Jim Phelps' Ziehsohn und Nachfolger bei der Spezialtruppe, Tom Copperfield, ist ermordet worden. Daraufhin kehrt Phelps in den aktiven Dienst zurück. Als es gilt, dem Auftragskiller Matthew Drake das Handwerk zu legen, formiert Phelps ein neues Team von IMF-Agenten. Phelps will die Identität des wahren Auftraggebers des Profikillers enthüllen. Als das Team erfährt, dass das nächste Opfer Drakes ein farbiger Gewerkschaftsführer sein soll, schlüpft Grant in die Rolle des Opfers. 

Dem Gangsterboss Connors wird der Prozess gemacht - doch als der Kronzeuge der Anklage ermordet wird, platzt das Verfahren. Daraufhin konzentriert sich das IMF-Team auf Connors rechte Hand Frank Marley, den Manager eines Casinos auf den Bahamas. Max begibt sich in der Rolle eines Auftragskiller dorthin und behauptet, vom Syndikat für Marleys Beseitigung bezahlt worden zu sein. Als auch noch Jim Phelps als Buchprüfer im Casino auftaucht, fühlt sich Marley in die Enge getrieben. 

Der lateinamerikanische Diktator Colonel Usher betreibt einen schwunghaften Drogenhandel und schreckt auch vor Mord nicht zurück. Um das mörderische Treiben des Despoten zu beenden, soll Jim Phelps Usher auf amerikanisches Hoheitsgebiet locken. Nur dann kann der Mann verhaftet werden. Zwar ist Usher äußerst vorsichtig, doch auch er hat einen schwachen Punkt: Er glaubt, einen unehelichen Sohn zu haben. Diese fixe Idee ist ein gefundenes Fressen für das IMF-Team. 

Barney Collier, der Vater von Grant, ist in Istanbul einer ganz üblen Intrige zum Opfer gefallen und soll nun für einen Mord hingerichtet werden, den er nicht begangen hat. Das IMF-Team tut alles, um Barney aus dem Gefängnis zu befreien, und ein rasanter Wettlauf gegen die Zeit beginnt - bei dem Phelps und seine Leute nicht nur gegen den korrupten Gefängniswärter Hamidou antreten. Denn es gibt noch einen anderen Drahtzieher im Hintergrund, und der ist gefährlich ... 

Diesmal muss das Team um Jim Phelps gegen vier unverbesserliche Alt-Nazis ankämpfen, allesamt Enkel von Generälen Hitlers, die von einem neu gebildeten Nazi-Regime träumen. Um dieses aufzubauen, wollen sie sich eines versteckten Goldschatzes bedienen, der gegen Ende des Zweiten Weltkrieges versteckt wurde. Nur sie kennen den geheimen Aufbewahrungsort. Das IMF-Team kann einen der Männer gegen Nicholas Black austauschen, um so - mit Blacks Hilfe - den Schatz zu bergen ... 

Deutschland zur Zeit des Kalten Krieges: Noch gibt es zwei deutsche Staaten, noch existiert die Berliner Mauer. Ilse Bruck, die Tochter eines Wirtschaftsexperten, wird in der DDR von Entführern gefangen gehalten, weil ihr Vater auf einer Konferenz für die Ost-West-Entspannung eintritt. Die Entführer Ilses sind Dr. Gerstner und Oberst Batz, zwei skrupellose Menschenhändler, die vermeintliche Fluchthilfe leisten, Geld von ihren Opfern kassieren und sie dann den Behörden ausliefern. 

Jim Phelps und sein Team werden diesmal auf einen üblen Waffenschieber angesetzt, dessen illegale Geschäfte schon lange bekannt sind. Als er jedoch Raketen an Terroristen verkaufen will, ist höchste Eile geboten. Es handelt sich um den australischen Viehbaron Matthews. Das IMF-Team hofft, dass es von den Aborigines Hilfe erhält, da auch diese noch eine Rechnung mit Matthews offen haben. Sie beschließen, eine Schwäche des Waffenschiebers auszunutzen: seinen extremen Aberglauben. 

Nachdem der Sohn des tschechischen Schachgenies Antonov getötet wurde, beschließt dieser, mit seiner kleinen Tochter so schnell wie möglich das Land zu verlassen - doch dazu benötigt er die Hilfe des IMF-Teams, denn an eine legale Ausreise ist nicht zu denken. Die Flucht wird auf einer Schachmeisterschaft in Prag eingefädelt, in deren Vorprogramm ein Zauberkünstler auftritt: Zufällig handelt es sich bei dem Magier um Nicholas, und der lässt Antonov einfach verschwinden ... 

Auf Hawaii verschwindet Jehan, die Tochter eines arabischen Öl-Multis. Zwar wird ihre Leiche nicht gefunden, doch die Behörden gehen dennoch davon aus, dass es sich um Mord handelt. Jehans Vater aber droht mit einem Boykott, falls man den Fall nicht weiter untersuche - ein Auftrag für Jim Phelps und sein Team. Ihre Recherchen führen sie zu dem psychisch gestörten Millionärssohn Champ Foster, in dessen Yachtclub sie sich undercover auf eine Party einschleusen ... 

Jim Phelps erhält die Aufgabe, das "Rätsel des Löwen" zu lösen. Dahinter verbirgt sich eine Prüfung, die der künftige Herrscher eines kleinen Himalaya-Staates bestehen muss. Es handelt sich um den 16-jährigen Mikos, dessen Vater vor kurzem verstorben ist. Mikos wuchs in Europa auf und ist nun zurückgekehrt, um den Herrscherthron zu besteigen - allerdings ahnt er nichts von den Intrigen seines Onkels Ki. Phelps soll Mikos beschützen und ihm bei der Lösung des Rätsels helfen ... 

Diesmal müssen Jim Phelps und sein Team einen ganz großen Fisch an die Angel locken: Es handelt sich um den griechischen Reeder Colonnades, einen der Hauptdrahtzieher im internationalen Medikamenten- und Drogenhandel. Das IMF-Team soll den Schmugglerring, den Colonnades aufgezogen hat, hochgehen lassen. Zu diesem Zweck geben sich zwei der IMF-Männer als Bosse des Kartells aus und nehmen so an einer Verhandlung teil, die der Reeder mit Geschäftspartnern auf seiner Yacht führt ... 

Der Diktator Luis Berezan und seine Frau Emilia sind nach einer Revolution in ihrem Land in die USA geflohen, wo sie politisches Asyl erhalten haben. Bei ihrer Flucht haben sie die Staatskasse gestohlen, die ihnen das Leben in den Vereinigten Staaten nun etwas angenehmer machen soll. Außerdem wollen sie mit dem Geld die Konterrevolution in ihrem Land vorbereiten und die Macht zurückerobern - doch da gibt es noch Jim Phelps und das IMF-Team, die das verhindern ... 

Jim Phelps und sein Team müssen diesmal gegen den Fernsehjournalisten Arthur Six vorgehen, der sich auf die Erpressung wichtiger Personen des öffentlichen Lebens spezialisiert hat. Ein Richter, der gegen den Journalisten ermittelt, wird umgebracht - nun steht Six selbst natürlich an erster Stelle auf der Liste der Verdächtigen. Um ihm etwas nachweisen zu können, lockt das IMF-Team den Erpresser in eine Falle, indem es vorgibt, einen ermittelnden Senator ausschalten zu wollen. 

Das IMF-Team wird diesmal auf John Christie angesetzt, einen Ex-Agenten des britischen Geheimdienstes, der jetzt sein Geld auf bequemere Weise verdient: Er betreibt eine Giftgasfabrik in Afrika und hat keinerlei moralische Probleme damit, Terror-Regimes zu beliefern. Um an den Mann heranzukommen, gibt Jim Phelps sich als potenzieller Käufer von Christies Diamanten aus. Leider durchschaut der Waffenhändler das Spiel - zum Glück gibt es aber noch Max und Grant ... 

Das IMF-Team wird damit beauftragt, dem üblen Treiben eines gestörten Sektenführers ein Ende zu bereiten: Lord Holman veranstaltet schwarze Messen, bei denen junge Mädchen "geopfert" werden. Viele einflussreiche Persönlichkeiten des öffentlichen Lebens gehören zu Holmans Anhängern, und der Sektenchef hat diese Personen völlig in der Hand. Jim Phelps lässt sich einiges an technischen Tricks einfallen, um auf einer der Messen als Satan höchstpersönlich zu erscheinen ... 

Catherine Balzac ist die Besitzerin eines Pariser Nachtclubs. Doch dieser reicht ihr als Einnahmequelle offenbar nicht mehr aus: Aus einem Labor hat sie eine tödliche Bakterienkultur gestohlen, die sie an Terroristen aus Osteuropa verkaufen will. Ein Fall für das IMF-Team: Jim Phelps gibt sich gegenüber Catherine als der Wissenschaftler aus, der die Bakterien gezüchtet hat. Als bei ihr vermeintlich Symptome der tödlichen Krankheit auftreten, dreht sie durch ... 

Jim Phelps steht unter Mordverdacht - ausgerechnet ein ehemaliges Mitglied des "Kobra"-Teams soll sein Opfer geworden sein, weil man am Tatort die Fingerabdrücke von Jim gefunden hat. Um seine Unschuld zu beweisen, versucht Jim gemeinsam mit seinem Team, Kontakt zu Russell Acker aufzunehmen. Acker ist ein genialer Wissenschaftler, der bei einer Kobra-Operation zu Rate gezogen worden war, sich aber später verbrecherischen Machenschaften zugewendet hatte ...

Das Verteidigungssystem der US-Marine wird von einem Computer-Virus bedroht, und man vermutet, dass hinter den Sabotageakten ein gewisser Etienne Reynard steckt. Doch bei ihren Recherchen stoßen die IMF-Leute auf eine andere Spur: Verdächtig ist der US-Admiral Edgar Sheppard, der um jeden Preis ein Ost-West-Abkommen über ein Einsatzverbot von Giftwaffen unterminieren will. Um sein Ziel zu erreichen, schreckt der verbohrte Militarist auch vor Verbrechen nicht zurück ...

Als ein junges Mädchen namens Diane Martin spurlos verschwindet, erhält das Team um Jim Phelps den Auftrag, sie zurückzubringen. Eine erste Spur führt die IMF-Leute zu Jake Morgan, einem üblen Mädchenhändler, der seinen Hals bisher immer aus der Schlinge ziehen konnte. Nun soll er endlich dingfest gemacht werden. Dabei macht sich das Kobra-Team den Voodoo-Glauben von Morgans Freundin zunutze - sie inszenieren eine spektakuläre Kulthandlung, um Morgan auf die Spur zu kommen ...