Colonel Roger Atkins, Boss der "Homeland Security Agency", liefert dem US-Präsidenten täglich eine Akte, aus der hervorgeht, wie die Bedrohungslage des Landes aussieht. Atkins unterstellt ist eine Spezialeinheit, die unter der Leitung von Special Agent John Kilmer versucht, Bedrohungen gegen die USA im In- und Ausland im Keime zu ersticken. Um die Sache noch komplizierter zu machen, ist Kilmers Ex-Frau Special Agent Frankie Ellroy-Kilmer ihrem Ex-Mann unterstellt ...

Der Veteran's Day steht bevor, als ein Beamter von einem Dealer in die Luft gesprengt wird. Der Verdacht auf einen geplanten Terroranschlag liegt nahe. Die Spur führt zu einem Kriegsveteran namens Teddy Boyne, der ebenfalls als Drogendealer sein Geld verdient. Kilmer beschließt, Teddy ins Gewissen zu reden, indem er an seine Soldatenehre appelliert ...

Dr. Hassan, eine gesuchte Expertin für chemische Kampfstoffe, hinterlässt vor ihrer Flucht Spuren, die darauf schließen lassen, dass sie einen Giftgasanschlag geplant hat. Frankie glaubt an ein rein persönliches Motiv für den geplanten Anschlag. Dank Jelanis Recherche kommt das Team hinter das Motiv: Dr. Hassan will sich für den Tod ihrer Eltern rächen und hat es auf die Marines abgesehen ...

In der Stadt Amarillo steigt die Zahl von rätselhaften Erkrankungen und Todesfällen. Die nähere Untersuchung führt das "Homeland Security Team" zu einer Tierhandlung. Der Verdacht fällt auf einen Hund aus Afrika, der den Virus eingeschleppt haben muss. Kilmer und sein Team setzen alles daran, die Ausbreitung des Virus zu verhindern - die ganze Stadt wird unter Quarantäne gestellt. Doch die infizierte Inhaberin der Tierhandlung und ihr Freund sind nirgendwo aufzufinden.

Ein Student wird getötet, als in einer Bibliothek eine Bombe hochgeht. Die Spurensuche führt das Team zu einem alten Freund von Mo, Amir Abadiyah, der jetzt Professor an einer Universität ist. Inzwischen taucht jedoch eine Nachricht des Bombenlegers auf, in der er die Veröffentlichung einer amerikafeindlichen, alten Dissertation fordert. Für das "Homeland Security Team" beginnt ein gefährlicher Wettlauf gegen die Zeit, als eine weitere Bombe explodiert.

Ein mit radioaktivem Giftmüll gefülltes Flugzeug wird in Afrika gestohlen. Das "Homeland Security Team" befürchtet, dass es für ein Attentat eingesetzt werden soll. Plötzlich taucht die Maschine über der Ostküste von Amerika auf. Der Präsident ist kurz davor, den Befehl zum Abschuss zu geben, als ein zweites, gleich aussehendes Flugzeug am Radar erscheint. Special Agent Kilmer und seine Kollegen machen sich auf die Suche nach den Entführern.

Auf den palästinensischen Premierminister sollte ein Mordanschlag verübt werden. Die Agentin Frankie Kilmer reist nach Guantánamo Bay, um dort einen verdächtigten Hamas-Agenten zu verhören. Als dieser plötzlich stirbt, muss sich Frankie vor Gericht verantworten. Das "Homeland Security Team" setzt alles daran, die wahren Mörder zu finden. Die Spur führt sie zu einem algerischen Dorf, aus dem auch der tote Häftling mit dem Codenamen "Alpha 126" stammt.

Das "Homeland Security Team" arbeitet mit dem FBI zusammen, um einen Serienkiller in San Diego zu schnappen. Scheinbar ohne jeglichen Grund hat er bereits mehrere Menschen erschossen. Es gibt allerdings eine Gemeinsamkeit der Opfer: Bei den Ermordeten handelt es sich um lauter dunkelhaarige Männer und eine blonde Frau. Die Spur führt zu einem 17-jährigen Einzelgänger. Plötzlich meldet sich bei Agent Kilmer und seinem Team ein Ehepaar, das einen schlimmen Verdacht äußert.

Drei Leichen werden am Strand gefunden - innerhalb kurzer Zeit gibt es weitere Todesfälle. Es stellt sich heraus, dass die Opfer durch verseuchte Banknoten vergiftet wurden. Das "Homeland Security Team" erhält wenig später einen erpresserischen Anruf. Alle Spuren deuten darauf hin, dass das Geld aus alten Beständen des KGB stammt und die Toten einstige Agenten sind. Atkins nimmt sofort Kontakt mit einem ehemaligen russischen Überläufer auf, der jemanden zu decken versucht ...

Der Nachtclubinhaber Bobby DeCosta soll auch als Geldwäscher tätig sein und Kontakt mit einem Schweizer Waffenhändler namens Frederic Vorn haben, der wiederum Flugabwehrraketen an muslimische Fundamentalisten verkauft. Um Vorn zu erwischen, gibt sich Mo als Dschihad-Kämpfer und Interessent für die Waffen aus. Kilmer und sein Team wollen die Waffen kaufen, bevor sie in die falschen Hände geraten. Doch dann macht ihnen eine ehrgeizige Senatorin den Plan zunichte.

Special Agent Frankie ermittelt getarnt in einer Bank im Zusammenhang mit Geldwäsche-Transaktionen. Plötzlich wird das Geldinstitut überfallen und alle Kunden werden als Geiseln genommen. Kilmer und sein Team können mit dem mexikanischen Geheimdienst AFI kooperieren, während es Frankie gelingt, Bilder der Geiselnehmer an ihr Team zu schicken. Indes führt Holly die Ermittlungen bezüglich der Geldwäsche fort und stößt auf eine interessante Tatsache: Der Banküberfall war fingiert!

Die Assistentin des nordkoreanischen Außenministers wird in Washington entführt. Obwohl die Bilder der Überwachungskamera eine eindeutige Sprache sprechen, streiten die Nordkoreaner das Kidnapping ab. Das "Homeland Security Team" beginnt zu ermitteln und stellt fest, dass Drogenhändler die Frau verschleppt haben. Derweil ermittelt Vargas undercover und gerät in Schwierigkeiten: Die Kollegen müssen mit ansehen, wie er ermordet wird. Gibt es einen Zusammenhang zwischen den Fällen?

Das "Homeland Security Team" erfährt von einem geplanten Terroranschlag. Die Spur führt zu einem Schiffsausrüster, der sich beim Eintreffen der Agenten in die Luft sprengt. Das am Tatort gefundene Beweismaterial liefert Hinweise auf die Produktion von Haftminen. Gleichzeitig glaubt eine Mutter, dass ihr ägyptischer Ex-Mann die gemeinsame Tochter Laila entführt hat. Als sie zu seiner Wohnung fährt, trifft sie auf Kilmer, der einen viel schlimmeren Verdacht gegen den Vater hat ...

In Pakistan wird eine Frau vor einem Mordanschlag gerettet. Damit ihr politisches Asyl gewährt wird, bietet sie Informationen über einen geplanten Al-Qaida-Anschlag an. Sie erzählt, dass sich zwei Terroristen bei ihrem Mann, einem Schönheitschirurgen, umoperieren ließen. Die zwei gleichen jetzt zwei Mitarbeitern eines Kernkraftwerks in Pennsylvania und beabsichtigen, dort einen Supergau zu verursachen. Kilmer und sein Team kämpfen gegen die Zeit, um das Schlimmste zu verhindern.