Claire und ihre Freunde versuchen, zu einem normalen Leben zurückzufinden, müssen aber erkennen, dass die Vergangenheit sie nicht loslässt. Nach seiner Gehirnwäsche glaubt Sylar, er sei Nathan Petrelli - doch seine vermeintliche Mutter Angela befürchtet, er könnte seine tatsächliche Persönlichkeit wiederentdecken. Der Zirkusdirektor einer Freakshow bietet übernatürlich Begabten eine Heimat, hegt dabei aber militante Absichten.

Claire erfährt vom Tod ihrer neuen Freundin Annie und glaubt nicht an einen Selbstmord. Hiro lernt den Zirkusdirektor Samuel kennen. Dieser verleitet ihn dazu, die Vergangenheit zu ändern. Matt weigert sich, seine Fähigkeit einzusetzen - bis ihm die Eifersucht ein Schnippchen schlägt.

Bei einer Hausdurchsuchung verlässt sich Matt auf Hinweise, die Sylar ihm einflüstert. Gretchen beweist Spürsinn und zwingt Claire zu einer Entscheidung. Zirkusdirektor Sullivan erschleicht sich mit einer List Peters Vertrauen.

Hiros Gesundheitszustand verschlechtert sich. Dennoch versucht er, die Tragödie eines Selbstmörders rückgängig zu machen. Claires Aufmunterungsversuche wecken den Jagdtrieb ihres Ziehvaters. Tracys Bestreben, ins Politgeschäft zurückzukehren, bringt ihr ein unmoralisches Angebot ein. Und Nathans lückenhaftes Gedächtnis fördert eine morbide Erinnerung zutage.

Einer Psychiaterin gelingt es den wahren Sylar zum Vorschein zu bringen - mit den zu erwartenden Konsequenzen. Claire erhält Grund zur Annahme, dass ihre neue Freundin Gretchen nicht nur ehrbare Absichten hegt. Trotz Lydias Warnungen ist Zirkusdirektor Samuel kurz vor dem Ziel, seinen verstorbenen Bruder zu ersetzen. Peter erkennt im Spital die Fähigkeit seiner Kollegin Emma und blitzt bei ihr ab.

Sylar kommt seiner blutigen Vergangenheit auf die Spur. Hiro führt Emma den Wert ihrer Gabe vor Augen. Peter sucht mit Noah nach einem Heiler, der Hiro retten kann, wird von diesem aber höchst feindselig empfangen.

Mit Tracys Hilfe befreit Noah den jungen Heiler Jeremy aus der Haft. Damit bringt er ihn aber erst recht in Gefahr. Ein harmloses Aufnahmeritual wird für Claire zum Überlebenskampf. Und Matt findet ein Mittel gegen Sylars Gedankenkontrolle, das ihm selbst zum Verhängnis wird.

Hiro reist in die Vergangenheit, um die Liebe seines Lebens zu retten. Dort trifft er auf einen entfesselten Sylar. Noah Bennets innige Freundschaft zu einer Arbeitskollegin zerbricht. Und Samuel will sich Hiros Dienste mit einer ganz miesen Masche sichern.

Claire fürchtet, ihre neue beste Freundin zu verlieren. Von Samuel erfährt sie, weshalb Rebecca ihr und ihrem Vater ans Leder will. Nach einem Zugsunglück setzt Peter seine neue Fähigkeit ein und erkennt Emmas Talent als Ärztin. Sylar begeht einen Mord, um Matt zum Schweigen zu bringen, der daraufhin alles auf eine Karte setzt.

Hiro reist in die Vergangenheit. Er besucht Mohinder, der brisante Filmaufnahmen über Samuel findet. Claire erhält bei ihrem Vater einen eisigen Empfang. Und Sylars Chancen, in seinen Körper zurückzukehren, steigen bei einem Spitalbesuch markant.

Zu Thanksgiving laden Noah, Angela und auf dem Jahrmarkt auch Samuel ihre Familien und Freunde zu einem Festessen ein. Bei diesen Zusammenkünften kommt es allerdings zu einigen Problemen: Claire ist nach den jüngsten Erlebnissen auf der Suche nach einer neuen Aufgabe und stiehlt Noah den Kompass, um sich in die richtige Richtung lenken zu lassen. Angela muss Peter und Nathan endlich die Wahrheit über Nathan gestehen und dann entsetzt mit ansehen, wie plötzlich Sylar die Kontrolle über Nathan übernimmt. Lydia überredet Hiro, mit ihr in die Vergangenheit zu reisen und ihr zu zeigen, wer Joseph wirklich ermordet hat ...

Claire schaut sich mit Gretchen auf Samuels Jahrmarkt um. Ein Zwischenfall zwingt sie zu einer folgenreichen Entscheidung. Peter liefert sich mit Sylar einen offenen Kampf. Es gelingt ihm, zu Nathan durchzudringen, der nur noch in einer Verzweiflungstat einen Ausweg sieht.

Emma erfährt von Samuel, welches Potenzial in ihrer übernatürlichen Fähigkeit steckt. Ando kümmert sich um seinen sichtlich verwirrten Freund, der in Zitaten spricht. Claire kommt dahinter, dass Samuel zweifelhafte Absichten hegt. Die Petrellis erweisen einem der Ihren die letzte Ehre.

Peter und Claire versuchen mit Nathans Tod fertig zu werden. Als Peter in Gefahr gerät, weil er versucht, den Tod des Bruders zu ignorieren, steht ihm Claire bei. Sylar kehrt im eigenen Körper zum Jahrmarkt zurück, um Samuel zu töten, muss aber feststellen, dass er es gar nicht kann. Samuel beauftragt Lydia herauszufinden, was Sylar abgehalten hat. Doch während sie mit Sylar spricht, verrät sie ungewollt ihr eigenes Geheimnis. Edgar versucht indessen Noah zu töten. Aber Noah kann ihn überwältigen und dazu überreden, sich mit ihm gegen Samuel zu verbünden. Ihr Bündnis wird jedoch schon bald auf die Probe gestellt ...

Der Kompass auf Peters Arm wird plötzlich aktiv und führt ihn zu Emma. Als Angela die beiden zusammen sieht, ist sie total geschockt, will Peter aber nicht sagen, warum. Deshalb nimmt sich Peter die Fähigkeit seiner Mutter und sieht in einem prophetischen Traum, welche Gefahr von Emma ausgehen könnte. Hiro und Ando versuchen indessen Mohinder aus der Psychiatrie zu befreien, in der dieser gefangen ist. Doch die Rettungsaktion gestaltet sich schwierig, da Hiro seine Kräfte nicht einsetzen kann. Noah und Matt stellen derweil Samuel eine Falle, indem sie Vanessa als Köder benutzen ...

Hiro droht den Kampf gegen seinen Gehirntumor zu verlieren. Er kollabiert in Noahs Apartment und fällt ins Koma. Während er bewusstlos ist, sieht er sich in einem Gerichtssaal, und Adam Monroe teilt ihm mit, dass der Richter in Kürze entscheiden wird, ob Hiro leben oder sterben wird. Sylar hofft indessen, dass Claire ihm erklären kann, warum er ein Tattoo von ihr auf seinem Arm hat. Claire weigert sich ihm zu helfen, doch Sylar hat Möglichkeiten, sie zur Kooperation zu zwingen. Samuel versucht seine große Liebe Vanessa für eine gemeinsame Zukunft zu gewinnen, aber Vanessa reagiert nicht wie von ihm erhofft ...

Noah bereitet zusammen mit Lauren und Mohinder den Angriff auf Samuel vor. Als Claire davon erfährt, versucht sie Samuel davon zu überzeugen, aufzugeben und sich freiwillig auszuliefern, um einen Kampf zu vermeiden. Sylar taucht indessen bei Matt auf, der ihm dabei helfen soll, mit der Sehnsucht nach menschlicher Näher umzugehen. Schließlich bittet er Matt sogar, ihn seine Fähigkeiten komplett vergessen zu lassen. Peter hat in einer Vision gesehen, welches Schicksal Lauren bevorsteht, und möchte sie unbedingt davor bewahren. Doch Angela eröffnet ihm, dass er dafür ausgerechnet Sylars Hilfe braucht ...

Da Peter in einer Vision gesehen hat, dass Emma in großer Gefahr ist, versucht er Sylar aus dem Alptraum zu wecken, in dem dieser gefangen ist. Obwohl Matt ihn aufzuhalten versucht, ist Peter fest entschlossen - und landet plötzlich selbst in Sylars Unterbewusstsein. Ihnen bleibt nichts anderes übrig, als gemeinsam einen Weg aus dem Traum herauszufinden. Lauren versucht indessen vergeblich Emma vor Samuel zu warnen. Samuel selbst setzt noch einmal alles daran, Claire zum Bleiben zu bewegen. Als sie den Jahrmarkt trotzdem lieber mit Noah verlassen will, sorgt Samuel dafür, dass die beiden unter der Erde verschüttet werden ...

Nachdem sie von Tracy aus ihrem unterirdischen Gefängnis befreit worden sind, machen sich Claire und Noah auf den Weg nach New York, wo sich Samuel mit seinen Anhängern auf den großen Showdown vorbereitet. Auch Peter und Sylar eilen dorthin, um Samuel zu stoppen. Peter will ihn in Schach halten, damit Sylar eine Chance hat, Emma zu befreien. Denn nur mit Hilfe von Emmas Kräften kann Samuel seine Pläne umsetzen. Noah holt indessen auch Hiro nach New York. Gemeinsam versuchen die Heroes, Samuels Leute davon zu überzeugen, dass er sie nur benutzt. Aber so leicht gibt Samuel nicht auf ...