist besonders an Case interessiert, der offenbar die Fähigkeiten seiner Mutter geerbt hat. Max und Tinga versuchen gemeinsam, Charlie und Case aus dem Haus in Sicherheit zu bringen. Dabei tauchen noch zwei weitere X-5 auf: Zack, der Max und Tinga hilft, und Brin, die auf Lydeckers Seite steht. Die Flucht gelingt, bei Logan scheint die Familie in Sicherheit. Doch plötzlich wird Case krank: Lydecker hat ihn mit einem tödlichen Virus infiziert. Lydecker ist im Besitz des Gegenmittels und bietet mit der geheimnisvollen Madame X einen Austausch an: Tinga gegen das Leben von Case. Tinga geht in die Falle, denn Lydecker will beide - sie und ihren Sohn.

Logan will Max zum Jahrestag ihres ersten Treffens überraschen und mithilfe von Philips Gehmaschine wieder laufen. Doch dazu benötigt er noch einen Prozessor, wie man ihn auch benutzt, um die Roboterarme in Atomreaktoren zu kontrollieren. Also erfindet er für Max eine üble Geschichte, damit sie so ein Ding für ihn besorgt. Max gelingt das natürlich, obwohl sie schon wieder "rollig" ist und Logan aus dem Weg geht. Lydecker merkt inzwischen, dass Madame X und Sandoval ein falsches Spiel spielen. Außerdem erhält er ein Angebot des Südafrikaners Zakes Kani, der hinter den implantierten Soldaten der "roten Serie" steckt. Kani will ihm Max ausliefern - im Austausch gegen genetische Daten. Als Max ihrem Katzengen keinen Widerstand mehr leisten kann, lässt sie sich auf eine kurze Affäre mit einem flüchtigen Bekannten ein. Danach kann sie Logan endlich ihre Liebe gestehen. Doch die beiden werden von Zack unterbrochen, der herausgefunden hat, dass Tinga nicht in Manticore, sondern in einem Silo außerhalb der Stadt festgehalten wird. Zack und Max machen sich auf den Weg dorthin, um Tinga zu befreien. Doch sie kommen zu spät.

Die tote Tinga im Arm sinnt Max auf Rache. Als sie sich auf Lydecker stürzt, wird sie überwältigt und betäubt. Doch nicht Lydecker ist für Tingas Tod verantwortlich - er wird selbst zur Zielscheibe der ehrgeizigen Madame X. Er entkommt mit Max und will sie dazu überreden, Manticore zu zerstören. Unterdessen erteilt Madame X Brin den Befehl, ihr Lydecker zu bringen - tot oder lebendig. Zack und Logan wollen Max aus Lydeckers Händen befreien und alarmieren Syl und Krit, zwei von Max' X-5-Geschwistern. Gemeinsam mit Max und Lydecker machen sie sich schließlich - trotz aller Skepsis - auf den Weg nach Manticore. Tatsächlich können sie in das DNA-Labor eindringen, um eine Bombe zu legen. Aber auf der Flucht stoßen Max und Logan überraschend auf die Kids der neuen X-7-Reihe - darunter auch eine jüngere Version von Max. Während das Manticore-Labor in Flammen aufgeht, wird Max von ihrer "kleinen Schwester" tödlich verwundet...

Obwohl Logan selbst miterlebt hat, wie Max von Manticore-Einheiten getötet wurde, beschleicht ihn immer noch das seltsame Gefühl, sie könne noch am Leben sein. Also versucht er immer hartnäckiger und verzweifelter, den geheimen Standort von Manticore aufzuspüren. Durch einen Überfall auf das Veteranen-Amt, bei dem ihn die Aktivistin Asha mit ihren Freunden unterstützt, erfährt er immerhin, dass das gesamte Manticore-Budget über die Bücher der Veteranen-Verwaltung läuft. Manticore-Leiterin Renfro versucht unterdessen fieberhaft den Fehler zu finden, der bei ihrer lebenden Superwaffe X-5 zur vorzeitigen Vergreisung führt. Nur Max, die sie in einer Zelle gefangen hält, ist unerklärlicherweise davon verschont geblieben und wird nun immer neuen DNA-Analysen unterzogen. Jedoch gelingt es ihr, sich erfolgreich gegen ein Aufzucht-Programm zur Wehr zu setzen, das sie mit X-5 "Alec" absolvieren soll. Renfro fürchtet, dass die Versuche von "Eyes Only" alias Logan, Manticore zu enttarnen, das ganze Unternehmen gefährden könnten. Würde die Öffentlichkeit auch nur ein Wort erfahren, würde das Komitee das Projekt definitiv sterben lassen. Nun will sie Max zwingen, ihr "Eyes Only" auszuliefern. Doch Max hat ihre zweite Flucht aus Manticore schon vorbereitet und ein Loch in ihre Zellenwand gegraben. Dabei lernt sie einige weniger gelungene Versuchsreihen des Genprojekts kennen, unter anderem Joshua, der offenbar ein bisschen zuviel Hunde-DNA erwischt hat. Joshua und Alec helfen ihr schließlich bei der Flucht, und so sehen sich Max und Logan endlich wieder. Als sich die beiden in die Arme fallen, wird Logan mit einem Retrovirus infiziert, das Max für genau diesen Fall injiziert wurde. Alec, der von allem wusste, soll Max nach Manticore zurückbringen. Doch bevor es dazu kommt, startet Max ein Video, das Logan vorbereitet hat und veröffentlicht so Manticores Standort. Renfro gibt daraufhin den Befehl, Manticore zu zerstören. Zwar gelingt es Max noch, ihre transgenetischen Brüder und Schwestern aus dem brennenden Komplex und Logan mit einem Antigen zu retten, doch gegen das auslösende Virus in ihrem Blut hat sie kein Gegenmittel bekommen. So bleibt sie weiterhin eine Gefahr für Logan und darf ihm nicht zu nahe kommen...

Nachdem sie wieder auf der Bildfläche erschienen ist, wird die totgeglaubte Max von ihren Freunden beim Kurierdienst "Jam Pony" überschwänglich begrüßt und wieder aufgenommen, auch wenn sie Normal erst beweisen muss, dass sie wegen einer Herztransplantation eine dreimonatige Auszeit genommen hat. Währenddessen wird über alle Nachrichtensender die Meldung verbreitet, dass eine terroristische Gruppe mit dem Namen "S-one-W" einen Brandanschlag auf ein Veteranenkrankenhaus in den Bergen unternommen hat, bei dem viele Patienten ums Leben gekommen sind. Die Wahrheit über Manticore wird jedoch ebenso verschwiegen wie die Tatsache, dass viele genmanipulierte Mutanten nun frei herumlaufen. Max, die davon ausgeht, dass sich ihre Brüder und Schwestern verstecken werden, erfährt von Logan, dass Agent White von den Bundesbehörden um jeden Preis versuchen wird, die Flüchtlinge mit einem verabredeten Signal in einen Hinterhalt zu locken. Mit dieser Methode will er das Vorhaben der Behörde, alle Manticore-Produkte endgültig zu beseitigen, doch noch vollenden. Max will das natürlich verhindern und kann einige X-6-Kids retten. Sie gibt sich alle Mühe, die "perfekten Soldaten" umzuprogrammieren und ihnen etwas Menschlichkeit einzuhauchen. Doch während sie ihnen zur Flucht verhilft, wird sie selbst von White gefangen genommen. White ist inzwischen davon unterrichtet, dass Max ein ganz besonderes Manticore-Exemplare ist, dessen genetische Finessen noch nicht bis in Detail entschlüsselt sind. Glücklicherweise fielen Max´ "Umerziehungsversuche" bei den X-6-Kids auf fruchtbaren Boden, und so missachten sie ihren Fluchtbefehl und kehren um, um Max zu befreien.

Seit ihrem Untertauchen versuchen die transgenetischen Wundersoldaten von Manticore, sich ihr Essen irgendwie zusammenzustehlen oder zu verdienen. Alec hat es dabei unter dem Kampfnamen "Monty Cora" bis zur großen Attraktion in einem Underground-Catcherzirkus gebracht, ist dadurch aber ins Visier von White und seinen Leuten geraten. Um seinen Kopf zu retten, macht er White den Vorschlag, ihm bei der Suche nach den Manticore-Genprodukte zu helfen. Damit er sich nicht gleich aus dem Staub machen kann, wird ihm aber ein Sprengsatz in den Hinterkopf implantiert, der nach genau 24 Stunden explodiert, es sei denn er hat bis dahin die Strichcodes von dreien seiner Freunde abgeliefert - als Beweis dafür, dass sie tot sind. Um seinen Auftrag auszuführen, will er mit Max Kontakt aufnehmen. Die ist jedoch gerade dabei, ihren Freund Joshua aufzutreiben, um ihm aus der Klemme zu helfen. Die Polizei ist hinter ihm her, seit er sich darauf spezialisiert hat, in Häuser einzubrechen. Logan und Max kommen dahinter, dass seine Einbrüche System haben. Und tatsächlich verfolgt Joshua mit seinen Raubzügen nicht nur das Ziel, etwas Essbares aufzutreiben, sondern ist vielmehr auf der Suche nach Vater Sandeman, dem legendären Gründer von Manticore. Als sie Joshua endlich finden, wird die Zeit für Alec bereits ziemlich knapp. Um seinen Kopf zu retten, versucht er, Joshua zu töten, muss aber feststellen, dass er überhaupt keinen Strichcode besitzt. In buchstäblich letzter Sekunde kann ihm dann aber ein ehemaliger Manticore-Techniker den Sprengsatz aus dem Körper herausholen. Sofort macht sich der Techniker mit seinem üppigen Honorar auf den Weg heraus aus der Stadt, ohne seinen zweiten Auftrag zu erfüllen, nämlich Logan und Max von dem Virus zu befreien. Joshua macht Max neue Hoffnung und versichert ihr, dass Vater Sandeman ihr und Logan helfen kann. Sie wollen sich nun gemeinsam auf die Suche nach ihm machen. Unterdessen hat Lydecker die Informationen aus Renfros Aktenkoffer ausgewertet und ist dabei auf eine alte Legende gestoßen, die den Ursprung und die Hintergründe von Manticore erhellen könnten. Doch er wird verfolgt und von der Straße abgedrängt...

In Chinatown treten serienweise seltsame Infektionsfälle auf, denen zahlreiche Menschen zum Opfer fallen. Gerüchten nach soll einer der aus Manticore geflohenen Mutanten die Epidemie ausgelöst haben. Tatsächlich wird Detective Sung kurz darauf in ein Hotel nach Chinatown gerufen, wo er irrtümlich ein schwer entstelltes transgenetisches Wesen erschießt, das kurz zuvor noch den Sohn des Hoteliers gerettet hat. Es stellt sich heraus, dass das Wesen völlig harmlos war. Unterdessen weiß niemand so recht, woran die Verstorbenen eigentlich gestorben sind. Es steht lediglich fest, dass es sich nicht um eine gewöhnliche Infektion gehandelt haben kann und alle Opfer einem genetisch veränderten Erreger ausgesetzt waren. Logan vermutet, dass irgendjemand Versuche mit biologischen Kampfstoffen anstellt. In den Polizeiakten fallen ihm kurz darauf Zeugenaussagen auf, die von Feuerwerkskörpern berichten. Schließlich stößt er auf den Biochemiker Cyril, der eine Waffe zur Dispersion von Biokampfstoffen gekauft hat. Logan und Sung spüren Cyril in seinem Labor auf, als er gerade dabei ist, den dritten Schritt seines Feldversuches durchzuführen: die Beseitigung eines X-5-Versuchsobjekts in Sektor Vier mit einem eigens dafür entwickelten Wirkstoff. Cyril will damit ein Geschäft zuende bringen, das er mit White abgeschlossen hat: Er hat den Auftrag, einen Wirkstoff zu entwickeln, der nur bestimme Zielpersonen oder ethnische Zielgruppen vernichtet. Wenn sein Wirkstoff funktionieren würde, dann gäbe es bald keinen einzigen lebenden Manticore-Mutanten mehr. Natürlich setzt Max alles daran, Cyril das Geschäft gründlich zu verderben.

Es ist Halloween. Weil die Straßen ohnehin von Geistern und Monstern beherrscht werden, möchte Joshua sein Versteck verlassen und ein wenig die Freiheit genießen. Doch Max schlägt ihm seine Bitte ab, gemeinsam Halloween zu feiern, nicht zuletzt aus Eigennutz, denn auch sie möchte ein "nettes, ganz normales" Halloween-Fest verbringen. Dennoch hat sie ein schlechtes Gewissen, weil sie ihren Freund hängen lässt. Während sie sich zu Hause für den Abend mit ihrem Verehrer Rafer fertig macht, schläft sie in der Badewanne ein und hat einen schrecklichen Alptraum: Sie träumt von dem transgenetischen Gummimonster Sally, das anstelle von Knochen eine unzerbrechliche Knorpelmasse im Körper hat, die sich leider manchmal verdreht. Max und Joshua versuchen, Sally den Kopf wieder gerade zu rücken und reißen ihn dabei ab. Von Knallfröschen aufgeschreckt, stürmt der Körper davon und Max und Joshua bleiben mit Sallys Kopf zurück. Und es kommt noch schlimmer: Mit Hilfe von Katzenfrau Katarina und Echsenmix Dieter finden die beiden heraus, dass Sally mit einem Mordauftrag nach Seattle gekommen ist und der Körper nun dabei ist, den Anschlag allein auszuführen. Zielperson ist der angesehene Geistliche Pater McAllister... Das müssen Max und ihre Freunde natürlich verhindern und tatsächlich kommen sie dem mordlustigen Körper zuvor. Doch dann stürmen Monsterjäger - allen voran Normal - die Kirche und lassen alle Mutanten verhaften. Max muss sich entscheiden: Gibt sie sich als Manticore-Wesen zu erkennen oder opfert sie ihre Freunde? Und ist das alles überhaupt ein Traum?

Plötzlich bekommt Logan am ganzen Körper Ausschlag und hohes Fieber. Max gerät beinahe in Panik, weil sie glaubt, er könne sich womöglich mit dem Manticore-Virus infiziert haben, das ihn umbringen soll. Doch dann stellt sich heraus, dass Logan nur die Windpocken hat. Derweil ist einigen Fischern eine Frau mit Kiemen ins Netz gegangen, die sie für eine Meerjungfrau halten und an den schmierigen Besitzer einer Strip-Bar verkaufen. Der stellt das seltsame Wesen in einem Aquarium aus, und als Alec die Frau in dem Wasserbecken sieht, bemerkt er sofort ihren Manticore-Strichcode am Nacken. Er will die Frau mit Max' Hilfe befreien, doch in der Bar haben Frauen keinen Zutritt. Also muss Max äußerst widerwillig als Animierdame in dem Schuppen anheuern. Max und Alec vermuten, dass White, der nach wie vor versucht, alle entflohenen Manticore-Kreaturen einzufangen, jemanden auf den Fall angesetzt haben wird. Tatsächlich fällt den beiden in der Bar ein seltsamer Typ auf, der sich sehr für das Wesen aus dem Aquarium zu interessieren scheint. Alec und Max befördern ihn aus der Bar und stellen dabei fest, dass auch er über Kiemen verfügt und der Partner der eingesperrten Frau ist, die inzwischen von Whites Leuten abtransportiert wurde. Per Computer ermittelt Logan, dass White die Frau in eine alte Fabrik hat bringen lassen, um sie dort unschädlich zu machen. Max, Alec und dem Kiemenmann gelingt es jedoch, die Frau zu befreien und sie und ihren Partner in die Freiheit zu entlassen.

Max hat wieder einmal Schwierigkeiten mit Alec, der ihr einen lukrativen Diebstahl gründlich versaut und sich dann auch noch um einen Job beim "Jam Pony"-Kurierdienst bewirbt. Weil Normal ihn als den bekannten Boxer "Monty Cora" identifiziert, nimmt sie ihn in die Reihen des Kurierdienstes auf, obwohl das Max alles andere als recht ist. Als Alec am späten Abend ausgerechnet Sketchy darum bittet, für ihn ein Päckchen in Sektor Vier auszuliefern, wird Sketchy bei der Ausführung dieses Jobs prompt böse verdroschen. Das lässt Alec natürlich nicht auf sich beruhen: Er fährt in das Viertel, sucht die Übeltäter und mischt sie kräftig auf. Außerdem nimmt er ihnen 500 Dollar ab, die er später Logan als Entschädigung für das Geld gibt, das er für Alecs Behandlung beim Arzt aufgebracht hat. Unterdessen werden in der Stadt drei Polizisten überfallen, von denen zwei sterben. Der dritte von ihnen sagt aus, dass er von einem Wesen überfallen wurde, das halb Mensch und halb Tier war. Max´ schwant Übles, zumal sie Joshua nicht in seinem Versteck angetroffen hat. Schließlich identifiziert der überlebende Cop Joshua anhand eines Zeitschriftenfotos eindeutig als den Täter. Prompt wird er verhaftet und auf dem Polizeirevier schwer misshandelt. Max, die steif und fest behauptet, dass Joshua niemals jemanden weh tun könnte, befreit ihn aus den Klauen der Polizei, und gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach seinem Bruder Isaac. Isaac wurde in Manticore als Kind von den Wachen die Zunge herausgeschnitten. Davon hat er ein Trauma zurückbehalten, das sich darin manifestiert, dass er in jedem Uniformierten eine Bedrohung sieht. Deshalb hat er die Polizisten überfallen und ihnen grausamst die Zunge herausgeschnitten. Als Max seinem mörderischen Treiben Einhalt gebieten will, wird sie von Isaac attackiert. Im letzten Augenblick kann Joshua eingreifen - und muss seinen Bruder töten, um Max zu retten...

Max´ Bruder Zack, der sich seinerzeit "geopfert" hat, damit seine Schwester sein Herz bekommt, taucht plötzlich wieder auf. Er lebt bei einer Steelhead-Bande, aus der ihn Max unbedingt mit Hilfe von Alec herausholen möchte. Dummerweise erkennt Zack seine Schwester zunächst nicht und will auf sie schießen. Doch als sie ihn mit seinem Namen anspricht, zögert er, als könne er sich plötzlich wieder an etwas erinnern. Es stellt sich heraus, dass er nach seinem "Tod" in Manticore mit neuen Organen ausgestattet wurde und unter anderem einen Temporallappenersatz erhielt, der die Verbindung zwischen den Einzelheiten der im Gehirn gespeicherten Informationen herstellen soll. Tatsächlich funktioniert das auch recht gut, und nach und nach gewinnt Zack eine Menge Erinnerungen zurück, von denen jedoch nicht alle völlig der Realität entsprechen. Doch eine Merkwürdigkeit ist frappant: Sobald sich Max an Logan und alle Dinge, die mit ihm zusammenhängen, erinnert, wird er extrem feindselig. Max kann bei einem Zusammentreffen der beiden nur durch einen gezielten Stromstoß verhindern, dass ihr Bruder Logan tötet. Durch diesen Stromstoß wird alles, was inzwischen in dem elektronischen Temporallappen gespeichert ist, gelöscht. Jedoch weist der behandelnde Arzt darauf hin, dass der Zyklus in Zacks Gehirn beim nächsten Mal identisch ablaufen würde, wenn die Erinnerungen wieder einsetzen. Zack würde also eine permanente Gefahr für Logan bleiben. Da beschließt Max schweren Herzens, ihren Bruder gehen zu lassen. Logan beschafft Zack noch eine neue Identität an einem weit entfernten Ort, damit er sich nie wieder an ihn erinnern kann.

Die Gruppe S-One-W hat der Korruption bei der Polizei den Kampf angesagt. Doch die Polizei nimmt immer wieder Mitglieder fest. Offenbar hat sich ein Spitzel in die Gruppe eingeschlichen. Als auch Asha verhaftet wird, bittet sie Logan um Hilfe. Gemeinsam mit Max stellt Logan Nachforschungen an. Dabei stößt Max auf Brainiac, einen übergewichtigen 19-jährigen Jungen, den sie zunächst für einen Verräter hält. Doch Brainiac kann in die Zukunft sehen und Max bei der Befreiung der S-One-W-Mitglieder helfen. Brainiac erzählt Max, er gehöre ebenfalls zu einer X-Serie, sei jedoch so etwas wie ein IT-Konzentrat mit ganz besonderen Fähigkeiten. Er gesteht ihr, dass er schon in Manticore für sie geschwärmt und sich in sie verliebt habe. Dennoch kann sich Max nicht an ihn erinnern. Bei der nächsten Razzia lässt er sich freiwillig verhaften. Er weiß, dass Max ihn befreien wird. Brainiac sieht jedoch auch voraus, dass Max auf der Suche nach dem Verräter erschossen wird...

Auf der Suche nach einem Bleistift, stößt Joshua auf ein paar Tuben Farbe, mit denen er ein wenig herumexperimentiert. Bei seinen Versuchen gerät etwas Farbe auf ein altes Gemälde, und als er sich bemüht, den angerichteten Schaden wieder auszubügeln, verwendet er dummerweise ein paar Papiere, die wichtige Aufzeichnungen über ein tödliches Virus enthalten. Alec dagegen findet das so entstandene neue Werk herausragend und verkauft es teuer in einer Kunstgalerie. Logan übernimmt in der Zwischenzeit einen Fall, in dem es um eine Kindesentführung geht. Wie sich zu seinem Schrecken herausstellt, ist der Vater des Kindes niemand anderes als Ames White, Logans größter Widersacher. Bei dem Versuch, das Kind zu befreien, gerät Max in eine unterirdische Höhle, bei der es sich um eine alte indianische Grabstätte handelt. In ihr entdeckten Max und Logan zahlreiche Manticore-Symbole, und Logan findet heraus, dass diese Symbole schon Jahrtausende alt ein müssen. Offenbar gibt es schon über Generationen hinweg eine Art genetischer Aufzucht und Auslese. Ausgewählte Frauen wurden dazu gezwungen, sich als Zuchtmütter zur Verfügung zu stellen und anschließend, nach Erfüllung ihrer Aufgabe, beseitigt. Aus den Entdeckungen in er Höhle ergibt sich, dass nur jedes drittgeborene Kind für weitere Zwecke auserwählt wird - und Whites Sohn Ray ist der Drittgeborene! Joshua plagt unterdessen ein schlechtes Gewissen: Weil er gemerkt hat, wie wichtig die Papiere, die er in das Bild eingearbeitet hat, für Max sind, versucht er, das Bild zu stehlen. Doch dabei wird er von Rita, der Galeriebesitzerin, überrascht. Rita, die den begabten Künstler unbedingt von Angesicht zu Angesicht sehen will, lässt sich von Joshuas Äußerem nicht abschrecken und ermutigt ihn, weiter zu malen - aber das Licht der Öffentlichkeit zu scheuen...

Als Alec gemeinsam mit Max ein Päckchen zu einem vornehmen Haus bringt, erinnert er sich an Bruchstücke eines Auftrags, den er dort als Manticore-Soldat durchzuführen hatte. Aber erst als er nach einem Streit mit Max in Joshuas Keller Klavier spielt, fällt ihm die ganze Geschichte wieder ein: Das Haus gehörte einem Mann namens Robert Berrisford, dessen Firma Manticore belieferte. Alec sollte Berrisfords Tochter Rachel Klavierunterricht geben, um den Mann im Auge zu behalten. Eines Tages erhielt er den Befehl, Vater und Tochter durch einen Bombenanschlag zur Strecke zu bringen. Doch er hatte sich in Rachel verliebt und versucht, die beiden zu retten. Plötzlich erhält er Anrufe, bei denen die Stücke zu hören sind, die Rachel früher auf dem Klavier gespielt hat. Er erfährt, dass Berrisford noch lebt, seine Tochter jedoch seit zwei Jahren im Koma liegt. Er kehrt zurück zu den Haus, in dem ihn Berrisford bereits mit gezogener Waffe erwartet. Im letzten Moment kann Max Alec jedoch retten. Er setzt sich an Rachels Bett und verabschiedet sich von ihr. Kurz darauf stirbt das Mädchen. Am Grab von Rachel trifft Alec erneut auf Berrisford. Dieser verbietet ihm, den Friedhof je wieder zu betreten. So muss Alec einsehen, dass ihn die schrecklichen Erlebnisse aus seiner Zeit als Manticore-Soldat immer wieder einholen und er sich seiner Vergangenheit stellen muss...

Max entdeckt in alten Manticore-Aufzeichnungen einen Hinweis darauf, wie sie das Virus, das sie in sich trägt, unschädlich machen könnte. Da das Virus, das auf sie selbst keinerlei Auswirkungen hat, bei Logan tödlich wirken würde, wünscht sie sich nichts mehr, als es endlich los zu werden. Sie begibt sich mit ihrer Entdeckung zu einem Virologen. Dieser verspricht, ein wirksames Mittel herzustellen - für 20.000 Dollar. Um das Geld zu beschaffen, überredet Max ihren Freund Alec, mit ihr einen lukrativen Diebstahl zu begehen. Doch das Virus lässt sich nicht so leicht ausschalten. Nachdem der Virologe ihr das Mittel gespritzt hat, stellt sich heraus, dass der Krankheitserreger mutiert und lediglich für zwölf Stunden inaktiv sein wird. Sie eilt zu Logan, um mit ihm endlich eine rauschende Liebesnacht zu erleben. Doch dazu kommt es nicht: Plötzlich taucht Joshua auf und erzählt ihnen, dass in der Stadt ein Gossamer sein Unwesen treibt. Die drei beschließen, das in Manticor gezüchtete, Silikon speiende Monster unschädlich zu machen. Dabei verrinnen jedoch die kostbaren Stunden, in denen Max und Logan sich ohne Risiko hätten näher kommen können...

Max hat sich ein paar Tage frei genommen. Sie will mit ihrer Maschine übers Land brausen, um einen klaren Kopf zu bekommen. Doch an einer Tankstelle gerät sie in eine Schießerei zwischen einem Biker und einigen Sector-Cops und wird dabei lebensgefährlich verletzt. Während Max im Harbor Lights Medical Hospital erfolgreich operiert wird, versucht das Krankenhaus-Personal, ihre Identität über die Nummern ihres Pagers festzustellen. So erfährt Logan, was geschehen ist. Sofort eilt er zu ihr und sorgt dafür, dass niemand erfährt, wer Max wirklich ist. Er lässt sie als "Linda Eastman" registrieren und bittet Dr. Carr, ihre Behandlung zu übernehmen und alle entlarvenden Untersuchungsergebnisse an sich zu nehmen. Doch ein Laborant verwechselt ihre Blutprobe und entdeckt bei der routinemäßigen Blutuntersuchung das "unbekannte Virus". Im Krankenhaus gehen alle Alarmglocken an: Das C.D.C., eine Abteilung der Gesundheitsbehörde, wird eingeschaltet und das Krankenhaus unter Quarantäne gestellt. Auf diese Weise bekommt auch das staatliche Vertuschungsteam unter Agent White Wind von der Sache. White befürchtet, Max könne gegenüber den Leuten des C.D.C. auspacken und das geheime Gen-Projekt an die Öffentlichkeit bringen. Er beauftragt eine Krankenschwester, die eigentlich ein transgenetischer Killer ist, Max auszuschalten. Unterdessen entdeckt Dr. George vom C.D.C. die Besonderheiten von Max' DNA. Er vermutet dahinter eine spektakuläre Geschichte und will mehr in Erfahrung bringen...

Eine Bande ausgeflippter Jugendlicher, die einen Strichcode im Nacken tragen, macht die Gegend unsicher. Max will die Gang zur Vernunft bringen und stellt fest, dass es sich gar nicht um Manticore-Kids handelt. Sie überwältigt ein Mädchen namens Rain und erfährt mehr: Die Bande ist abhängig von einem gewissen Marrow. Um ihm zu gleichen, ließen sie sich die Strichcodes eintätowieren. Die Gruppe lebt in einer Kirche und wird regelmäßig mit dem Blut von Marrow versorgt, dass sie süchtig und abhängig vom Willen ihres Führers macht. Max wird entdeckt und gerät in Marrows Gewalt. So erfährt sie, dass er eine kleine Armee zu seinem Schutz um sich scharen will. Marrow lässt Max jedoch wieder frei, da er Rain wieder zurück haben will. Rain leidet mittlerweile massiv unter Entzugserscheinungen. Trotzdem ist sie wild entschlossen, ihre Abhängigkeit zu überwinden. Nach ihrer Rückkehr zu Marrow wird ihr klar, dass er sie alle belogen hat. Sie trinkt keinen Schluck mehr von seinem Blut und muss doch nicht sterben, wie Marrow es ihr und ihren Freunden vorgegaukelt hat. Durch ihr Wissen wird Rain zur echten Bedrohung für Marrow. Max muss versuchen, Marrows tödlichen Racheschlag gegen Rain zu verhindern.

Logan alias Eyes Only will dem Sparacino-Clan, der u.a. die Müllabfuhr in Seattle kontrolliert, das Handwerk legen. Dazu soll Max Dougie zur Kooperation bewegen. Der ist Sparacinos Buchhalter und soll helfen, seinen Boss, einen Soziopathen, den niemand kennt und der sich nur in Verkleidungen zeigt, zu enttarnen und an die Polizei auszuliefern. Doch Max' Auftrag erweist sich als schwieriger als erwartet, weil Dougies Geliebte, Mia, dazwischen funkt. Die Aktion droht zu scheitern, als Max herausfindet, dass Mia aus Manticore stammt und Gedanken manipulieren kann. So gelingt es Mia, Max vorübergehend auszuschalten und Mia versucht, Dougie durch einen manipulierten Boxkampf Vorteile zu verschaffen. Am Abend des Kampfes scheint alles nach Mias Plan zu verlaufen. Doch Max und Logan haben ihre Gegnerin durchschaut und hoffen nun mit Hilfe von Detective Sung im richtigen Moment eingreifen zu können. Schließlich gelingt es Max doch noch, Dougie zur Aussage gegen seinen Boss Sparacino zu bewegen. Mit einer geschickten Finte schafft es Mia außerdem, auch noch einen Riesengewinn für sich und ihren Freund einzufahren. Die beiden können ein neues Leben beginnen, während Sparacino - in Frauenkleidern - verhaftet wird.

Sketchy ist freier Mitarbeiter bei der New World Weekly und will unbedingt Bilder von Mutanten schießen. Er wird Zeuge, wie einige Agenten einen Mutanten einfangen und abtransportieren. Alec und Cindy, die nicht zulassen wollen, dass die Öffentlichkeit von Manticore erfährt, machen den Film heimlich unbrauchbar. Sketchy ist erschüttert. Dann wird er auch noch von Whites Agenten abgeführt, die wissen wollen, was er gesehen hat. Zum Glück konnten ihm Alec und Cindy einreden, dass es sich bei dem Mutanten nur um einen Mann mit einer Halloween-Maske handelte. Logan verfolgt einen Anruf von Wendy zurück, die während des Gesprächs überfallen und umgebracht wurde. Er fährt mit Max in die Stadt, aus der der Anruf kam. Dort finden sie ein burgartiges Gebäude, das angeblich ein Internat für reiche Kinder beherbergt. In Wirklichkeit ist dort jedoch das Zentrum einer Zuchtsekte, zu der auch White, der Transgeno-Jäger gehört. Dort hat White seinen und Wendys Sohn Ray untergebracht. Ray muss sich dort einer lebensgefährlichen Sektenprüfung stellen...

Alec macht Asha klar, dass er sie nicht wiedersehen will. Er hält das Risiko einer Beziehung mit ihr für zu hoch. Auch Max will er davon überzeugen, dass es für Logan zu gefährlich sei, mit ihr zusammen zu sein. Als Logan Max versehentlich berührt, landet er wieder einmal mit einer Virusinfektion im Krankenhaus. Er braucht dringend eine Transfusion mit Transgeno-Blut, das die nötigen Antikörper enthält. Max ruft Alec an, doch der kann nicht zum Krankenhaus kommen, weil er verhaftet wird. In Joshua findet Max schließlich aber doch einen Blutspender für Logan, der sich nach der Transfusion schnell wieder erholt. Trotzdem sieht Max keine andere Möglichkeit als sich von Logan zu trennen. Unterdessen stellt sch heraus, dass Alec wegen Mordes verhaftet wurde. Zunächst glaubt Max der Theorie der Polizei. Doch als Alec ihr Details der Tat erzählt, bemerkt sie Parallelen zu mehreren Morden, die Alecs genetischer Zwilling Ben in Manticore begangen hat. Sie macht sich auf den Weg, um Alec zu befreien...

Durch eine Aktion von White breitet sich langsam die Information aus, dass es Transgenos gibt. In den Medien und der Öffentlichkeit herrscht große Aufregung. Joshua geht zum Haus der blinden Annie, in die er sich verliebt hat, zu der er jedoch den Kontakt abgebrochen hat, um sie zu schützen. Dabei bekommt er Streit mit drei Halbstarken, in den auch Annie verwickelt wird. Joshua flüchtet mit Annie in die Kanalisation, um nicht als Transgeno erkannt zu werden. Ihre drei Verfolger wenden sich an die Medien. Als White den Hass gegen die Transgenos zusätzlich schürt, wird eine regelrecht Jagd auf Joshua und Annie gemacht. Als Annie erfährt, dass Joshua sie belogen hat, ist sie zunächst empört, hat dann jedoch Verständnis für seine schwierige Situation. Annie bittet ihren Freund, sie zurückzulassen, um sich in Sicherheit zu bringen. Doch Joshua will seine Freundin nicht im Stich lassen. Damit setzt er jedoch unwissentlich Annies Leben aufs Spiel...

Schwierige Zeiten für Max: Die Regierung hat ein Komitee unter Senator McKinley ins Leben gerufen, das den Gerüchten um die entflohenen Mutanten auf den Grund gehen soll. Außerdem hat sie keinen Kontakt mehr zu Logan, und ihr Freund Joshua hat sich von ihr zurückgezogen. Entgegen ihrem Rat geht er in die verseuchte Terminal City, wo noch andere Transgenetische Zuflucht gesucht haben. Zu allem Überfluss stößt der Special Agent White auf der Suche nach Max auf ihre Doppelgängerin, ein Klon namens Sam. Getarnt als Ehefrau und Mutter war Sam bis zur Zerstörung Manticores als Geheimagentin tätig. Jetzt hält White ihren Mann und ihr Kind gefangen und erpresst Sam damit, ihre Klon-Schwester dingfest zu machen. Sam findet Max, als diese Seattle gerade für immer verlassen will. Doch noch bevor White Max festnehmen kann, gelingt es Max, das Blatt zu wenden. Dabei hilft ihr Logan, der zufällig auch gerade die Stadt verlassen will, nachdem White sein Appartement zerstört hat. Die beiden bringen White in ihre Gewalt und schlagen ihm einen Tausch vor: Sein Leben gegen das von Sams Mann und ihrem Kind. White lässt sich auf das Geschäft ein, doch er spielt mit falschen Karten...

C.J., ein Mitglied von Whites Zuchtkult, kann während einer Katara-Zeremonie fliehen. Er taucht in Terminal City unter und trifft dort zwangsläufig Maxs Freunde, bei denen er vorgibt ein X-5 zu sein. Dann überschlagen sich die Ereignisse: Whites Leute finden eine Methode, Transgenetische von normalen Menschen zu unterscheiden. Alecs Freund Biggs wird identifiziert und von einer selbsternannten Bürgerwehr gelyncht. Offiziell wird dieses Verhalten gerügt, doch im Grunde sind White und Senator McKinley äußerst zufrieden mit dieser Reaktion. Max will versuchen, die gefangenen Transgenetischen zu befreien und vermutet dass der falsche X-5, C.J., etwas mit Whites Zuchtkult zu tun hat. Über ihn will sie an ihre Schwestern und Brüder herankommen. Max kann C.J. in Terminal City aufspüren und erfährt, dass er ein Sohn von Sandeman ist, der früher zum Kult gehörte, aber abtrünnig wurde. Max, die noch viele Fragen an Sandeman hat, zwingt C.J. ein Treffen mit seinem Vater zu arrangieren. Doch bei dem Treffen taucht Special Agent White auf. Wie sich herausstellt, ist er der Bruder von C.J..

In Terminal City, einem verlassenen, vergifteten Stadtteil von Seattle, sammeln sich immer mehr Transgenos, die nicht wissen, wo sie sonst leben sollen. Mole, ein Echsenartiger, und Joshua sammeln Gem, eine hochschwangere X-5, und Dalton, einen jungen X-6, auf der Straße auf. Als sie in einen Unfall verwickelt werden, erkennt man sie als "Monster" und sie fliehen in das Gebäude von Pony Jam. Dort täuscht die Gruppe eine Entführung vor, um zu entkommen. Doch bei der Flucht eröffnet eine Einheit von Kriegern aus Whites Sekte das Feuer, und die Transgenos müssen wieder in dem Gebäude verbergen. Es kommt zum Kampf zwischen Max' Freunden und Whites Kriegern, den die Transgenos für sich entscheiden können. Unterdessen hat Normal der X-6 Gem bei der Geburt ihres Kindes beigestanden. Durch dieses Erlebnis ändert Normal, der die Transgenos immer verabscheute, seine Haltung zu den angeblichen "Monstern". Durch einen Trick gelingt Max und den anderen die Flucht nach Terminal City. Sie werden von der Polizei verfolgt, doch dann bekommen sie unerwartete Unterstützung...

Die letzten beiden Folgen von "James Cameron’s Dark Angel" wurden als Doppelfolge von 60 Minuten ausgestahlt!