Das tödliche Virus hat sich über Raccoon City ausgebreitet: Die Geschichte beginnt an der Stelle, an der der erste Teil endete. Alice wurde von der mächtigen Umbrella Corporation für ein biogenetisches Experiment missbraucht und hat durch Genmanipulation übernatürliche Kräfte entwickelt. Ihre Sinne wurden verschärft, ihre körperliche Gewandtheit optimiert. Diese Eigenschaften und einiges mehr sind jedoch auch unbedingt nötig, um in der verwüsteten Stadt überleben zu können.
Alice ist jedoch nicht allein. Jill Valentine, ein kürzlich degradiertes Mitglied der Umbrella Corporation-Spezialeinheit, schließt sich ihr an. Gemeinsam versuchen sie von dem Ort, der sich mehr und mehr zu einer "Stadt des Todes" entwickelt, zu fliehen. Keine leichte Aufgabe, denn sie müssen sich zusammen mit vier anderen Überlebenden ihren Weg durch die unnachgiebigen Angriffe der ausgehungerten Untoten erkämpfen. Aber auch die Umbrella Truppen, ausgestattet mit fürchterlichen Biowaffen, versuchen ihre Flucht zu verhindern. So lange es ihnen nicht gelingt, den von der Umbrella Corporation gezüchteten Riesen-Mutanten mit Namen "Nemsis" zu besiegen, werden Alice und ihre Helfer diese Apokalypse nicht überleben.
